• Santé - IP, Protéines, Cible

[Immunologie] immunopécipitation et western blot

ds le cas de l'immunoprécipitation, on place un Ac spécifique de notre protéine puis une prot A ou G pr rendre l'ensemble insoluble.  [...] Ca sert tout simplement à regarder si ton IP a marché et quelles protéines tu as descendues en meme temps que ta protéine cible.  [...]

[Biochimie] analyse résultat d'IP

Je ne comprends pas dans les figures B et C (respectivement immunoprécipitation et pulldown) à quoi correspond les colonnes 1/10 input Dilution au 1/10e mais de quoi Pourquoi les bandes sont plus épaisses.   [...] Input, c'est le western effectué sur l'extrait avant IP. Il contient donc toutes les protéines et sert a vérifier que dans ton extrait, la protéine dont tu étudies l'interaction avec ta cible de précipitation est bien présente.  [...]

Problème de biologie moléculaire

Donc, mon idée c'est que l'on parle là de facteurs de transcription, d'où leur localisation. On peut ensuite imaginer que si c'est un repressor on aura moins d'une proteine trans-membranaire X de transport et donc désquilibre osmotique. Idem avec le fait si c'est un activateur et qu'on a trop de protéines de transports, équilibre aussi perturbé (prenons le worst case scenario).  [...] déjà voir si la séquence ressemble a quelque chose de connu (il n'y a pas 1000 façons pour une protéine de se lier à l'ADN, et ça on peut le reconnaitre), si elle a des domaines d'interaction avec des protéines connues, et pour compléter, IP, dépôt des protéines sur gel et analyse spectro de masse (en qq jours vous pouvez connaitre toutes les protéines qui interagissent avec votre cible) et/ou Chip-seq (ça reste un peu délicat et cher mais ça ratisse large et c'est très informatif).  [...]

[Biochimie] extraction protéines membranaires à partir de tissu cérébral congelé (pour étude de co-IPP)

Broie bien ton tissu avant, met le tampon de lyse, cela devrais devenir très visqueux à cause de l'ADN, il faut donc que tu sonique 10s 10% (ou plus si besoin) pour pouvoir reprendre ton lysa. Si la sonication casse les liaisons entre protéines possible mais je pense pas -. a vérifier.  [...] Pour effectuer une co-IP sur des protéines membranaires, je pense qu'il vaut mieux opter pour un détergent doux. Le CHAPS est souvent utiliser pour les co-IP car il est très doux. Un détergent trop fort dénature les protéines et les interactions entre les protéines sont très sensibles à la structure 3D.  [...]

[Biologie Moléculaire] Co-IP : protéines qui se coat sur les billes :(

Voilà en ce moment je suis en train de faire des Co-IP in vitro pour montrer l'interaction (si c'est le cas) entre 2 protéines purifiées.  [...] En gros mes protéines se collent à mes billes magnétiques... au vu de la protéine que j'étudie c'est pas étonnant vu qu'elle à la fâcheuse tendance à s'agréger et à faire l'inverse de ce qu'on voudrait.  [...]

[Biologie Moléculaire] Dégradation de la cycline D1

Pour l'IP anti-cycline D1, il faut prendre un anticorps anti-cycline D qui a déjà été publié dans une manip d'IP. Après avoir effectué l'IP, on dénature les billes pour récupérer les partenaires qui ont co-immunoprécipité avec la cycline D. Ensuite on passe ces protéines en spectro de masse ou l'on obtient des spectres de fragmentation qu'on peut cribler contre une banque de données de spectres de masse de protéines.  [...] On peut ainsi voir toutes les protéines qui interagissent avec la cycline D. Si une ubiquitine ligase interagit avec la cycline D dans les conditions où on a effectué l'IP, alors un des spectre de masse obtenu correspondra avec le spectre de masse d'une ubiquitine ligase de la banque de données.  [...]

[Biologie Moléculaire] Co-immunoprécipitation:?:

Le principe est simple. Tu souhaites montrer que deux protéines A et B interagissent ensemble. Avec un anticorps dirigé contre A tu vas tenter de purifier non pas seulement A mais aussi B. si tu y arrives tu montres par la meme que les deux protéines interagissent.  [...] Ma protéine posséde une séquence IRES_GFP, ce qui fait que lorsque je transfecte mes cellules HEK je vois que la transfection a fonctionné puisque mes cellules sont fluo à 80%. Ce peut-il que le ribosome se fixe uniquement sur la séquence IRES et permette ainsi l'expression du GFP sans que la protéine en amont soir exprimée.  [...]

[Biochimie] [Chimie Biologique] Activité catalytique

Je suis en train de lire un ensemble d'article sur l'activité catalytique de la phospholipase C (PLC) chez la drosophile. Mais n'étant pas biologiste ni chimiste de formation, j'éprouve des difficultés à comprendre certaines mesures et surtout ce que peuvent représenter certaines unités.   [...] Ca représente les nombres de pmol d'Inositol Phosphate / µg de protéines, la légende explique la signification de l'IP.  [...]

[Biochimie] Problème de détection en co-ip

On cherche à obtenir une co-ip de 2 protéines transmembranaires (cellules eucaryotes) sachant que l'une d'elle a besoin d'être dénaturée et l'autre ne doit pas l'être.  [...] Conséquence, soit on ne chauffe pas du tout et on ne décroche pas les protéines des billes, soit on chauffe pour éluer et du coup on dénature notre protéine 1 qui du coup ne peut plus migrer sur notre gel.  [...]

[Biochimie] Etude des partenaires protéiques : Co-Immunoprécipitation, Tap-Tag et double hybride

Je comprends très bien le principe du double hybride, cependant, je travaillerai sur un bactérie, mais mes analyses en double hybride devront-ils se faire chez la levure forcément Pas dans la cellule hôte De plus, comment peut-on automatiser la création des protéines recombinantes.  [...] Pour l'IP, ça dépend des protéines il n'y a pas de règle absolue, mais il est vrai qu'n monoclonal peut masquer un potentiel site d'interaction avec une autre protéine.  [...]