• Santé - Promoteur, Technique, Séquençage, Amorces

[Biologie Moléculaire] Design de gène

Je dois étudier la méthylation sur le promoteur d'un gène par la technique du pyroséquençage et pour celà je dois designé des amorces de PCR et des amorces de séquençage.  [...] Il y a de nombreux programmes qui te proposent d'identifier ce genre de chose. En gros il ne faut pas de palindrome, pas de structure secondaires, un bon rapport GC/AT et un G ou C en 3', un Tm raisonable etc... et surtout suffisament long pour qu'il soit spécifique.   [...]

[Biologie Moléculaire] transcriptase inverse

Bonjour, j'étudie la génie génétique qui reste encore très flou pour moi. La notion de transcriptase inverse indique donc qu'on prend un ARN connu, qui va devenir en ADNc qui va pouvoir s'hybrider avec la séquence d'ADN qu'on cherche.  [...] Peut-être que vous avez confondu 'hybridation avec alignement, ou alors je ne connais pas cette technique. Si vous faites allusion au RNA-seq, une fois que l'on a obtenu le premier ADNc, il est fragmenté, des adaptateurs pour amorces de PCR et de séquençage sont ligués aux extrémités, puis il est séquencé et aligné sur le génome de référence.  [...]

[Biotechnologie] Biotechnologies....

Il y a aussi un gros travail de rédaction d'articles (logique puisque c'est l'aboutissement normal des recherches). Il peut y avoir aussi du travail sur ordinateur (les personnes qui font du séquençage utilisent des programmes pour aligner les séquences d'ADN, on utilise aussi pas mal l'informatique pour faire de la phylogénie.  [...] Dans le stage de biologie moléculaire que j'ai fait entre mon DEUG et ma licence, on cherchait la position d'un virus/gène intégré dans l'ADN d'un insecte. La technique était exactement identique à celle utilisée pour rechercher la position d'un gène chez l'homme (amorces dégénérées crées à partir de la protéine isolée, création d'une banque d'ADN dans des phages, criblage de banque, séquençage...).  [...]

[Génétique] principe des études moléculaires

Pour l'analyse d'une mutation portant sur une région de l'ADN inconnue, on peut prendre une amorce hybridant sur une séquence connue adjacente à cette région. On peut alors utiliser la technique de marche sur le chromosome. on réalise un séquençage qui permet de connaitre une partie de la région inconnue.  [...] Grâce à ce séquençage on peut prendre une nouvelle amorce qui se situe en 3' du séquençage précédent, et refaire un séquençage, et ainsi de suite. On peut ainsi recouvrir toute la région inconnue et donc connaitre sa séquence. Pas de PCR pour cette technique, juste de l'ADN génomique en quantité suffisante pour que ce soit détectable par le séquenceur.  [...]

[Biologie Moléculaire] Primers

Ben rien que pr la PCR, sans amorces on aurait du mal et puis après pr toutes les techniques découlant de la PCR, le séquençage.  [...] les primers sont utilisés dans la majeure partie des techniques in-vitro nécessitant des polymérases, en particulier pour toutes les techniques de PCR. Comme tu le sais surement, pour dupliquer l'ADN (ou l'ARN dans certains cas), la polymérase à besoin d'une amorce, une petite séquence de nucléotides fixée au brin a répliquer, sur laquelle la polymérase va pouvoir prendre appui, ce sera le role des primers.  [...]

[Génétique] la PCR

En tout aussi indispensable, je dirai aussi le séquençage, car pas de séquences, pas d'amorces, pas d'amorces, pas de PCR. Le séquençage me semble indispensable.  [...] Donc pas de séquençage, pas d'amorces ( mais évidemment pas de synthèse d'amorces... pas d'amorces non plus, mais la c'est vraiment limite technologique qui est de pouvoir faire ce qu'on cherche à faire alors qu'on sait exactement ce qu'on veut faire ).  [...]

[Identification] taxonomie moléculaire

Piwi, soit magnanime avec moi J'ai vu taxonomie moléculaire et j'ai pensé à la classification fondé sur le 16S. Enfin, non, ce n'est pas une technique de biologie moléculaire, le 16S C'est le séquençage à la base qui est une technique de bio mol.  [...] pour revenir au sujet, voici une technique de microbiologie qui permet une classification des bacteries. c'est ce que l'on appelle la 'gallerie API', on test les bacteries sur different puits avec differents substrats, et selon la couleur du puit on peut determiner si la bacterie est capable d'utiliser ou non un substrat, entre autre si elle possede tel enzyme ou pas.  [...]

Séquençage haut débit d'E. coli : vers une médecine personnalisée

Le séquençage haut-débit existe depuis cinq ans mais cette technique s'est démocratisée en Europe depuis moins d'un an explique Christophe Audebert, chercheur à Gènes Diffusion ayant travaillé sur le séquençage du génome d' E. coli, interviewé par Futura-Sciences.  [...] Un inconvénient majeur, cependant. Si les laboratoires possèdent un recul vis-à-vis du séquençage, cette technique est nouvelle. On produit aujourd'hui, avec le IonTorrent, comme avec la majorité des technologies de séquençage haut débit, des fragments de séquences proches de 100 bases alors que certaines autres technologies permettent l'obtention de fragments de 400 bases, ajoute Christophe Audebert.  [...]

[Biologie Moléculaire] Meilleur technique de séquençage

concernant le pyrosequençage je crois que tu es limité au max à 200 paire de bases et cette technique sert sourtout pour identifié de point de mutation precis sur ta séquence.  [...] Mise à part la technique de séquençage par la méthode des didésoxynucléotides (méthode de Sanger), on peut distinguer trois autres techniques.  [...]

[Biologie Moléculaire] séquençage ADN

Pour nous aussi le service de séquencage demande des amorces à 2µM. Le problème vient peut être d'une erreur dans les dilutions.  [...] J'utilise 3,2pM pour la concentration des amorces en séquençage. Je fais sa directement dans mon labo et j'ai déjà utilisé cette concentration pour d'autres amorces et sa marche bien. Le problème et que j'ai vraiment rien du tout en séquence avec ces amorces.  [...]