• Santé - Programme, Séquences, Organisme

Logiciel et méthodologie | Dossier

Le dyad-analysis n'est pas adapté pour le moment à A. thaliana et par conséquent ne peut être aussi fiable que oligo-analysis qui lui a été programmé pour l'ensemble des génomes complets connus et compatibles avec des séquences de n'importe quel organisme.  [...] Le programme oligo-analysis analyse l'échantillon indiqué en comparant les différents oligonu-cléotides présents par rapport à leur fréquence dans le génome non codant de l'organisme considéré, la fréquence théorique. Cette analyse se traduit par le comptage du nombre d'occurrence de l' oligonucléotide considéré, comparé à celle attendue calculée depuis la probabilité d'occurrence.  [...]

Programme agencement alignements multiples de séquences

je recherche un programme compatible mac os X qui permettrait a partir d'un alignement de séquences clustal par exemple de colorer les aa identiques ou homologues (pas comme dans clustalX ou chaque aa est coloré, je cherche un truc qui me les colore uniquement quand 60% des aa entre les sequences sont identiques par exemple).  [...] 60% des aa entre sequences sont identiques implique que l'homologie soit calculée dans une fenêtre (un certain nombre d'acide aminés). Ce genre d'approche est possible avec un systeme d'alignement de genre dot-plot... qui peut par exemple se faire sur vector NTI (un peu cher) ou ailleurs (tape dot-plot sur google).  [...]

[Génétique] Arbre phylogénétique avec hétérozygotes

Je vous expose ici mon problème. Je souhaite réaliser un arbre phylogenetique de mes sequences d'ADN de poulpe. Je travail avec le chromosome 17, des séquences ont montres que j'avais des individus hétérozygotes qui possedaient une insertion de 7 nucléotides de plus sur un des chromosomes.  [...] Quand je fait l'arbre (avec ClustalW, Genious, Paup*, Bioedit, MrBaye liste non exhaustive) les séquences qui représentent les hétérozygotes se trouvent une en C et l'autre en L. Comment je fais pour que le programme me couple ces séquences et que cela représentent un seul individu et non deux comme ce que les programmes me font.  [...]

[Biologie Moléculaire] Logiciel pour pcr multiplexe

Blast est un programme qui te permet de comparer des séquences à celles présentes dans les bases de données. Il en existe plusieurs types selon ce que tu souhaites faire. blastN, blastP, blastX etc... Les options te permettent de spécifier le type de séquence que tu soumets au logiciel et à quelles données tu souhaites que ce soit comparé (séquences protéiques, nucléotidique.  [...] ..). pour FASTA c'est sensiblement pareil. Les différences résident principalement dans la manière dont le programme procède pour aligner les séquences.  [...]

Un grand pas en avant vers un séquençage ultra-rapide de l'ADN

La séparation de l'ADN, qui n'est pas le séquençage, est souvent utilisée en biologie moléculaire pour identifier des fragments particuliers. Pour séparer des séquences, les chercheurs réalisent habituellement une électrophorèse avec un gel d' agarose. soumis à un champ électrique, les fragments d'ADN les plus petits migrent le plus vite, d'où leur séparation en fonction de leur taille.  [...] Kezako. comment faire une analyse ADN L'ADN, cette molécule présente dans toutes les cellules vivantes renferme les clés du développement et du fonctionnement d'un organisme. Nous avons actuellement les moyens de la séquencer, pour mieux la comprendre. Unisciel et l'Université de Lille 1 nous expliquent, avec le programme Kézako, comment percer les mystères de cette molécule.  [...]

Recherche du consensus dans le génome complet d'A. thaliana | Dossier

Connaissant maintenant la séquence consensus probable des promoteurs des gènes de la RSA, DNA-pattern search peut faire la démarche inverse qui consiste à rechercher les promoteurs qui ont plus d'une occurrence de cette boîte et qui sont présents dans le génome complet d'A. thaliana.  [...] En apportant au programme les différentes boîtes qui se rapportent à la RSA, le programme peut rechercher sur le génome complet ces motifs déterminés. Ces séquences sont celles déterminées par les analyses précédentes (tgcagc et gcagc) et celles issus d'études précédentes (ttgac et tgacg).  [...]

[Biochimie] Outils informatiques

Bien sur La recherche de similarite et l'alignement de sequences, c'est la meme chose, tout le monde le sait Et c'est vrai qu'utiliser BLAST c'est tres simple, c'est pour ca que plein de gens font du n'importe quoi avec.  [...] Reste que ce n'est certainement pas avec BLAST du NCBI qu'il va pouvoir aligner des séquences. Il va pouvoir trouver des séquences similaires qu'il pourra multi aligner ensuite dans un programme tel que CLUSTAL (X ou W).  [...]

[Biologie Moléculaire] PCR et Taq : répétition de nucléotide

J'ai remarqué que même si mes PCR fonctionnent correctement, derriere si je séquence (enfin j'envoie à une société de séquencage) mon gène ZP4 j'ai un electrophérogramme illisible à partir d'une certain niveau.  [...] Tu séquences en sens et en anti-sens Comment lis tu tes séquences D'après une séquence rendue par le programme de séquençage ou directement sur les pics avec un programme type bioedit Je te demande parce que parfois les programmes des séquenceurs ne parviennent pas à lire une séquence sur les pics parce qu'ils sont trop faibles, un peu étalés, qu'il y a un bruit de fond, mais en les regardant toi même tu y arrives et tu complètes tes trous.  [...]

obtension d'une séquence consensus..comment?

je m'interesse à la construction d'une séquence consensus à partir de l'alignement de 6 séquences nucléotidiques. J'ai utilisé le CLC sequence viewer ainsi que Jalview mais il y a des positions où le logiciel ne peut pas trancher et met un point. Je trouve pas mal de fois que 50% des séquences ont le nucléotide C et 50% ont le T par exemple.  [...] Ce résultat est tout à fait normal, une séquence consensus est par définition la plus proche possible de toutes les séquences de ton alignement. Comme tu as un nombre pair de séquences, il est donc logique de trouver des positions avec 50% C et 50% de T, impossible alors pour le programme de trancher, d'où le point.  [...]

[Biologie Moléculaire] Kalign

Voilà mon problème, je n'utilise plus le logiciel d'alignement de séquences Kalign depuis quelques temps et je ne me souviens plus comment on fait. J'ai une dizaine de séquence sous format fasta que je voudrais aligner mais quand je les rentre dans le programme d'alignement de séquences protéiques il m'affiche ce message d'erreur.  [...] Je ne connais pas Kalign en particulier, mais il doit réagir à peu près comme les autres. Vérifie que tu as bien ton signe. devant les noms de tes séquences, qu'il n'y a pas d'espaces inutiles (parfois, ce type de programmes ne les aime pas trop et te sortent un message d'erreur).  [...]