• Santé - Position, Séquence, Base

[Biochimie] séquence nucléotidique dans brin ADN

est-ce que quelqu'un sait en moyenne, combien de fois peut-on s'attendre à trouver la séquence nucléotidique CGATTG (exemple) dans un brin monocaténaire d'ADN long de 4000 nucléotides.  [...] Donc grosso modo, cette séquence est retrouvée toutes les 4096 bases environ, c'est sa probabilité de présence. Au sein d'une séquence de 4000 bases, on peut considérer qu'il y a de fortes chances de la trouver une fois.  [...]

[Biologie Moléculaire] Protéines se liant à l'ADN???

en fait, j'ai une séquence d'ADN et je voudrais savoir le ou les éventuels facteurs qui peuvent se fixer dessus pour une régulation de la transcription.  [...] Oui ton truc est un classique de bioinfo. Une des méthodes très utilisées est d'appliquer sur une séquence donnée des matrices de poids (qui en gros contiennent les probabilités pour chaque position d'avoir telle ou telle base pour qu'un facteur de transcription particulier se lie).  [...]

Définition | Nucléotide | Futura Santé

Pour l' ADN, les nucléotides qui déterminent la séquence sont en réalité des désoxynucléotides. Le pentose qui les forme est un ribose, dont le groupement OH en position 2' est remplacé par un atome d' hydrogène (un désoxyribose ). Les nucléotides de l' ADN sont au nombre de quatre, selon la nature de la base azotée.  [...] L'enchaînement des nucléotides détermine la succession des bases dans l'acide nucléique, ce qui constitue le message génétique. Dans l'ADN, les bases sont impliquées dans les liaisons hydrogène responsables de la formation de la double hélice (deux liaisons entre l'adénine et la thymine, et trois entre la guanine et la cytosine).  [...]

Position des bases

En fait lorsqu'on nous dit par exemple on a un site de restriction BamHI = G/GATCC en position, cela veut-il dire que pour le G/G, le deuxième G est en position 1 ou le premier G.  [...] si l'enzyme coupe en bbbG/GATCCbbb ça signifie que tu as une sequence GGATCC (avec des bases devant et des bases derrières) et que l'enzyme agit entre les deux G ce qui donnera un fragment bbbG et un deuxième fragment GATCCbbbb.  [...]

[Biologie Moléculaire] question de qPCR pratique avec exemple

Ensuite, si tu es en real-time qPCR, il est conseillé d'avoir un amplicon court 100-200 pb pour être sûr de répliquer l'ensemble de la séquence à chaque cycle de PCR.  [...] Pour vérifier la spécificité des amorces, il faut savoir s'il existe d'autres gènes ayant une séquence proche du tien avec BLAST et vérifier que tu n'as pas positionné ton amorce dans des zones conservées (i.e. qui présente un fort pourcentage d'identité).  [...]

[Microbiologie] levure Ade2

Est ce bien la séquence de l' allèle porté par la souche blanche qui présente une substitution en position 103 (G dans l' allèle de la souche rouge, T dans l' allèle de la souche blanche).  [...] Dans ANAGENE (GENIEGEN), la séquence de l' allèle Ade2Allèle2 responsable de la couleur des levures (porté par levures blanches) présente en position 100 à 103 la séquence suivante.  [...]

[Biologie Moléculaire] Polymorphisme génétique

Vous amplifiez une séquence de 300 bases d'ADN humain qui peut contenir un polymorphisme génétique responsable de l'apparition d'un site de restriction en position 50 pour une enzyme E.  [...] Si je pars de ce principe que les gènes sauvages n'ont pas de sites de restriction alors pour les génes homozygotes, je peux m'attendre à 4 sites selon les données de l'énoncé et 2 pour les génes hétérozygotes, n'est-ce pas ou je me trompe.   [...]

[Génétique] ADN avec 6 bases

Pour les capacités d'évolution,... pas sur. les combinaisons serons plus nombreuses, il faut voir si le taux de mésappariementde X et Y est élevé ou pas, mais en partant sur un taux similaires aux mésappariement observables avec ATCG il n'y a pas de raison qu'on observe un taux de mutations différent, si tu as 1000 paires de bases, (composées de ATCG ou ATCGXY) chaque position dans la séquence gardera la meme proportions de mesappariement qu'on soit en présence de deux paires de bases ou trois paires de bases, et donc la séquence complète gardera aussi son taux de mutation globale par réplication.  [...] la seule chose qui change, c'est qu'en cas re remplacement d'une base par une autre on augmenterai le nombre d'acides aminés envisageable en remplacement, car si une base pour une position donnée change, dans le cas de deux paires il y aura1 à 3 possibilités pour l'acide aminé qui sera ajouté après mutation à la place de l'ancien, dans le cas de l'organisme triple paire, il y aura 1 à 5 acide aminé possible.  [...]

effet Antisens. A l'aide!

Le peuplier a normalement dans son ADN un gène codant pour une enzyme. Afin d'inhiber son expression, l'INRA a isolé d'une banque d'ADNc la séquence de cette enzyme et l'a introduite en position ANTISENS.  [...] quelqu'un peut-il m'éclairer comment une séquence d'ADNc (similaire au gène) mise en position antisens peut-elle inhiber le gène.  [...]

[Biologie Moléculaire] Problème de compréhension avec genemark

Là, je fais une autre supposition. indépendamment de tout, cette base a une proba d'apparition. mais si je considère que je suis en présence d'un codon, cette proba sera pondérée par une autre qui dépendra de ma première base. Parce qu'un codon qui commence par exemple par A admettra en seconde position une base précise plus souvent que n'importe quelle autre.  [...] Justement, le modèle supporté par un logiciel tel GeneMark va établir une matrice de probas pour chaque base de ta séquence, selon un set d'apprentissage (séquence issue d'un organisme modèle bien annoté). On aura donc une prédiction selon ce set dont le comportement a été appris par GeneMark.  [...]