• Santé - Fragments, Sites, Digestion

[Biologie Moléculaire] Enzymes de restriction sur plasmides- Digestion complète et incomplète

Par exemple, pour un plasmide ayant 3 sites de coupures, le nombre de fragments attendu (théorique) est de 6 si l'on considère tout les fragments possible et imaginable. Mais dans le cas d'une digestion incomplète, comment savoir s'il y aura 1 seul site ou 2 site qui seront impliqué dans la digestion du plasmide.  [...] .. bref, pour tout un tas de raisons. Et comme on ne maitrise jamais parfaitement chacun de ces paramètres, on ne peut pas non plus prévoir si la réaction sera complète ou non. Surtout si plusieurs enzymes différentes sont utilisées pour chacun des sites. Après, si on fait un électrophorèse, on peut quantifier l'avancement de la digestion pour chacun des sites, car en général, les différents fragements n'ont pas la même taille.  [...]

[Biologie Moléculaire] Carte de restriction électrophorèse

.. Dans la double digestion si mon hypothèse (les 2 enzymes bamHI et ecoRI coupent au même endroit), j'aurais 2 fragments identiques dans mon plasmide ce qui ne coincide pas avec la digestion de EcoRI. Et pourquoi mes 2 enzymes auraient-elles coupées au même endroit.  [...] Sinon cela peut-être du à l'activité star de bamHI qui est capable de reconnaitre les sites de EcoRI mais dans ce cas là, on en revient toujours au même, pour la double digestion, j'aurais dut obtenir les mêmes fragments que pour ceux de ecoRI.  [...]

[L1 BIO] TP Biologie moléculaire

La digestion te donne des fragments d'ADN. L'electrophorèse les classe selon leur taille. Le résultat du gel d'electrophorèse te donne donc seulement des bandes, chaque bande correspond à des fragments de plasmides d'une taille donnée.  [...] Tu en déduis qu'il y a eu 5 fragments issus de ta digestion donc 5 sites sur ton plasmides, séparés par 100, 600, 700, 800pb et encore 800pb... Mais ça ne te donne pas l'ordre selon lequel ils sont placés les uns par rapport aux autres... Tu n'as donc toujours pas la carte de ton plasmide avec cette simple information.  [...]

[Biochimie] Preparation et analyse de plasmides

donc, avant digestion, on regarde la tête de l'ADN *non digéré* sur gel. Après digestion, on compare. si notre ADN a la même tête, c'est FAIL. si on a des bandes qui correspondent à ce qu'on a calculé d'après les positions des sites de restrictions (les regexp), c'est PASS.  [...] Le nombre de fragments dépend du nombre de site de restriction qu'il y a sur ton plasmide. S'il y a deux sites, tu auras 2 fragments linéaires, 3 sites 3 fragments etc. Le truc c'est que tu auras forcément un mélange des formes non digérées et des formes digérées (voir des formes partiellement digérées).  [...]

[Biologie Moléculaire] Enzyme de restriction

Alors j'ai un plasmide qui fait 5858 paires de base et on nous dit que l'enzyme de restriction EcoR1 coupe a 1,a 948 et a 1582.On me demande de calculer la taille des fragments obtenus apres digestion du plasmide par EcoR1.Je me demande s'il faut soustraire a chaque fois du nombre total de paires de base du plasmide,le nombre de paires de base que coupe EcoR1Sachant que j'obtiens 3 fragments pour ce plasmide si je ne me trompe pas.  [...] une derniere petite question parcontre,on me demande de calculer aussi les fragments attendus dans le cas ou ou il y a plusieurs sites EcoR1 et ou la digestion serait incomplete.Je ne trouve pas cette question tres claire,donc je ne vois pas trop comment faire.  [...]

[Biologie Moléculaire] Calcul de rendement

Bonjour. Voilà en ce moment je réalise des TP de biomoléculaire. On me demande de réaliser un calcul de rendement de purification des fragments obtenus lors d'une digestion. pCR-GAI digéré avec BamH1 et Hind III, 2 sites de restriction pour chaque enzyme.  [...] Sachant que Rendement = (Concentration après purification) / (concentration avant purification), il me manque donc la concentration avant. On connait la concentration d'ADN (donc celle du plasmide) présente initialement. Cependant, pour connaitre celle des fragments présents (donc l'extrémté 5', après digestion) j'essaye cette formule. (Concentration ADN * (784/5484)). Donc.  [...]

Comment calculer la taille des fragments sur une carte de restriction?

il y a quand meme un fragment à la migration qui correspond à la taille du plasmide entier linéarisé (et en biologie moléculaire, les simples digestions donnent des renseignements importants) il faut donc quand même dire qu'il y a un fragment de 4,7.  [...] En fait le plus simple c'est de commencer à déterminer le nombre de sites de coupure de chaque enzyme en fonction du nombre de fragments. Ensuite, avec les doubles digestion faites une carte comme vous avez fait.  [...]

Carte de restriction de Pcr-GAI

Bon apparemment on dispose de BamHI donc dans ce cas on peut libérer le 5' GAI en utilisant HindIII et BamHI et ensuite le faire digérer séparément par XhoI et BglII si on obtient deux fragments par digestion, on a les deux sites de restriction sur le 5' GAI (donc dépend d'un coup de chance) sinon il faut (pour améliorer la carte de restriction) obligatoirement isoler le 3'GAI avec EcoRI et HindIII et le mettre en contact avec l'enzyme dont on cherche encore le site de restriction.  [...] d'abord les digestions simples et ensuite les doubles. Inutile de sortir l'insert avant de commencer à faire la carte, le vecteur, en donnant de gros fragments va vous aider.  [...]

[Génétique] site de restriction HinfI

Dans le but de faire une digestion avec HinfI, je trouve toujours des fragments de tailles différentes de celles trouvées dans la littérature.  [...] D'apres mes recherches( Le résultat trouvé selon le site de restriction mapping. http.//www.restrictionmapper.org/cgi-bin/sitefind3.pl ), la digestion donne 2 fragments de 176 et 22, par contre dans tous les articles ils trouvent deux fragments de 175 et 23, soit un décalage d'une base.  [...]

microbiologie - CARTE DE RESTRICTION

Maintenant la méthode. elle est basée sur la taille des fragments de restriction, c'est-à-dire sur la taille des morceaux d'ADN obtenus après digestion.  [...] La 3e digestion qui combine les 2, te permets de le faire. d'après les tailles, c'est le grand fragments de E1 qui est coupé en 2 (50 + 30 = 80), il y a donc 2 possibilité de placer le site E2. soit à 9h, soit à 7h.  [...]