• Santé - Phase, Lecture, ORF

[Biologie Moléculaire] qu'est ce qu'une ORF?

ORF c'est pour open reading frame. phase de lecture ouverte. On comprend immédiatement l'intérêt (si on a un minimum de base de biologie, mais si vous posez la question j'imagine que vous les avez).  [...] Pareil pour Piwi, dans ton exemple ce n'est pas vrai, on a toujours trois cadres de lecture possibles, meme si le deuxieme commence par un stop c'est un cadre de lecture possible, il commence juste apres le codon stop...non seulement on a 3 cadres de lecture possible, mais en plus on a aussi 3 ORF potentielles (on en a meme 6 si on considere le brin revese qui est ouvert dans les 3 phases lui aussi).  [...]

PCR et ORF deux question

et j'aimerai ensuite savoir pourquoi il n'y a que 6 phase de lecture dans ORF (phase de lecture ouverte ) je sais qu'on commence par la premiere base puis la deuxieme puis la troisieme pour chaque brin ce qui fait 6 phase de lectures mais pourquoi n'en fait on pas plus 7 8 9 etc.  [...] Seconde question. parce les codons sont codés sur 3 bases que pour une phase 7 comme vous dites, on reviendrait dans la phase de lecture 1.  [...]

Génétique

3. ORF = open reading frame c'est a dire phase ouverte de lecture. Elle sont frequement definit comme une region entre un codon ATG et un codon stop avec une certaine distance minimum (variable). En simplifiant c'est la region d'ARN qui est traduite en protéine.  [...] Sachant que en dehors des cellules et de toutes les enzymes presentes l'ouverture d'un brin d'ADN se fait à environs 60°C tu comprendras aisément l'importance de cette polymerase bactérienne.   [...]

[Biologie Moléculaire] clonage en phase

Pour que mon clonage soit en phase, est ce que je dois rajouter 2 bases supplémentaires à ma première amorce, sachant que l'enzyme coupe entre le C et le A du site CAT ATG.  [...] Sinon, le clonage est très simple à comprendre, sur la papier. Votre orf doit entrer dans la même phase de lecture qu'une autre orf sur le plasmide. Il suffit de compter le nombre de nuclotides entre la fin de la première orf et l'entrée de l'insert. il faut que ce soit un multiple de trois.  [...]

repérer le brin transcrit

Tu vois que, dans le cadre de lecture défini par l'ATG, le codon stop TGA que tu as répéré n'est pas lu comme TGA, mais comme A TG et A AT.  [...] Donc. ce n'est pas parceque tu vois dans une séquence 3 nucléotides successifs correspondant à un potentiel codon stop qu'il s'agit effectivement d'un codon stop. Tout dépend de la phase de lecture. (typiquement dans la séquence d'un gène codant une protéine, il y a plusieurs codons stop potentiels, mais potentiels uniquement, parcequ'ils ne seront pas lus comme tels).  [...]

[Biologie Moléculaire] Protéine de fusion

Dans le cadre de mon travail de thèse j'étudie l'expression d'une protéine. Pour commencer j'ai donc cloner le cDNA dans un vecteur d'expression pCDNA3 afin de le transfecter dans des HEK. Malheureusement il n'existe qu'un seul type d'anticorps contre cette protéine et le seul qui existe ne fonctionne absolument pas.   [...] C'est faisable comme ça Afin de créer ce genre de construction il faut donc que l'ORF de la GFP soit en phase avec l'ORF de ma protéine, correct.  [...]

[Microbiologie] Problème pour l'analyse d'un article

Re-désolée mais j'ai confondu avec les +1 non officiels que j'attribue au premier nucléotide de chaque codon afin de voir par quelle base (+1,+2 ou +3) commence le début de chaque exon et de pouvoir en déduire un décalage du cadre de lecture ou non en cas de suppression d'exons.  [...] NB. ORF (Open Reading Frame). cadre de lecture ouvert. C'est plus rapide que de dire cadre de lecture et c'est couramment utilisé.  [...]

[Microbiologie] Chevauchement des ORF

Ma question va peut etre paraitre un peu bete, mais a-t-on deja trouve un exemple chez les bacteries de deux genes codant l'un en cis et l'autre en trans et dont les deux cadres de lectures se chevauchent.  [...] Dans le premier cas, cela s'appelle des frameshift (ou decalage du cadre de lecture). On en trouve chez les virus, les procaryotes, et les eucaryotes.  [...]

[Biologie Moléculaire] brin transcrit et non transcrit...

Sachant que si le brin transcrit peut devenir le non transcrit, la nature de l' ARN pré messager, et celle de l' ARN messager changera, ainsi que celle de la protéine.   [...] Qu 'il n' y ait pas d' ORF (Open Reading Frame, cadre de lecture) chevauchantes, je peux le comprendre.  [...]

[Biologie Moléculaire] Question de lecture.

Non je suis désolé pour ceux qui s'attendaient à une histoire de lecture entre codon et anticodon ou encore d'ORF.  [...] Je voudrais savoir qu'elle est pour vous la revue FRANCAISE de biotechnologie la plus lues dans les laboratoire et par nos amis chercheurs.   [...]