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Logiciel : séquence d'adn

Quelqu'un connait t il un logiciel capable de reconnaître ou recherché une séquence d'adn dans un génome donné.  [...] Bien sur, cela prends du temps (surtout si vous souhaitez la comparaison avec toute les espèces séquencés), mais généralement, ce n'est qu'une affaire de minutes.  [...]

[Génétique] Logiciel pour séquence consensus

Je recherche un logiciel (ou plusieurs) qui peut me donner la séquence consensus de plusieurs séquences d'ADN (déja alignées).  [...] Bonjour, moi aussi j'ai le meme problème avec le téléchargement de la séquence consensus.comment l'obtenir svp.  [...]

Identification d'une protéine

J'ai une séquence d'ADN et je dois trouver quelle protéine elle code. J'ai donc traduit cette séquence en AA grace à un logiciel, puis j'ai cherché des homologies avec d'autres protéines sur cette base de données. http.//www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST.  [...] Je pense que cela dépend du type de bande que tu as, à savoir si l'identité de la séquence est complète (du 1er aa au dernier) ou si elle est partielle... dans ce cas, ça pourrait correspondre à une pré(pro)protéine... Et ça compliquerait l'exercice. Le mieux à faire je pense, est de nous donner ta séquence en aa en piece jointe, pour qu'on se rende compte de la tête des résultats.  [...]

carte de plasmide

J'ai rien trouvé pour le pAE30, en revanche voici la sequence du pRS425, tu n'as plus qu'a la copié/collé dans le site que je te donnais dans mon message 2 et tu auras ta carte de restriction (a moins que tu n'es strider).  [...] J'ai trouvé un article décrivant la mise au point du plasmide pAE30. il résulte apparemment d'une succession de sous-clonages via différents vecteurs...faudra faire des petits calculs pour retrouver la séquence finale.  [...]

[Biochimie] Modélisation de protéines

Je suis à la recherche d'un logiciel (ou site web) permettant de modéliser le repliement d'une protéine selon la séquence en acide aminé. En clair, je veux voir comment se repliera une certaine séquence en 3D, afin de voir si j'obtiens des hélices, etc.  [...] il y a plusieurs possibilités selon le niveau de détail que tu souhaites. Certains outils (dont quelques uns sont disponibles en ligne) permettent rapidement d'anticiper sur la possibilité de structures secondaires ou tertiaires (hélices feuillets, segments transmembranaires.   [...]

[Biologie Moléculaire] Recherche désespérément un logiciel !!! (Outils de Bio-informatique)

[Biologie Moléculaire] Recherche désespérément un logiciel... (Outils de Bio-informatique).  [...] je suis à la recherche d'un logiciel de Bioinf qui me permettra de faire des carte de séquence, en y indiquant la position de genes, de primers, de sequences d'interêt en gros.  [...]

Quantité d'ADN dans un oeuf de poule ?

Je dois faire une recherche sur le dosage des allergènes par PCR (technique permettant d'amplifier des fragmenst spécifiques d'ADN et de les doser).  [...] Donc je ne vois pas trop pourquoi tu t'interroges sur le nombre de fragments. si tu as la séquence de celui qui t'intéresse, il suffit de faire du design d'amorces (il existe des logiciels pour ça sur le web) et de vérifier qu'elles n'iront pas s'hybrider autre part dans le génôme (toujours grâce au logiciel).  [...]

[Biologie Moléculaire] Choisir le bon vecteur?

(pour verifier cela, j'ai utulise NEBcutter v2.0 (cliquer sur le mot pour aller au logiciel, pour proceder, j'ai copier ma sequence d'adn la-bas ensuite j'ai cliquer sur submit et j'ai obtenue tout les sites de restriction)).  [...] aprè avoir copier votre séquence dans le logiciel, cliquez sur 2 cutter c en bas dans display. ça va vous donner les nom des enzymes qui coupent 2 fois sur la même séquence.. é puis revenez au menu principal et choisissez le vecteur que vous voulez.. aprez sur custum digest et mettez les nom des enzymes que vous avez trouvé précédement.. et voilà.  [...]

[Biologie Moléculaire] Exercice de bioinformatique

1) On vous donne une séquence d'EST (ADNc) humain extraite d'une base de donnée de séquence. Répondez brièvement aux trois questions suivantes.  [...] Les EST, comme c'est marqué plus haut, sont des ADNc. Et ce sont des séquences ne contenant pas d'introns. Après, pour les méthodes, je te laisse chercher un peu, sachant que par exemple un logiciel nommé Apollo permet de se servir des EST pour décoder le génome d'un organisme.  [...]

[Biologie Moléculaire] Equivalent de Vector NTI

Je fais surtout du design de vecteur, donc il me faut un logiciel capable d'annoter les séquences facilement, capable de comparer des séquences, de passer de l'ADN à la séquence protéique biensur.  [...] Si vous êtes un expert de ce logiciel et si vous commaissez parfaitement les fonctions.Cloning. Primer Design. Multiple sequence Alignement. Assembling Contigs contactez nous rapidement afin que nous en discutions.  [...]