• Santé - Hybridation, Sonde, Séquence, Cible

[Biologie Moléculaire] dna chips

Voilà, je me demandais si quelqu'un pouvait m'expliquer concrètement comment une sonde (par exemple un oligonucléotide d'adn) sy' prend pour retrouver son complément comme dans la technologie pcr par exemple.  [...] Pour ce qui est de l'hybridation d'une sonde à sa séquence cible, je dirais qu'à partir du moment où t'as réussi à les mettre en présence, c'est juste le hasard et les mouvements browniens qui font leur jeu. quand la sonde rencontre sa séquence cible, elle s'y colle car c'est plus stable à deux, c'est tout.  [...]

[Microbiologie] Hybridation Southern Blot

Vous parlez d'hybridation avec la sonde C'est le principe clef de cette technique. on crée une sonde taggée (avec un radio-isotope ou un fluorophore) qui cible la séquence d'intérêt. La sonde s'hybride avec la séquence cible, on lave le gel de l'excédent de sondes, puis on redarde où s'est hybrider la sonde relativement sur le gel.  [...] a) S'il s'agit d'une variation génétique/ allélique d'un gène séquencé, en designant la sonde selon le gène sauvage, vous aurez tout de même une hybridation hétéroduplex (incomplète/imparfaite), mais pour une détection par SB ça devrait suffir.  [...]

besoin d'aide génomique structural ??

la 1er étape qui est attribution du géne à un chromosome, peu se faire pas hybridation in situ par une sonde, et utilisation des marqueurs aussi qui ont une position et séquence connue, donc je comprend pas si on ne connait pas la position du géne cible, et on a pas encore fait le séquençage comment peut 'on utiliser une sonde complémentaire.  [...] ... et après cette étape viens la cartographie chromosomique que je ne comprend pas bien j'ai vraiment besoin d'aide sur sa.   [...]

[Génétique] Sondes de Southern Blot et complémentation

Il était effectivement implicite dans ma réponse que je ne considère qu'un fragment d'ADNc comme sonde, de façon à hybrider une séquence qui correspond à un exon (éviter qu'elle soit à cheval entre deux exons et donc pas hybridable à l'ADNg).  [...] En moyenne, il me semble qu'une sonde fait 100 à quelques centaines de nucléotides de longueur. Si tu veux détecter la présence d'un gène qui fait 3000 kb, avec un ADNc qui ferait par exemple 2000 nt, c'est bien trop long. Réduire la taille te permet une meilleure hybridation... et d'être intraexonique.  [...]

[Biochimie] Hybridation dans southern blot

salut, A mon avis il veut dire ce qui renforce le faite que chaque nucléotide soit correspondant à la séquence à hybrider. Pour cela on utilise des conditions d'haute stringence qui sont réalisés au moment de l'hybridation à la témpérature la plus élevée.  [...] Si tu as spécifié sonde/cible. après lavage pour éliminer ton excès de sonde tu as un signal d'hybridation puisque tu as eu fixation de ta sonde sur ta région cible.  [...]

[Biologie Moléculaire] Rflp

La technique southern, tu recherche une séquence spécifique, tu utilise une sonde complémentaire (marquée), si tu as ta sequence dans le fragment que tu possède, il y aura hybridation de la sonde.  [...] La différence est en fait dans ce que l'on cherche.soit une mutation dan le site de l'endonucléase(rflp), soit la sequence complémentaire a la sonde(southern).  [...]

PCR et vecteur de clonage

Mais tu dois de toute façon connaître un minimum la séquence que tu veux amplifier de manière à pouvoir élaborer tes primers (=amorçes qui vont encadrer la séquence à amplifier sur chacun des 2 brins). Dans le cas d'espèces peu connues génomiquement parlant, tu peux utiliser une sauce d'amorçes dégénérées qui va être un mélange de primers permettant une hybridation plus ou moins efficace avec ta séquence cible (c'est très simple à comprendre avec un shèmas.).  [...] Tu peux faire une PCR avec des amorces spécifiques d'une séquence pour en vérifier la présence dans un ADN donné. Par exemple à la suite d'un clonage, après sélection des transformants sur antibotiques/marqueur, avec des amorces spécifiques à l'insert, tu peux rechercher les transformants dont le vecteur a intégré l'insert d'intérêt.  [...]

[Biologie Moléculaire] Sonde pour un Northern Blot

Mon problème se pose donc pour le choix de la sonde, je pense utiliser la séquence consensus originale mais la question que je me pose est de savoir si je pourrais quand même avoir une hybridation entre cette sonde et les différents transcrits malgré les diverses mutations et indels.  [...] Merci de cette réponse rapide mais en fait c'est surtout l'effet potentiel des insertions et des délétions sur l'hybridation qui me préoccupe vu que j'en ai parfois plusieurs dans la même séquence.  [...]

[Biologie Moléculaire] Interprétation d'un Southern Blot

La première question demande d'expliquer la présence et la taille des bandes. J'ai répondu que la présence des bandes était dûe à l'hybridation de la sonde lorsqu'elle rencontrait la séquence du gène dont elle est complémentaire, et donc que le gène était présent chez les trois rats.  [...] Une addition ne serait pas gênante vu que la séquence complémentaire ne serait pas modifiée, la sonde s'hybride toujours. C'est donc une délétion d'une répétition dans la séquence du gène sauvage.  [...]

[Identification] Comment isoler des bactéries non cultivables ?

Quand à l'hybridation, elle va te permettre de visualiser une absence-présence de ta cible au sein de tes populations. Cela s'appelle de la métagenomique, il y a moyen de trouver de nombreux papiers là dessus.  [...] L'hybridation in situ genre FISH c'est autre chose, c'est pas de la métagénomique car on cible une fraction de la diversité microbienne avec une sonde plus ou moins spécifique.  [...]