• Santé - Logiciel, Séquences, Acides aminés, But, Arbres

[Evolution] [Proteomique] Logiciel d'alignement de sequences proteiques

Je suis a la recherche d'un logiciel type Clustal pour realiser des alignements de sequences d'acides amines dans le but de tracer des arbres evolutifs. Malheureusement les sequences que je possede sont en txt et pas en FASTA ou autre.  [...] Connaissez vous un programme complet qui me permette de tracer ces arbres en partant de fichier txt ou bien avez vous une idee de logiciel permettant la conversion des txt en FASTA.  [...]

[Biotechnologie] spectrometrie de masse

je voudrais savoir aussi si le logiciel de comparaison avec une base de donnée utilisait la sequence en acides aminés ou le spectre de masse pour identifier le peptide ou la proteine en question.  [...] Ce qu'il faut avoir a l'esprit, c'est que la masse d'un peptide est statistiquement unique au dela de 6 ou 7 acides amines (je ne sais plus exactement). En comparant les masses des peptides obtenus aux masses theoriques que l'on peut obtenir a partir d'une base de donnees de proteine, on peut identifier ainsi la sequence a partir de la masse (algorithme Mascot).  [...]

Logiciel de création de formule topologique de protéines

Logiciel de création de formule topologique de protéines.  [...] Je connais la séquence des acides aminés d'une protéines mais je n'arrive pas à trouver sa formule topologique. Je me demandais s'il existait un logiciel qui pourrait me dessiner la molécule.  [...]

Recherche cladogramme sur les Angio.

Peut-être pas aussi détaillé que ce que tu souhaiterais mais si tu as accès à une bibliothèque, le dossier hors-série de POUR LA SCIENCE de janvier 2000 répondra en partie à tes attentes.   [...] sinon, le logiciel anagene est capable de générer des arbres phylogénétiques pour différents genes, et différentes especes. mais je ne sais pas si le fichiers correspondant aux genes principaux permetant de comparer les angiospermes existent. sinon, il faut rentrer les séquences d'adn soi même... long.  [...]

[Biochimie] Visualisation et annotation d'une structure 3D

Si tu peux obtenir ta structure via la PDB, au format.pdb, tu peux l'ouvrir avec le logiciel ViewerLite que tu trouveras facilement avec google en accès libre. Grâce à ce logiciel tu peux sélectionner les acides aminés voulus qui apparaissent alors en jaune.  [...] PS. ViewerLite provient aussi de chez Accelrys. J'ai aussi vu qu'on pouvait sélectionner les acides aminés selon leur propriétés physico-chimiques. En sélectionnant les acides aminés hydrophiles cela peut faciliter la tache pour la sélection des lysines. Il y a sans doute une fonction pour sélectionner l'acide aminé que l'on veut sur la protéine entière mais j'ai pas cherché.  [...]

sujet pour programmation bio informatique

il s'agit de faire lire deux fichiers fasta (un fichier texte, très simple, tu pourra regarder sur google si ca ne te parles pas) ces deux fichiers fasta contiennent chacun une séquence génétique, et le but du programme est d'analyser la relation entre ces deux séquences et déterminer la proximité entre ces deux séquences (insertion de portions de gène, délétions, mutations, et ressortir un score, le meilleur chemin ainsi que le tracé arrière reliant les deux séquences).  [...] Le but est de donner au programme un fichier fasta (encore) et le logiciel determine les meilleurs amorces possibles pour une ampification PCR (en fonction de taille optimale, GC pourcent, calcul de la température qu'il sera nécessaire d'utiliser pour l'hybridation, le pourcentge d'homologie entre les séquences si il s'agit d'amorces dégénérées et donc réalisées a partir de plusieurs séquences, la position de l'amorce dans le gène) et enregistrer les différentes possibilitées d'amorces et leurs caracteristiques dans un fichier.  [...]

[Biochimie] Outils informatiques

Appatch, le meilleurs logiciel de bioinfo pour aligner des séquences d'ADN, d'ARN ou protéique c'est Blast sur NCBI. C'est américain, très simple d'utilisation, est SUPER utile.  [...] Voici Blast2sequence, un logiciel bioinfo de NCBI permettant l'alignement pas uniquement local de deux séquences (nucléiques ou protéines).  [...]

[Biologie Moléculaire] Séquencer un long fragment d'ADN

Après séquencage, j'obtient donc la séquence du gène par la fin et la séquence par le début. Je cherche un moyen d'inverser une des deux séquences rapidement (la plus part des logiciels font l'inverse et le complément...) puis de pouvoir rabouter les deux séquences pour obtenir ma séquence finale. Auriez vous un moyen.  [...] Avec un logiciel d'alignement de séquence (matcher de l'institut pasteur par exemple), tu peux retrouver la zone de chevauchement (les deux séquences s'aligne à un endroit particulier). Il ne te reste plus qu'à effacer sur une des deux séquences la partie commune et à accoler les deux séquences.  [...]

[Biochimie] molécules homologues

logiciel ANAGENE disponible sur le bureau et fichier seq-mol.edi (répertoire Sauve) qui comporte les séquences suivantes.  [...] Tu es bien d'accord, MatthDbz, que certaines des protéines que tu as dans l'énoncé, seront beaucoup plus sujettes à modification que d'autres. Lesquelles Est-ce pertinent d'établir une parenté sur des séquences dont les compositions bougent beaucoup ou non et pourquoi.  [...]

[Evolution] Arbre phylogenétique

Un arbre phylogénique consiste à comparer différentes séquences soient géniques soient peptidiques. Le logiciel va tenter d'aligner les séquences de manière à obtenir le maximum d'homologie possible. En fonction du % de la séquence qui est homologue à une autre (suite à cet alignement optimal), la branche d'arbre sera plus ou moins éloignée.  [...] Sur les arbres (les plus clairs à mon sens sont les circulaires) tu peux ainsi voir qu'elles sont les séquences les plus proches des autres en structure et donc probablement les plus proches en terme de différenciation phylogénique au cours du temps.  [...]