• Santé - Interactions, Protéine, ADN

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Bof bof, c'est sur les deux brins. Un facteur de transcription reconnait une conformation de séquence d'ADN double brin, qu'on la mette dans un sens ou dans l'autre, la conformation reste la même... (voir les enhancers par exemple).  [...] Pareil que LXR, quand on parle de séquences régulatrices, c'est-à-dire que leur fonction implique des intéractions protéine-ADN, il faut considérer que la structure importante est l'ADN double-brin.  [...]

[Biologie Cellulaire] Contrôler la pureté des protéines

Un gel shift Je pensais que ça n'était utilisé que pour les interactions ADN-protéine, puisque c'est la sonde ADN marquée qu'on visaualise.  [...] On peut considérer que les protéines sur la colonne sont les bonnes. On ajoute l'autre solution de protéines. On élue, normalement on récupère ce que l'on voulait (ou pas si il n'y a plus d'interaction) et on peut aussi récupérer (par compétition) ce qu'il y avait sur la colonne pour vérifier que c'était bien les bonnes protéines.  [...]

[Divers] [biologie du developpement] développement des membres

Mais la grosse originalité est qu'une hélice de cette protéine s'enfonce dans le petit sillon qu'elle élargit sans pour autant dénaturer l'ADN. Elle y établit des interactions hydrophobes mais surtout entre en contact avec une guanine via un carbone de sa chaine principale (le squelette peptidique de la protéine.  [...] Elle y établit des interactions hydrophobes mais surtout entre en contact avec une guanine via un carbone de sa chaine principale (le squelette peptidique de la protéine.) (Muller et Herrmann Nature 1997 Vol 389. 884-888).  [...]

[Evolution] Etoile de mer

Sinon vous semblez d'accord avec moi concernant l'économie de gène.. je connais l'existence des gènes non codants, qui pourrait avoir tout un tas de fonction, notamment comme mémoire génétique (je veux dire que l'espéce pourrait concerver des traces de ces formes fonctionnel antérieur en cas de besoin) ou comme entrant dans des interactions avec l'ADN autre que la simple transcription en protéine.  [...] . l'économie de gène portait bien sur les gènes fonctionnel, ceux qui produisent des protéines. Il faut bien comprendre que l'existence de gène non codant est décorrélé de la pression qui existe sur les gènes codant. l'évolution est saccadé et lente. le passage d'un gène codant qui conduit à des bras indifférenciés, à deux protéines qui produisent deux bras, ne peut arriver spontanément.  [...]

Bactéries : les mécanismes de la régulation | Dossier

Ce modèle se décline sous de multiples variantes qu'il n'est pas question de recenser ici. Ce qui est constant c'est que certaines modifications de l'extérieur (composition chimique ou paramètre physique ) sont perçues, car elles modifient la structure d'une ou plusieurs protéines relai, (souvent localisées dans la membrane des bactéries) ce qui entraîne (par des mécanismes divers, mais connus à présent) une modification au niveau de l'ADN qui permet ou empêche respectivement l'expression de gènes utiles ou inutiles à la vie dans les nouvelles conditions.  [...] Et l'étude des interactions entre protéines et ADN et notamment les séquences de nucléotides et les structures protéiques qui permettent la reconnaissance protéine-ADN. Ce faisant, on a découvert que les protéines régulatrices ou sensors appartiennent à des familles trouvées dans de très nombreuses espèces parfois très éloignées, et que les régulations forment des réseaux, avec des systèmes de plus en plus vastes et intégrés au fur et à mesure que les signaux modifient d'avantage de gènes, (donc de fonctions).  [...]

[Biologie Moléculaire] P53 et réparation de l'ADN

Pour le vérifier, ces domaines peuvent être découpés, interchangés, insérés dans d'autres protéines ou analysés comme des entités distinctes. Appliqué à p53, ce découpage linéaire a permis d'identifier 4 grandes fonctions, chacune localisée dans un fragment distinct de la molécule (figure 1 haut).  [...] Ces interactions sont particulièrement nombreuses dans la portion carboxyterminale, où se lient des protéines impliquées dans la réponse au stress (Hsp70), la réparation de l'ADN (ERCC3) et sa réplication (RPA). Par ces multiples interactions, p53 peut agir autrement qu'en activant la transcription de gènes cibles.  [...]

[Biochimie] pH de l'ADN

les protéines qui se lient à l'ADN sont basiques (ex. les histones), ce qui facilite les interactions protéines - ADN.  [...] Les bases de l'ADN ne sont pas basiques contrairement a ce que leurs nom pourraient indiquer, (les atomes d'azotes qui pourraient capter des H+ et donc être basique, ne peuvent en fait pas capter les H+ car leur doublet non liant est pris dans délocalisations d'électrons du cycle).  [...]

[Biologie Moléculaire] Criblage d'une banque d'ADNc

Une autre partie de l'explication réside dans l'application de la banque d'ADNc. Tu auras toujours besoin d'une telle banque pour des cribles d'intéraction, de fonction, etc.  [...] je parlais des fonctions et des intéractions si on veut par exemple savoir quelle sont les protéines qui s'expriment dans X condition on peut le savoir à partie des ARNm marqués dans les deux conditions différemment (a jeûn et nourris, par exemple) et avec une puce à ADN on peut voir les intéractions pareille pour la fonction sauf quand utilise le northern blots(avec la sonde radioactifs).  [...]

[Biotechnologie] Global Analysis of Protein Activities using proteome chips

Ce papier a pu faire un Science car les autres puces protéomiques n'avait pas ce nombre de protéines testées, ni cette sensibilité en 2001. De plus, cette puce permet d'observer les interactions protéine-protéine, mais également protéine-lipide (pour le transport des lysosomes, par ex), ce qui est complètement nouveau à cette échelle.  [...] Et est ce que ils utilisent des techniques généralement utilisé en protéomique, quels sont leur noms (pour la création de la puce, pour l'interactions protéines-protéines, et pour l'interaction protéine lipides ).  [...]

[Biologie Moléculaire] Petit point sur les interactions protéine-protéine

Je sais qu'une protéine X interagit avec une autre protéine Y... et en gros je dois caractériser cette interaction... du genre localisation du site d'interaction, détermination de la séquence protéique necessaire à cette interaction. j'ai bien pensé à des trucs du genre épitope mapping, construction de mutants et étude de l'interaction avec ces mutants.  [...] Tu peux aussi faire du double hybride en faisant de la mutagenese aleatoire sur tes 2 proteines. Quand tu perds le double hybride c'est que tu as touche un site important pour l'interraction. Il ne te reste alors plus qu'a le sequencer et le caracteriser in vitro (meme pas obligatoire je dirais).  [...]