• Santé - Matériel, Extraction, ADN

[Génétique] Détection de SNP par TaqMan sur de l’ADN génomique problème?

Je dois déterminer des SNP par PCR TaqMan. Je pars de tissus de tumeur qui on eu un traitement peu adéquat et donc mon ADN est assez dégradé. Le protocole (TaqMan SNP Genotyping Assays de AB) conseil de ne pas utiliser plus de 20ng d'ADN par puits. Mais j ai une post doc audessus de moi qui me force (stagiaire) à utiliser bien plus (de 20 a 100X plus).  [...] La PCR n'a pas fonctionné. Mais elle me dit que je dois utiliser bien plus de matériel car mon ADN est dégradé et envisage une purification par extraction sur gel pour ne conserver que les fragment ADN les plus importants.  [...]

La Pcr

extraction d'ADN ca veut dire isoler les molecules d'ADN, c'est a dire le materiel genetique, du reste des composants des cellules.  [...] ...Et, lors d'une pcr classique (non pcr en temps réel), pourquoi on dit que le résultat est qualitatif Parce que je croyais que même si la précision de quantificationest médiocre, on peut toujours différencier deux quantités de ADN amplifié, l'une étant au moins 10 fois plus grande que l'autre.  [...]

Et revoilà le clonage de mammouth !

Les membres de l'expédition ont, rapporte l'AFP, réussi à colorer les noyaux, probablement, peut-on en conclure, avec les réactifs utilisés pour mettre en évidence l' ADN. Les tissus seraient donc exceptionnellement bien conservés, laissant espérer l'extraction d'un matériel génétique de qualité.  [...] Outre qu'il faut être certain de récupérer la totalité de l'ADN (rappelons que nous avons plus de 98 % d'ADN avec les chimpanzés...), il faut encore préparer ce matériel génétique pour qu'il ressemble à des chromosomes. Quant à récupérer un ovocyte au bon stade sur une éléphante, la tâche est probablement très difficile, tout autant que l'injection de l'ovule fécondé, au point que l'idée est venue de passer par.  [...]

[Biologie Moléculaire] contamination PCR

Si tu as écarté un problème de réactif, essaie de changer de lieu et de pipettes. (Une voisine vient faire ses PCR chez moi, ça marche mieux, de même un collègue qui fait de l'extraction d'ADN de biopsies ET des maxiprep quotidiennement a deux paillasses distinctes et du matériel propre à chaque manip).  [...] Nous avons passé donc lavé toutes nos paillasses à l'HCl, au DNAoff, et passé une machine pulverisants un produits détruisant bactérie et champignons. Hélas les contaminations étaient toujours là. Pour confirmer notre thèse, nous avons été travaillé dans un autre batiment, pour preparer le mix, une série d'échantillon chez nos collègues et une série d'échantillon sur le même mix mais dans notre laboratoire et oui la contamination n'est présente que chez nous.   [...]

[Génétique] le matériel génétique et cellule

dernièrement j'ai assisté à une conférence et un professeur a dit une nouvelle information les cellules n'ont pas le ADN,le matériel génétique se change d'une cellule à l'autre dans le corps humain ).  [...] dalmia vraiment ce que m'interesse c'est les cellules sanguins et exactement le sujet d'extraction D'ADN et pourquoi nous avons choisis les Leucocyte et pas les érythrocyte la réponse était comme vous avez déjà dit que les globules rouges matures n'ont pas de noyau donc pas de matériel génétique alors le prof a dit que dernièrement une article dit que le matériel génétique se différencie d'une cellule de corps a l'autre alors j'ai pas bien comprit ce qu'il veut dire,bon je vous remercie beaucoup pour vos informations.  [...]

[Génétique] PCR ou RT-PCR

- que l'extraction d'ARN est plus lourde (plus fragile, les RNases sont pratiquement impossible à inhiber complètement) que l'extraction d'ADN. Et plus chère il faut du matériel plutôt spécifique pour être sur de réussir.  [...] Et l'extraction, faut être RNase free (la blague), vous travaillez toujours dans de la glace, ne pouvez pas utiliser de la bête eau distillée, faut mieux avoir de l'eau avec DEPC, si vous voulez avoir moins de dégradation, mieux vaut avoir un jeu de pipettes dédié à cela, une centri à froid pour inhiber au max, changer de gants régulièrement.  [...]

[Biologie Moléculaire] Amplification d'ARN

Je suis en première année de thèse et après mon extraction d'ARN, j'ai une concentration de 8 ng/µL environ, dans un volume final de 11 µL (kit PicoPure de chez Arcturus, après microdissection). Je voudrais amplifier mes ARN car je dois étudier une dizaine de gènes en PCR temps réel, donc je n'aurai pas assez de matériel de départ (car il faut environ 50 ng d'ADN par puits...).  [...] Pour cela j'ai trouvé un kit Ambion. MessageAmp, super mais le truc c'est qu'il est très cher.. 1100 € pour 20 réactions.   [...]

[Biologie Moléculaire] Amplification infructueuse

Les petits polyphénols peuvent peut-être dénaturer les enzymes (). Mais en principe ils devraient rester dans la phase organique de l'extraction... Pour les polysaccharides, certains peuvent peut-être agir comme inhibiteurs compétifis (). Cependant en concentrant l'ADN par précipitation, j'imagine qu'on élimine pas mal de ces polymères osidiques avec l'éluant.  [...] Est-ce que tu as essayé de prendre ton ADN après extraction et de le faire migrer sur gel histoire de voir la tronche que ça a Ca te permet de voir si tu as vraiment de l'ADN ou si tu as une grosse contamination ARN (chose qui m'est déjà arrivée alors que le Nanodrop semblait correct).  [...]

[Biochimie] Mecanisme de ligation SOS clonage

D'après ce que tu dis tu purifies ton ADN par extraction sur gel Pour l'avoir aussi utilisé, la perte du matériel est énorme. Il vaut mieux purifier avec un kit de purification comme le PCR extraction kit (Qiagen) où la purif se fait directement sur ton produit de PCR, sans passer par un gel.  [...] Concernant la purification de l'ADN, je purifie tout le temps à partir d'une extraction sur gel et ça ne pose pas de problèmes (en utilisant le kit macherey), cependant tu peux passer ton agarose fondue et produit de PCR 2 fois sur la même colonne c'est à dire que tu reprends ce qui est passé et tu le repasses, tu auras d'avantage d'ADN.  [...]

Des OGM maison ?

Avec l'évolution des différentes méthodes d'extraction de l'ADN et de manipulation génétique, je me demandais, au delà de toute considération éthique, s'il était aujourd'hui envisageable de modifier génétiquement des organismes simples (du genre e. coli) en leur injectant des gènes déjà connus et séquencés, dont la fonction est bien identifiée, le tout avec un faible budget (quelques centaines d'euros tout au plus) et du matériel de laboratoire de base.  [...] la deuxieme méthode necessitera un peu plus de matériel et connaissance, mais au final, c'est plus ou moins juste un choc electrique sur des bactéries en solution avec le plasmide à insérer.  [...]