• Santé - Identité, éléve, Séquences

Biologie moléculaire - Stringence

La spécificité et la non spécificité ne provient pas d'une non complémentarité des bases. Le paramètre de spécificité correspond au fait que seulement les séquences avec un taux d'identité élevé s'hybrident.  [...] Dans un milieu peu stringent, on va favoriser les hybridations non spécifiques, en plus des hybridations spécifiques bien sur... mais cela peut générer beaucoup de bruit de fond. En fait, à faible stringence, on va permettre l'hybridation des brins qui n'ont pas un pourcentage d'identité élevé donc des hybridations entre des séquences plus ou moins différentes.  [...]

[Biochimie] Valeur absolue d'identité entre protéines

Existe-t-il une valeur absolue minimale d'identité à partir de laquelle on peut se dire si deux protéines partagent une homologie J'ai blasté deux protéines. Sur la région concernée elles possèdent 40% d'identité mais, sur la région complète des deux séquences, seulement 15%...Mes protéines sont-elles homologues.  [...] Si deux séquences de 100 résidus ou plus présentent plus de 25% d'identité alors elles sont probablement homologues.  [...]

[Biologie Moléculaire] Recherche de gènes orthologues

En pratique, tu copies-colles la séquence de ton gène dans la case prévue à cet effet puis tu choisis la base de données de séquences (tout, seulement l'homme, seulement les plantes, etc...) avec laquelle tu veux comparer ta séquence et tu valides.  [...] On obtient une liste d'identifiant de séquence classés par degré de proximité avec la séquence initiale. Quand tu cliques dessus, tu as accès à l'alignement des 2 séquences ce qui de te permet de valider ou non s'il s'agit de gènes orthologues ou pas.  [...]

[Divers] [biologie du developpement] développement des membres

Ce que je demandais c'est quel est le pourcentage d'identité entre les séquences (Stp, je viens de me taper la journée de manips en 4 heures après le boulot, donc un peu claquée ).  [...] Plus en dehors ce sera la pièce intermédiaire qui se segmente elle aussi mais de manière imparfaite. Cette pièce intermédiaire est à l'origine du système urogénital qui va se développer en trois temps selon une séquence antéro-postérieure. Tout d'abord se sera le pronéphros, organe non fonctionnel qui régressera rapidement pour laisser la place au mésonephros qui se développera considérablement.  [...]

Une bactérie s'attaque aux agrumes du Brésil

Ces tests ont révélé la présence, dans les feuilles symptomatiques, d'une bactérie dont l'ADNr 16S avait un fort pourcentage d'identité avec les séquences des deux bactéries déjà connues ( Candidatus Liberibacter asiaticus et Candidatus Liberibacter africanus ).  [...] Une deuxième séquence spécifique d'ADN a été étudiée et amplifiée par PCR. Cette séquence particulière est très conservée pour les diverses souches d'une même espèce (100% d'identité), mais est plus variable entre les souches de deux espèces différentes (70% d'identité).  [...]

ADN non codant

Alors pour commencer on défini par gènes une séquences d'ADN qui code pour une protéines. Un gène se compose d'exons et d'introns. Contrairement à ce que tu dis, les séquences codantes sont les exons. Les séquences non codantes sont elles appelées introns (mais elles font parties intégrantes des gènes et sont transcrites en ARN, elles seront supprimées plus tard au cours d'un phénomène appelé épissage, qui donnera l'ARN messager, ensuite traduit en protéine par les ribosomes).  [...] D'autres séquences non codantes font elles la jonction entre les différents gènes et leur rôle n'est pas clairement défini en effet (elles servent en quelques sortes à combler les trous ). Quoi qu'il en soit elles varient d'un individu à l'autre et participe à notre identité génétique.  [...]

Un nouveau dentifrice à base de gentilles bactéries ?

Une autre bactérie, Streptococcus salivarius, préfère quant à elle coloniser les parties molles de la bouche, notamment l' épithélium de la langue. Elle était déjà connue pour assurer la régulation de l'équilibre de la microflore buccale avec pour conséquence d'empêcher la formation des caries, ce qui avait pu être montré grâce à différentes expériences menées in vitro.  [...] En effet, l'enzyme FruA synthétisée par le champignon Aspergillus niger est déjà produite par l'industrie, et bien qu'assez différentes dans leurs séquences (seulement 30 % d'identité et 60 % de similarité), les deux protéines possèdent des efficacités similaires dans l' inhibition de la croissance des bactéries néfastes, selon les résultats des chercheurs japonais.  [...]

[Génétique] Génome humain proche du rat ou de la souris?

L'homme est beaucoup plus proche du primate, mais l'ethique (ainsi que le prix et la vitesse de reproduction il faut dire) limite fortement leur utilisation. C'est pourquoi on se contente la plupart du temps, de travailler sur ces petits rongeurs.   [...] On n'a pas 90% d'homologie avec une espèce. Il y a tant de % de similitude ou d'identité entre des séquences. L'homologie signifie que les espèces proviennent d'un même ancêtre commun. Donc, on est homologue ou on ne l'est pas, mais on ne l'est pas à un pourcentage donné.  [...]

transposon

Pour être plus précis, un tranposon composite est composé de deux séquences IS (codant la tranposaze), flanquant un ou plusieurs gènes. Le tout peut se déplacer dans le génome.  [...] Seul les intégrons sont classifiés en fonction de leurs structures. Les intégrons sont composé d'une intégrase, d'un site d'intégration (att) et d'une cassette de genes. Il y a 3 classes d'intégrons. en fonction de leurs contenus en gène et de l'identité des séquences flankantes.  [...]

[Evolution] Gènes communs à deux espèces

La quantification exact n'a pas d'importance. Ce qui est important, c'est que les différences sont faibles. En fait, tout les animaux partagent une haute identité de séquence. Ca a une importance pour comprendre que la diversité biologique n'est pas générée uniquement en faisant varier de manière importante les séquences.  [...] c'est difficile de donner un sens précis à ces chiffres, parce qu'on parle de séquences alignées, c'est-à-dire qu'on cherche le meilleur accord entre une séquence de Homo sapiens et une de Pan troglodytes, à l'aide de certaines manipulations comme la suppression de quelques nucléotides dans l'une ou l'autre séquence, et qu'après ces manipulations, il reste encore 1% de discordances.  [...]