• Santé - Outil, Séquences, Intérêt

[Biologie Moléculaire] [biologie moléculaire] Swissprot

FT. J'en suis pas sur mais celà doit donner des informations sur la séquences primaire tel que le site actif, site de fixation d'un ligand, zone d'épissage alternatif potentiel etc etc...). A vérifier.  [...] BLAST (Basic Local Alignement Sequence Tool, si je ne m'abuse) est un outil d'alignement local de séquences. Càd qu'il te servira si tu souhaites par exemple rechercher une similarité entre ta séquence d'intérêt et toutes les séquences contenues dans une banque de données.  [...]

[Biologie Moléculaire] Analyse d'une séquence protéique

Je recherche des sites ou logiciels qui permettent de prédire à partir de la séquence de ma protéine d'intérêt, la présence de domaines de liaisons à des protéines régulatrices, des motifs particuliers, des sites de phosphorylation...etc.  [...] Celà va comparer ta séquence protéique a une multitude d'autres séquences contenues dans des bases de données, et donc te sortir les résultats les plus proches de ta séquence. Cet outil permet également d'annoter des séquences en déterminant des séquences d'intérêt (dont les domaines protéiques).  [...]

[Biotechnologie] la création variétale

souvent des microsatellites (séquences courtes d'ADN). On considère les marqueurs déjà identifiés qui bordent la région qui intéresse le sélectionneur, c'est-à-dire le QTL d'une variété donneuse qu'il cherche à introgresser dans un fond génomique d'une autre variété receveuse par recombinaisons successives.  [...] L'objectif du sélectionneur, le plus souvent, est d'éliminer les séquences d'ADN parasites de la variété donneuse autour du QTL d'intérêt, pour affiner son introgression. c'est-à-dire n'introgresser que le QTL, avec un objet de pureté de 97%. Les marqueurs sont donc un outil de quantification idéal, puisqu'ils permettent de suivre la disparition progressive au cours des recombinaisons de certains marqueurs éloignés du QTL, et de la conservation de ceux qui sont les plus proches.  [...]

PSDM (PCR mediated Site-Directed Mutagenesis)

La PCR RFLP est une méthode d'analyse de polymorphismes parmi des séquences d'ADN homologues. C'est à dire qu'on fait une PCR sur chaque et qu'on digère les produits avec des enzymes de restriction. Ces produits digérés sont déposés sur un gel pour les faire migrer et comparer les profils de digestion les uns avec les autres.  [...] La PSDM est un outil de modification de l'ADN, elle est utilisée notamment pour modifier la séquence d'un gène d'intérêt dans un plasmide pour pouvoir étudier les effets d'une mutation donnée. Voir par là.  [...]

[Biologie Moléculaire] Traduction et transcription

Il y a cet outil qui traduit automatiquement les séquences d'ADN et d'ARN en protéines. Très simple d'utilisation, vous remarquerez qu'il donne 6 cadres de lecture car il lit les séquences dans les deux sens.  [...] w je pense que j'ai compris ce qu'elle veut dire part cette sequence est au milieu d'arn messager qui code pour une grande proteine ça veut dire qu'il ne doit pas avoir de codant stop peu etre.  [...]

Bioinformatique et nettoyage de séquences

j'ai besoin de vos lumières en bioinformatique concernant le nettoyage de séquences Illumina (fichier Fastq). En effet, j'ai une séquence qui devrait être propre malheureusement, il reste plein d'adn parasites (adn ribosomal entre autre, etc...) J'ai déjà fait un cutadapt pour supprimer mes adaptateurs, mais je me demandais quel outil peut-on utiliser pour supprimer les séquences indésirables.  [...] Si d'autres sont plus généralistes ou font les deux à la fois voire plus, je suis aussi demandeur.   [...]

Un moustique OGM contre le paludisme

C'est dans cette direction que la nouvelle recherche vient de franchir un pas important. Récemment, les biologistes Ethan Bier et Valentino Gantz, qui travaillaient sur des drosophiles, ont développé une nouvelle méthode innovante de modification du génome qui a pour intérêt de générer des mutations sur les deux copies d'un gène.  [...] Cette étude qui souligne l'intérêt de la méthode CRISPR-Cas9 comme outil de manipulation génétique est parue dans la revue Pnas.  [...]

[Biologie Moléculaire] manipulation de sequences

J'ai une centaine de séquences au format fasta dans un fichier unique. Je souhaite rajouter une vingtaine d'autres séquences, venant d'une autre source, et ne correspondant qu'à une partie des premières.  [...] Pouvez vous me conseiller un outil qui me permettrait facilement d'homogénéiser les tailles des séquences (c'est à dire de ne garder que les nucléotides n1 à n2 de ma première centaine de séquence).  [...]

[Biologie Moléculaire] comparaison de deux sequences

Connaissez vous un outil (logiciel,site en ligne ou autre )qui permette de comparer plusieurs sequences de nucleotides,de par la je veux dire mettre en evidence leur homologie de sequence,si jamais il y en a.  [...] Pour comparer deux séquences entre elles il y a Fasta (tu peux aussi utiliser ClustalW mais Fasta est plus rapide).  [...]

[Evolution] Réseaux phylogénétiques

Meiotic recombination between homologous chromosomes is particularly important in deriving chimeric sequences in a population of individuals of the same species, and understanding recombination in populations is a fundamental scientific goal. Moreover, recombination in populations is the key element underlying the logic of association mapping, an approach that is widely hoped to be able to efficiently locate genes influencing genetic diseases.  [...] Le truc des séquences binaires est aussi quelque chose qui me gêne un peu. Selon les mecs, dans le contexte de réticulation au niveau espèce, on part du principe que les séquences sont binaires parce que les caractères évolutifs complexes sont considérés binaires (présents ou absents).  [...]