• Santé - Marquage, Sonde, ADN

[Biologie Moléculaire] Marquage directe et indirecte d'une sonde ADN

[Biologie Moléculaire] Marquage directe et indirecte d'une sonde ADN.  [...] Ma question est a propos du marquage directe et indirecte dune sonde ADN. Le prof nous a dit que le marquage indirecte est utilise pour amplifer le signal mais je n'ai pas compri pourquoi une necessité d'amplifier le signal.  [...]

gel shift : hhhheeeeelllp !!!!!!!

g qd même encore une petite question...je sais qu'il faut faire des expériences de compétition sonde chaude/sonde froide pour tester la spécificité de l'interaction ADN/prot... s'il y a des aspécificités, est-ce dû au marquage de la sonde.  [...] je pose cette question car dans le cas de l'utilisation du kit dont je parlais la derneiere fois, on ne peut pas réaliser d'expérineces de compétition car c le gel qui est coloré apres l'electrophorese et il n'y a pas de marquage de sonde d'ADN, donc je ne vois pas pourquoi l'interaction ADN/prot serait non spécifique dans ce cas.  [...]

Hybridation in situ

Donc si je comprend bien le principe, l'ADN de saumon se fixe sur l'ADN et l'ARN du tissu sur lequel je veux faire l'hybridation in situ, et quand je dépose la ribosonde spécique il y a une compétition entre l'ADN de saumon fixé et la sonde, diminuant ainsi le marquage aspécifique tandisque ma sonde se fixe sur l'ARN que l'on veut mettre en évidence.  [...] C'est juste que ta sonde peut se fixer sur des sites aspécifiques. Si le nombre de site aspécifique du à l'ADN de saumon est superieur au nombre de sites andogènes alors la probabilité qu'une hybridation aspécifique se fasse avec l'ADN de saumon est plus grande que celle qu'elle se fasse avec du matériel endogène.  [...]

[Biologie Moléculaire] Remplacer dilution buffer?

au cours d'une determination de l'efficacité d'une réaction de marquage d'une sonde d'ADN je dois utiliser un dilution buffer pour diluer l'ADN mais le quit du DIG-labeling DNA de Roche contient seulement 3ml de ce tampon alors que j'utilise dans chaque manipe prés de 0.  [...] Si tu connais la composition du tampon qu'utlise Roche, tu peux toujours en refaire toi même temps que tu respecte les doses et le pH, y'a pas de raison que celà ne fonctionne pas.   [...]

[Biochimie] Nucléase S1

Selon moi, le S1 mapping commencerait par le marquage d'une sonde d'ADN, puis on dénature pour n'avoir qu'un seul brin d'ADN, et ensuite on va l'hybrider avec une séquence d'ARNm en 5' de celle-ci, puis on utilise la nucléase S1, afin de couper les parties qui ne se sont pas hybridées.  [...] Donc je pense que les parties dégradées correspondent à des séquences introniques (puisque non appariement avec l'ARNm) et j'en conclus donc que cette méthode sert à savoir la taille de la séquence qui se trouve avant le premier exon, soit la séquence promotrice.   [...]

[Biologie Moléculaire] signal southern blot

J'ai essayé plusieurs chose, changer les kits de marquages ( digoxygenine ), resynthétiser une sonde, changer de fournisseur, refaire tout les tampons, changer les températures d'hybridation... rien de mieu.  [...] Cette sonde la je sais qu'elle fonctionne. Si je n'ai pas de bons resultats avec celle qu'ils auront marqué, c'est que ca vient de mon tampon... mais quoi dans le tampon aprés il a aussi ete refait plusieurs foi.  [...]

prédire digestion ADN DNAse1?

Je suis en essai d'un protocole de marquage de sonde. Pour ce faire, je dois digérer mon ADN Bac avec de la DNase 1. La seule information que j'ai c'est qu'il est suggéré d'utiliser 6ul de DNase 1 pour 1ug de BAC DNA de 100kb pendant 2 heures à 15 degrés C pour obtenir des fragments entre 300 et 700 bp).  [...] Pour optimiser l experience, tu peux fixer la quantite d ADN a digerer et utiliser differentes quantites de DNAse et differents temps de digestion et regarder ensuite quelle est la meilleur condition.  [...]

Genes dans l'ADN

on peut aussi utiliser - lorsqu'on connait le gène à trouver - un court fragment de ce gène (repérable grace à un marqueur radioactif) que l'on fait incuber avec l'ADN total de l'individu chez qui on cherche le gène. ce fragment, appelé sonde, se fixera de façon spécifique au gène à repérer et le révèlera grace à son marquage radioactif.  [...] ensuite grace a des sondes ou des amorces tu peux tenter de reperer le gene dans une banque ou sur de l'ADN genomique (voir ADNc pour les eucaryotes sup).  [...]

[Biologie Moléculaire] Marquage d'une sonde

lors du random Priming (ou marquage par multi amorçage), est-ce que les brins synthétisés par la polymérase à partir des amorces vont se lier à la fin par une ligase, ou bien l'ARN polymérase va-t-elle hydrolyser les amorce ce qui va coller tous les brins, ou bien les brins restent séparés.  [...] Si les brins restent séparés, comment ça se fait que la polymérase ne les collent pas De plus, si les brins sont séparés lors de ce marquage de la sonde, on peut utiliser n'importe quel brin pour marquer le gène pour lequel on a fait la sonde, ou bien faut utiliser tous les brins pour que ça puisse reconnaître le brin d'ADN qu'on veut.  [...]

[Biologie Moléculaire] probleme de signal southern

J'ai essayé plusieurs choses, augmenter les concentrations, changer tout mes tampons, changer la sonde a marquer, changer le kit de marquage, utiliser une sonde purifiée par HPLC.  [...] As tu un controle positif qui marche Une autre sonde a une position completement differente Si tu as tout change et que tu fais tout correctement, c'est que le marquage n'est pas en cause. Le southern est quelque chose d'assez complexe a faire avec pas mal d'etapes. Il y a peut etre une etape qui est mauvaise.  [...]