• Santé - Génome, Séquence, Technique

[Biologie Moléculaire] Technique pour obtenir des amorces souche spécifique sans séquence du génome

Or pour cela je dois tout d'abord déterminer des amorces spécifiques de mes souches, le problème est que les génomes de mes bactéries n'ont jamais été séquencés à ce jour et il n'est pas prévu car trop cher.  [...] Tu récupères des séquences d'un même gène de ton espèce d'intérêt ainsi que d'autres que tu ne veux pas quantifier, tu les alignes avec un logiciel d'alignement, et tu t'amuses à trouver des endroits ou la séquence est différente. Après il te faut avoir de la chance et que des amorces puissent être créées dans cette zone.  [...]

[Biologie Moléculaire] Sequençage

Est-ce que quelqu'un pourrait m'expliquer le principe du whole sut gun sequencing En fait j'ai cherché un peu mais j'arrive pas à comprendre comment se fait l'assemblage des contigs. Est-ce qu'on a à la fin un génome incomplet.  [...] Sinon question à part je voulais savoir où est ce qu'on peut trouver si un génome est séquencé ou pas Et si possible par quelle technique.  [...]

Le génome du peuplier séquencé

Après les célèbres Arabette des dames Arabidopsis Thaliana et Riz Oryza Sativa, le peuplier Populus Trichocarpa vient rejoindre la famille des plantes dont le génôme est séquencé. Il a donc l'honneur d'être le premier arbre (Angiosperme Dicotylédone) a avoir son génome décodé, qui plus est par une technique qui m'est particulièrement chère. le shotgun.  [...] Une augmentation des gènes codant pour des protéines (ou portein coding genes) a été observée, tout en conservant une fréquence de domaines protéiques similaire sur les deux génomes. Les seules exceptions de surreprésentation chez populus concernent les gènes associés à la biosynthèse des parois de lignocellulose, au dévelloppement meristematique, à la résistance aux maladies, et au transport des métabolites.  [...]

Manipulations génétiques

2. Rien n'indique qu'on puisse utiliser ces (futures) connaissances pour faire de l'ingéniérie génétique poussée. Vous parlez sans doute de manipulations accessibles techniquement dans plusieurs siècles.  [...] Ce qu'on maîtrise le plus à mon sens, c'est le découpage de longues séquences et leur recombinaison (technique de l'ADN recombinant). Mais n'oublions pas que si on a séquencé entièrement le génôme d'une bonne poignée d'organismes maintenant, on ne sait pas pour autant à quoi toutes ces séquences correspondent.  [...]

[Biologie Moléculaire] transcriptase inverse

Bonjour, j'étudie la génie génétique qui reste encore très flou pour moi. La notion de transcriptase inverse indique donc qu'on prend un ARN connu, qui va devenir en ADNc qui va pouvoir s'hybrider avec la séquence d'ADN qu'on cherche.  [...] Peut-être que vous avez confondu 'hybridation avec alignement, ou alors je ne connais pas cette technique. Si vous faites allusion au RNA-seq, une fois que l'on a obtenu le premier ADNc, il est fragmenté, des adaptateurs pour amorces de PCR et de séquençage sont ligués aux extrémités, puis il est séquencé et aligné sur le génome de référence.  [...]

Cartographie génétique

Alors voici ce que j'ai (ou je pense avoir ) compris. la cartographie de liaison consiste à insérer des marqueurs dans les chromosomes (marqueurs= séquence d'ADN qui a une localisation précise, et dont le gène est polymorphique), puis à faire des croisements et observer chez la descendance si les marqueurs sont transmis avec le gène que l'on étudie (et à quelle fréquence), on détermine ainsi la distance génétique entre les marqueurs respectifs et le gène en Cm.  [...] La cartographie physique permet de déterminer la séquence complète du chromosome et la distance entre le gène et les marqueurs en Pb, et c'est là que je ne comprends pas grand chose, on m'explique dans mon cours que pour réaliser cette technique, on utilise un génôme que l'on fragmente en fragments de grande taille, on les insère dans des vecteurs (chr artificile de bactérie par exemple), on insère ces vecteurs dans les bactéries, puis on compare les séquences des clones en repérant les points communs entre ces séquences et par recoupement on trouve la séquence.  [...]

[Génétique] qu'est ce qu'une collection d'EST

en fait c'est très simple. les EST ou express sequence tag sont des petits fragments de séquences exprimées et vu que dans les banques de séquences tu n'as pas d'ARNm mais des ADNc correspondants à ceux-ci, les EST sont tout simplement des petits morceaux de ces ADNc.  [...] Les EST sont utilisés notamment pour localiser de nouveaux gènes dans le génome. A partir d'ARNm, on produit les ADNc. Seules les extrémités 5' et/ou 3' des ADNc sont séquencées. En supposant que le génome soit bien identifié, il suffira d'aligner la séquence avec le génome ou bien d'utiliser la technique FISH afin de déterminer l'emplacement du gène dans l'ADN génomique.  [...]

[Biologie Moléculaire] Principe de la LM-PCR

La LM-PCR est utilisé pour la technique de ChIP on Chip qui a été developpé afin de rechercher les sequences nucléotidiques associées a une protéines d'interet (Facteur de transcription) sur tout le génome. Elle permet d'amplifier les sequences d'ADN intergéniques coimmunoprécipité lors de la ChIP de séquence inconnue.  [...] Tu fait la meme chose avec un autre fluorophore pour l'ADN total non coimmunoprécipté lors de la ChIP et t'hybride le tout sur une puce possédant une banques de séquences intergénique et le tour est jouer.  [...]

Les gènes en mouvement observés dans le noyau des cellules

La technique TGV ( Talemediated Genome Visualization ) est basée sur l'utilisation de protéines de liaison TALE à ADN artificiel, capables de cibler une séquence génétique spécifique. Spooky Pooka, Wellcome Images, cc by nc nd 2.0.  [...] Les chercheurs sont en effet parvenus à fusionner une protéine TALE à la mCLOVER, une protéine fluorescente verte (ou GFP, qui valut le prix Nobel de chimie 2008 à ses découvreurs). La technique a permis d'observer la localisation de séquences d'ADN spécifiques au sein même du noyau de cellules vivantes.  [...]

[Biotechnologie] Une application biotechnologique de la transgénèse

La transgénèse est une technique consistant à modifier le patrimoine génétique naturel (ou encore sauvage ) d'une espèce par un ajout d'un ou de plusieurs gènes étrangers, ou par le remplacement d'une séquence du génome par une autre, dans le but d'obtenir un organisme génétiquement modifié (OGM), appelé également organisme transgénique, qui aura acquis une nouvelle caractéristique liée à l'expression du transgène[1].  [...] 1- la transgenese est une technique qui sert a introduire un gene provenant d'un organisme etrangé de l'organisme qui va le recevoir.  [...]