• Santé - Génome, Bactérie, Témoin

[Biologie Moléculaire] Amplification PCR

Pour mon imprécision concernant le génome et le gène, j'ai vérifier les deux. Le gène n'est pas présent dans le génome de la bactérie (témoin négatif). En revanche l'une des amorces s'hybride avec 16 base sur 20 (recherche par clustalW), l'autre ne s'hybride nul par sur le génome de la bactérie témoin négatif.  [...] Malheureusement le témoin négatif est quand même important car je dois ensuite le tester en screening sur la collection bactérienne du laboratoire et donc s'il fonctionne sur le témoin négatife, je risque d'avoir beaucoup de faux positif.  [...]

[Biologie Moléculaire] PCR colonie et PCR ADN

Mes oligo sont dans le gène, qui n'est pas censé se trouver dans le génome bactérien. De plus, lors de mes PCR, j'utilise un insert comme témoin positif. La taille de bande correspond.  [...] -La souche bactérienne est différente. En effet je travaillais sur des TOP10 avant, et là je suis sur BL21. Problème de BL21 par rapport à ce plasmide/insert.  [...]

Cancer du pancréas : une bactérie radioactive comme traitement ?

les métastases ont reculé de 90 % et la tumeur primaire de 64 %, quand le lot témoin, ayant reçu la bactérie dans une solution saline, a vu les cellules cancéreuses reculer respectivement de 50 % et 20 %.  [...] Ensuite, certains considèrent qu'il faudrait s'assurer de l'innocuité d'une telle bactérie chez l'Homme. En effet, si d'autres Listeria monocytogenes génétiquement modifiées seraient sans danger, celle-ci bénéficie d'une nouvelle mutation dont on ignore les effets sur la santé humaine, surtout chez les patients atteints d'un cancer du pancréas et souffrant souvent d'un système immunitaire moins efficace.  [...]

[Biologie Moléculaire] Connaitre séquence génomique....

je peux te conseiller le genome walking. C'est une technique qui permet d'analyser des fragments adjacent de proche en proche. La premiere étapes consiste a construire une banque de fragment tagé. Et apres y a une PCR et une nested a faire, avec une amorce spé de ta sequence connu et une amorce spé du tag.  [...] Snif, a priori ma proposition n'a pas convaincu... Je voudrai juste rajouter que c'est vraiment pas bcp de boulot. Pour le genome walking tout est fourni dans le kit. enzyme de digestion, ligase pour le tag, temoin.  [...]

témoin positif de paenibacillus larvae et melissococcus pluton

Si tu veux juste des souches sauvages de bactéries en particulier, alors c'est pas un témoin positif que tu cherche c'est une autre espèce bacterienne pour tenter la meme experience mais qui ne marcherait pas avec les souches que tu utilises actuellement, quoi qu'il arrive, si c'est une bactérie peu commune, tu dois toujours pouvoir en demander a des collaborateurs (issu d'un autre labo) qui travaillent dans le même domaine que toi, ou qui auraient publiés des articles avec cette bactérie rare, ou par les personnes qui t'auraient conseillés d'utiliser cette bactérie.  [...] (quand on parle de témoin c'est quand on modifie quelque chose et qu'on veut vérifier que les conséquences observées sont bien dues à ce qu'on a modifié et pas a un autre facteur, dans ce cas la on fait subir les mêmes traitement a un deuxième échantillon de l'espèce/bacterie/animal/plante auquel on n'aurait rien changé pour vérifier qu'il n'y a dans ces conditions aucun changement observable, contrairement a ceux ou on a changé quelque chose).  [...]

[Biologie Moléculaire] Ligation

Du coup...T2 contenant de la ligase, serait le témoin de ligation oui... Mais je ne vois pas en quoi il montre l'efficacité de la ligation, vu qu'avec ou sans ligase des colonies poussent. Tant que le plasmide est dans la bactérie en gros.  [...] Bon je ne comprends pas alors pourquoi mon prof m'a dit que si le gène était là et que le plasmide soit ouvert ou non,il pouvait s'exprimer quand même. Car à la base j'étais partie justement dans l'hypothèse que si les plasmides n'étaient pas refermés et bien la bactérie ne pouvait pas pousser sur un milieu avec de l'ampicilline car il n'y avait plus la résistance, d'où l'utilité donc de ce témoin... Ralala, ça m'a embrouillé du coup.  [...]

[Biologie Moléculaire] difference de detection

je voudrais savoire aussi pourquoi je ne vois pas tres bien voir pas du tous la bande de la proteine recherché sur resultat gel exposé au bleu de coomasie alors que la bacterie a étè induite alors que pour le temoin + QUI LUI AUSSI A étè induit on la voit trés bien.  [...] Bonjour. En théorie avec le Coomassie tu peux détecter jusqu'à 100ng et avec le western blot, jusqu'au picomol ou même femtomol, selon ton révélateur (ECL) et bien sûr selon la qualité de tes anti-corps. Je ne connait pas le phastgel.   [...]

[Microbiologie] Boite de Petri témoin

alors je comprends que la boite témoin nous informe que la manup a été parfaite et il ne doit être dans les autres boites que les bactéries que nous voulons mettre en évidence, donc c'st la seul raison de son utilisation ou koi.  [...] On peut aussi faire un témoin positif, où on ensemence une boîte avec une souche de la bactérie pour être sur que la gélose n'a pas de problèmes de fabrication.  [...]

[Biologie Moléculaire] Problème lors de la transformation avec DH5a E.coli.

Je me demande si les DH5a sont capables d'être électro compétantes. On ne peut pas prendre n'importe quelle bactérie pour faire tout ce que l'on veut. Bon c'est un point sur lequel j'ai un doute mais je vous en laisse le bénéfice.  [...] J'ajoute toujours un point sans ADN dans ma transfo pour vérifier que rien n'est contaminé par un plasmide ou une bactérie AmpiR. en 25 ans de clonage, ce témoin est sorti positif deux fois. Le risque est faible mais pas nul.  [...]

[Divers] Quels tests statistiques pour ce jeu de données?

Pour chaqu'une de ces conditions (témoin, souris mutant, et souris double mutant) j'utilise 5 individus pour en extraire les RNA totaux, synthétiser les cDNA marquées et les hybrider ensuite sur des lames Oligochip contenant tout le génome de la souris.  [...] L'idée de cette étude, comme vous le devinez., est de trouver des gènes qui sont différentiellement exprimés dans les mutants (simple ou double mutant) par rapport au témoin.  [...]