• Santé - Logiciel, Séquences, ADN, Protéines

Readseq Logiciel

Prière de m'aider pour trouver un logiciel qui remplace readSeq de INFOBIOGEN pour manipuler des séquences ADN ou Protéines.  [...] Qu'est-ce que tu appelle manipuler les séquences d'ADN ou de protéines Parce-que des logiciels dans ce style, y en a une grosse flopée.  [...]

[Biochimie] Outils informatiques

Appatch, le meilleurs logiciel de bioinfo pour aligner des séquences d'ADN, d'ARN ou protéique c'est Blast sur NCBI. C'est américain, très simple d'utilisation, est SUPER utile.  [...] Voici Blast2sequence, un logiciel bioinfo de NCBI permettant l'alignement pas uniquement local de deux séquences (nucléiques ou protéines).  [...]

[biologie moleculaire] Logiciel équivalent à DNA strider sur PC

Est-ce que quelqu'un connait un bon logiciel d'analyse de sequences (ADN et proteines) equivalent a DNA strider (alignements, sites de restrictions, identification dORFs, etc...) mais qui marche avec un PC (DNa strioder ne marche que sur MAc).  [...] J'utilise personnellement le logiciel ApE (A plasmid Editor) qui est très performant et multiplateforme. Bien entendu il est gratuit. Je n'ai pas l'adresse en tête mais vous la trouverez facilement avec les mot clé a plasmid editor sous google.  [...]

Identification d'une protéine

J'ai une séquence d'ADN et je dois trouver quelle protéine elle code. J'ai donc traduit cette séquence en AA grace à un logiciel, puis j'ai cherché des homologies avec d'autres protéines sur cette base de données. http.//www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST.  [...] Je pense que cela dépend du type de bande que tu as, à savoir si l'identité de la séquence est complète (du 1er aa au dernier) ou si elle est partielle... dans ce cas, ça pourrait correspondre à une pré(pro)protéine... Et ça compliquerait l'exercice. Le mieux à faire je pense, est de nous donner ta séquence en aa en piece jointe, pour qu'on se rende compte de la tête des résultats.  [...]

[Génétique] Logiciel pour séquence consensus

Je recherche un logiciel (ou plusieurs) qui peut me donner la séquence consensus de plusieurs séquences d'ADN (déja alignées).  [...] Jalview le fait. Tu peux l'utiliser associé à clustalW dans la configuration proposée par l'EBI ou alors l'utiliser en stand alone en allant sur le site http.//www.jalview.org/.   [...]

staden package

je debute avec le logiciel staden package (assemblage de sequences ADN) savez ou je peux trouver une formation ou de l aide pour l utiliser.  [...]

[Biologie Moléculaire] Equivalent de Vector NTI

Je fais surtout du design de vecteur, donc il me faut un logiciel capable d'annoter les séquences facilement, capable de comparer des séquences, de passer de l'ADN à la séquence protéique biensur.  [...] Je vais tester clustal pour les alignements de séquences. pour le moment j'utilise un logiciel de chez GATC, vu que je fais séquencer par cette société.  [...]

similarités ADN (plusieurs Méga bases)

J'ai créé un logiciel gratuit qui permet de trouver des similarités entre 2 séquences ADN, il fait des alignements locaux et utilise au maximum les caches processeurs et fonctionne aussi bien sous windows, linux, solaris ou Mac (et une partie directement sous pages web).  [...] Pour aller plus loin, se serait pas mal de pouvoir sortir le plot en jpeg ou n'importe quel format d'image. Et de 2 si on pouvait faire ca avec des séquences protéiques, se serait le top. Mais c'est déjà bien.  [...]

Recherche cladogramme sur les Angio.

Peut-être pas aussi détaillé que ce que tu souhaiterais mais si tu as accès à une bibliothèque, le dossier hors-série de POUR LA SCIENCE de janvier 2000 répondra en partie à tes attentes.   [...] sinon, le logiciel anagene est capable de générer des arbres phylogénétiques pour différents genes, et différentes especes. mais je ne sais pas si le fichiers correspondant aux genes principaux permetant de comparer les angiospermes existent. sinon, il faut rentrer les séquences d'adn soi même... long.  [...]

[Evolution] [Proteomique] Logiciel d'alignement de sequences proteiques

Je suis a la recherche d'un logiciel type Clustal pour realiser des alignements de sequences d'acides amines dans le but de tracer des arbres evolutifs. Malheureusement les sequences que je possede sont en txt et pas en FASTA ou autre.  [...] Connaissez vous un programme complet qui me permette de tracer ces arbres en partant de fichier txt ou bien avez vous une idee de logiciel permettant la conversion des txt en FASTA.  [...]