• Santé - Logiciel, Structure, Protéine

[Microbiologie] comment produire une toxine bactérienne sans bactérie?

je me demande si il y a une  [...] champignons au fait c'est quoi la structure moléculaire d'un antibiotique existe t il un logiciel freeware de bio-informatique qui présente la structure de n'importe quel protéine il suffirait d'entrer le code amine (je veux dire le code en acide aminé de la protéine ) et qui marche sous windows, je disais il suffirait d'entrer le code amine de la protéine pour qu'il la structure en 3d et même nous donne le  [...] des références qui possède le même code génétique si c'est pas encore fait ça, je donne gratuitement une idée à un bio-informaticien pour créer ce logiciel.  [...] existe t il un logiciel freeware de bio-informatique qui présente la structure de n'importe quel protéine il suffirait d'entrer le code amine (je veux dire le code en acide aminé de la protéine ) et qui marche sous windows, je disais il suffirait d'entrer le code amine de la protéine pour qu'il la structure en 3d et même nous donne le code génétique correspondant, en plus chercherais dans les base de données mondiales des gènes ou des références qui possède le même code génétique si c'est pas encore fait ça, je donne gratuitement une idée à un bio-informaticien pour créer ce logiciel.  [...]

[Biochimie] logiciel de modelisation gratuit

je suis a la recherche de logiciel me permettant d'observer la structure 3D d'une proteine connue, mais aussi me permettant de recuperer cette struture afin de la mettre dans un fichier word ou excel, ramol ne passe pas sur mon windows vista et Cn3D me permet pas de recuperer ma structure proteique.  [...] j'ai telecharger le logiciel STRAP, i ma l'air tres bien cependant je n'arrive pas a telecharger le format text de la proteine prise sur pdb (2QSP) alors que c'est le debut de tout comment faire pour la suite des manip grace a ce logiciel je pense pouvoir men sortir. a l'aide.  [...]

[Biochimie] Conformation préférentielle des acides aminés ??

Pour cela ils ont tout d'abord analyser des structures 3D de protéines déterminer par cristallographie des rayons X. Ces structures sont stockées sur une banque de données la PDB (Protein Data Bank). Ils ont observés (analyse statistique) que certaines séquences en acides aminés allaient données préferentiellement des Helices alpha, des brins/feuillets béta ou des coudes.  [...] Donc ensuite ils ont construit un algorithme où tu rentres la séquences de ta protéine et le logiciel va prédire les éléments de structures secondaires de ta protéine.  [...]

Criblage virtuel et "docking"

Connaissez-vous un logiciel ou un server sur lequel il est possible de faire du criblage virtuel de chimiotheque Dans la meme idée je suis a la recherche d'outils pour faire du docking moleculaire a partir d'une protéine cristalisée. J'utilise l'excelent logiciel Pymol pour visualiser mes structures, j'ai trouvé un pluging qui s'appelle autodock mais pour une raison mysterieuse ca ne marche pas... any help.  [...] je connais un bon logiciel d'alignement de structure, il s'appelle SPDBV (Swiss-Prot DataBase Viewer). Les alignements peuvent se faire par domaines, avec l'angle magique, tu peux aligner autant de protéines que tu veux à conditions quelles soient structuralement proches évidemment.  [...]

Schemas "en rubans"

Il y a un logiciel que j'affectionne particulièrement, c'est ViewerLite car on peut télécharger des structures de protéines sur la PDB et les visionner avec précision, en choisissant la représentation qu'on veut.  [...] Je t'ai mis une protéine à visualiser, j'ai choisi une porine et je l'ai mise sous représentation ruban (PS. elle ne peut être visualisée qu'avec ViewerLite). Dans le logiciel, va a View. Display Style. atom. ball and stick. A ta représentation en ruban va s'ajouter les atomes et leur liaisons, et là tu comprendras beaucoup mieux ce que représente la structure en ruban, encore faut-il avoir de très bons yeux pour repérer la chaine principale et différencier les chaines latérales.  [...]

identification d'interaction protéique et info

Existe-t-il un logiciel informatique qui permette avec une structure proteique 3D de determiner les autres structures proteiques avec lesquelles elle pourrait entrer en interaction.  [...] Bha je sais pas, mais avec VMD ou pymol tu obtiens la structure 3D de la protéine avec les résidus séléctionnables et identifiable apres suivant leur nature à toi de determiner avec quel(s) autres résidus ça peut intéragir.  [...]

[Biologie Moléculaire] Fold It! le jeu du repliement des protéines

Je connais bien le programme Rosetta puisque je calcule pour WCG qui utilise l'algorithme de David Baker, dans l'équipe Futura Sciences bien entendu. J'avoue que j'ai du mal à comprendre sur quoi les joueurs se fient pour replier sans avoir quelque base en structure protéique car d'après ce que je vois sur le dessin, c'est une véritable structure primaire.  [...] Ensuite, je me disais que l'algorithme devait réellement bosser et prédire la réaction de repliement de la chaîne primaire lorsqu'on agite ou qu'on secoue. C'est à ce moment là que le logiciel calcule les interactions hydrophobes, les répulsions électrostatiques, en gros tout ce qui conditionne la structure protéique non.  [...]

Alignement séquence (Bioinformatique)

J'aimerais savoir s'il y aurait un logiciel capable de relier tous ces fragments afin d'avoir une seule séquence de ma protéine. Présentement je le faismanuellement et c'est très long.  [...] Salut, oui il y a notre protéine que nous avons transfecté dans un plasmide. Nous l'avons verifier par blast avec la sequence de cette protéine de NCBI (reference). Et nous obtenons pleins de petits fragments d'alignement, ce qui est normal puisque lors du séquencage le logiciel fait pleins d'erreurs et donc l'alignement ce fait moins bien, ce qui crée ces fragments.  [...]

Quel test statistique utiliser?

Il s'agit d'une part de protéine de cellules transfectée et d'autre part de protéine de cellules non transfectée. Je voudrai savoir si la transfection affecte de niveau de cette protéine. Mais mon échantillon ne contient qu'une seule série de mesure.  [...] Si tu souhaite avoir des données chiffrées, il faut utiliser un logiciel comme ImageJ qui permet de mesurer des intensités de bandes. Il faut alors ajuster les valeurs obtenues pour ta protéine en fonction des valeurs lues pour la protéine référence.  [...]

[Génétique] Programme Structure, fichier input

J'ai un problème pour faire mon fichier de donnée sur Structure. J'ai un jeu d'allèle pour 5 marqueurs (des microsat), bi-allélique. Des individus, une seul population, pas de différence de sexe(enfin si mais pas important la).  [...] Je pars d'un fichier excel, comment creer un fichier Structure qui tourne J'ai le logiciel Create. J'arrive à plusieurs fichier mais aucun ne tourne.  [...]