• Santé - ORF, Séquence, Code, ARNm

[Biologie Moléculaire] qu'est ce qu'une ORF? - Page 2

D'ailleurs Aka, pourquoi dire qu'une ORF est une séquence qui CODE UN ARNm La transcription commence au (+1) et ta définition impliquerait d'inclure les 5'UTR dans l'ORF.  [...] Une ORF, c'est une séquence entre 2 codons STOP, soit l'intégralité des possibilités de codage d'une séquence sur les 2 brins. Je parlerai presque d'un outil qui permet de repérer des CDS (une séquence qui a un codon STOP en phase avec un codon START).  [...]

comment la cellule traduit son information génétique en protéines?

Maintenant intervient la Transcription. Pour un ensemble de raison que je ne vais pas citer, la séquence d'ADN, codant pour la protéine à synthétiser, doit être transcrite en ARN (Acide Ribo Nucléique). Cette nouvelle molécule est la même que celle d'ADN sauf qu'elle est simple brin et que le T est remplacé par un U (Uracile), ce qui lui confère des caractéristiques particulières.  [...] Le ribosome va se fixer sur l'ARNm est lire la séquence en la décomposant en des mots(codon) de trois lettre (ex. AUG) et à chaque codons il associera un acide aminé particulier. Il va ainsi lire l'ensemble de la séquence de l'ARNm (l'ORF des exons plus précisément) et constituera la séquence d'acides aminés correspondantes.  [...]

[Biotechnologie] Race PCR

A partir de la séquence intégrale de l'ARNm, on peut déterminer le codon d'initiation en effet. Dans la plupart des cas, le codon d'initiation au début de l'ORF la plus longue est le bon. voir ORF Finder sur NCBI. Les vérifications expérimentales adéquates s'imposent bien entendu.  [...] Mais à partir de la séquence 5' de l'ADNc normalement on le connait puisqu'on n'a jamais d'intron au début d'un pré-ARNm. Si quelqu'un passe ici et qui a les souvenirs plus frais que moi sur ces techniques de bio mol, qu'il n'hésite pas.  [...]

unité de transcription complexe eucaryote..

la fin d'un gène est défini par un codon stop (ou codon non-sens) le ribosome détache ses deux sous unités quand il le rencontre, en revanche l'ARN pol ne s'en préoccupe pas, ce codon ne fait pas parti des séquences qu'elle reconnait, pour elle le codon de fin d'un gène n'est rien de plus qu'un codon parmi tant d'autres,  [...] Ceci dit, au cours de ce fil, j'ai comme l'impression qu'il y a une belle confusion entre ORF et le gène. Car ce dernier est bien composé du signal de fin de transcription, du promoteur minimum, de l'ORF ainsi que de séquence cis-régulatrices. Par contre l'ORF (qui lui seul code pour le produit final du gène), lui, est borné par le codon initiateur et un codon stop et ne contient pas le signal de fin de transcription.  [...]

Lecture brin matrice Incompréhension

si on veut... mais il s'agit de 2 choses bien différentes. lors de la transcription, l'ARN polII lit le brin matrice de 3' vers 5' et lors de la traduction, le ribosome lit l'ARNm de 5' vers 3'. Ah oui, je crois que je vois ton problème. La séquence codante (l'ORF) est lisible sur l'ARNm de 5' vers 3'.  [...] Elle est aussi lisible de 5' vers 3' sur l'ADN, mais sur le brin complémentaire du brin transcrit. C'est à dire le brin appelé brin codant. Sur le brin transcrit, on n'a que la séquence complémentaire de la séquence codante.  [...]

[Biologie Moléculaire] qu'est ce qu'une ORF?

Tout cela pour dire que la notion de séquence codante ne se superpose pas parfaitement avec la notion de cadre de lecture.  [...] En fin de compte ce n'est pas compliqué, une ORF = séquence d'une taille entre deux codons stops. une CDS = séquence comprise entre un codon initiateur et un codon stop.  [...]

[Biologie Moléculaire] Facteur de Transcription ? (S.O.S)

Je comprends pas dans mon cours on dit qu'il y a maturation (épissage) du transcrit primaire ( ARN pré-messager) donc avant la maturation (épissage) le transcrit primaire est composé d'intron et d'exon qui ont été transcrit tout 2 par l'ARN polymérase ADN dépendante donc après épissage (maturation) on aura un ARNm constitué que d'exon c'est à dire que de séquence codante non Je comprends pas comment un ARNm ne puisse pas codé dans 90% des cas pour une protéine.  [...] Je comprends pas dans mon cours on dit qu'il y a maturation (épissage) du transcrit primaire ( ARN pré-messager) donc avant la maturation (épissage) le transcrit primaire est composé d'intron et d'exon qui ont été transcrit tout 2 par l'ARN polymérase ADN dépendante donc après épissage (maturation) on aura un ARNm constitué que d'exon c'est à dire que de séquence codante non.  [...]

Bioinformatique - Etudes d'une sequence d'ADN

Designer des oligos, rechercher une structure secondaire, calculer le tm, rechercher un homologue, rechercher des motifs, déduire la séquence codante etc.  [...] Tout ce qui est taux de GC et usage du code, c'est pas très fiable, surtout chez les virus et a fortiori si ils ont un hôte différent. Donne moi des détails sur ton virus et sur ce que tu possèdes de lui en séquence, je pourrais peut etre t'aider.  [...]

[Biologie Moléculaire] Les gènes Hox

Les protéines pour lesquelles ils codent appartiennent à une famille dont tous les membres ont en commun un domaine conservé, l'homéodomaine. Cet homéodomaine est formé d'environs 60 acides aminés formant 4 hélices (3 hélices alpha + une autre hélice). Ce sont les hélices 2 et 3 qui se fixent dans le grand sillon de l'ADN au niveau d'une séquence consensus spécifique à chacune des différentes sous-familles d'homéogènes.  [...] La génération de ses isoformes passe (rien que) par des glissement d'ORF, épissage alternatif évidemment, IRES, promoteur alternatif, séquence polyA différente,...C'est là qu'on commence à s'amuser en biologie... Le VEGF n'étant ici qu'un exemple, on pourrait envisager l'intervention de différents isoformes d'un même gène Hox à des étapes diverses et à des localisations variées, non.  [...]

ORF = code forcément une protéine ?

Une ORF cest un gène putatif. Il n'y aura pas forcément de transcription ni de traduction. Une ORF se limite au contenu entre un start et un stop, et y'en à un paquet.  [...] Exactement. Après, si on trouve une ORF de plusieurs centaines de bases, il y a de fortes chances que cela donne un transcrit. Quand on recherche des ORF, les très courtes ne correspondent en général a rien et les longues sont des gènes.  [...]