• Santé - Fusion, ADN, Fonction, Température

[Biologie Moléculaire] Température de fusion

Voici ce que dit internet (traduit de l'anglais). les nucléotides LNA sont des analogues d'acide nucléique contenant un pont méthylène entre l'hydroxyle en position 2 et l'atome de carbone 4 du sucre confèrant la conformation idéale pour l'hybridation. Cela a pour conséquence que les LNA présentent une grande stabilité thermique lorsqu'elle est hybridée à un brin d'ADN ou d'ARN complémentaire.  [...] Sa conformation fait que la température de fusion Tm augmente de 5°C par nucléotide LNA.  [...] Les petites tailles des microARN les rendent difficiles à analyser à l'aide des méthodes traditionnelles de qPCR. L'utilisation de l'ADN ou des technologies à base d'ARN pour l'analyse des microARN peut introduire une incertitude élevée et une faible robustesse car la température de fusion (Tm) du duplex oligonucléotide/microRNA varie considérablement en fonction de la teneur en GC.  [...]

[Biologie Moléculaire] PCR en temps réel

C'est le coté quantitatif. Autre avantage, ce signal est réversible. en chauffant, on dénature l'ADN double brin et le signal s'effondre. Par ce moyen, on peut connaitre la température de fusion des produits amplifiés.  [...] Commençons par cela. l'image du milieu présente justement l'abondance relative de l'ADN en fonction de la température de fusion. Elle a été obtenue à la FIN du run, une fois que l'amplification est terminée, lorsque l'appareil effectue une rampe de température tout en mesurant le signal.  [...]

[Biologie Moléculaire] Courbes PCR en temps réel

Pour s'assurer de la spécificité de l'amplification, on réalise a la fin des cycles d'amplification une rampe de température qui permet de déterminer le point de fusion des produits formés. Pour cela, on fait passer la température de 55 à 85° par petits intervalles tout en mesurant la fluorescence.  [...] Comme la fluorescence disparait quand l'ADN est dénaturé, lorsque l'on atteint la température de fusion de notre produit, il ya une grosse chute de l'intensité de fluorescence. On représente ça sous forme de vitesse de disparition de la fluorescence en fonction de la température, comme en C ou D.  [...]

[Biologie Moléculaire] qPCR

La courbe de fusion représente la décroissance de fluorescence de l'agent intercalant donc la quantité d'ADN double brin en fonction de la température que l'on fait augmenter (l'ADN double brin se dénature de plus en plus).  [...] ensuite en calculant la dérivée (-dF/dT), tu obtiens des pics de fusion ou chaque pic correspond à la température de fusion d'une population d'amplicons présents à la fin de ta PCR.  [...]

[Biologie Moléculaire] PCR maîtrise de la Tm

De plus il dit qu'il ya moins de 5°C de différence de Tm entre les 2 amorces. C'est pas plutôt 5°C de différence entre la température de fusion de l'amorce et celle de l'ADN à amplifier.  [...] Il faut en effet que les Tm de tes amorces soient les plus proches possible car tes amorces fonctionnent ensemble, en même temps... et donc durant les mêmes cycles de température.  [...]

[Biologie Moléculaire] Temps d'hybridation des amorces

Mais comme dis archaostol, le temps d'hybridation est température dépendant. Si tu as dénaturer un ADN double brin à 100°C (un peu près) et que tu le précipites d'un coups à 4°C, il va se réhybrider. Tellement vite qu'il va mal se réhybrider (mismatch, désapariement.  [...] ..). C'est pour cela que la température d'hybridation est généralement plus faible de 5-10°C de la température de fusion, nécessaire pour séparer les deux brins. Je rappelle également que la température de fusion est dépendante de la longueur de l'ADN, mais également de son pourcentage en GC (et d'autres paramètres plus complexes).  [...]

relation du pourcentage G+C avec la Tm

Il indique simplement la relation entre l'absorbance relative d'un faisceau monochromatique de 260 nm et la température de fusion Tm. En fait, la température de fusion est la température à laquelle les deux brins de ton duplex d'ADN se séparent, et les acides nucléiques ont un pic d'absorbance pour la lumière UV à 260 nm.  [...] A la valeur de Tm, tu as en fait autant d'ADN en duplex que dissocié (ratio 1.1). En fait, la valeur de Tm est un indice de stabilité thermique qui va varier en fonction de la composition de ta séquence, mais aussi du nombre de bases. En fait, à mesure que tes duplex ADN vont se dissocier en brins individuels, l'absorbance optique de ton milieu va augmenter.  [...]

[Biologie Moléculaire] Beaucoup de question

réarrangement chromosomique. ben c'est simple, c'est toutes les modifications physiques des chromosomes. amplification, délétion, translocation,... Dans les cancers ou certaines maladies génétiques, ces modifications chromosomiques sont visibles au niveau du caryotype.   [...] Tm. Température de fusion (melting en anglais). C'est la température à laquelle une séquence d'ADN est à 50% double brin, 50% simple brin (les brins ne sont plus appariés). De quoi ca dépend Sachant que l'ADN est double brin a cause d'interaction entre les bases (liaisons H), a ton avis.  [...]

[Biologie Moléculaire] Température de fusion de l'ADN (Tm)

Il suffit de voir les derniers articles sur cette question. la plupart des molécularistes mettent 55 ou 57°C en température d'hybridation même si leurs amorces devraient beaucoup plus haut.  [...] Mettre une température plus basse n'est pas très embêtant sauf pour un point, on augmente le risque de mésappariement et donc d'avoir des faux positifs.  [...]

biochimie

A- Classer les molécules de DNA bicaténaire a, b et c par ordre croissant en fonction de leur température de fusion. Il s'agit de molécules constituées de la répétition des séquences suivantes.  [...] a) l'étude de la variation de l'absorbance à 260 nm en fonction de la température –entre 20°C et 90°C– fait apparaître une brutale augmentation d'absorbance autour de 75°C suivie d'une stabilisation. L'effet hyperchrome observé est de 30%. Si l'échantillon est brutalement refroidi, l'absorbance diminue peu.  [...]