• Santé - Fragments, ARNm, Protéine

[Biologie Cellulaire] Stratégie anti-sens et oligo nucléotides.

quel est le mode d'action des oligo-sens Leur injection a apparement le même effet que les ARNm dans le cadre d'une expérience de sauvetage fonctionnel ( après injection préalable d'oligo antisens).  [...] Les oligo sens sont ils juste des fragments d'ARNm qui pourront quand meme coder pour la protéine manquante et ainsi rétablir la fonction.  [...]

synthèse protéine.

Bonjour à tous, lorsque l'on veut synthéthiserune protéine, le brin qui donne la séquence ARNM correspondra toujours au brin 3'. 5' ou bien cela dépend et en contraire, elle se passe comme la réplication et ferait intervenir des fragments d'okasaki.  [...]

[Biologie Moléculaire] Adn

Tous d'abord, si on part de dogme utilisé en biologie moléculaire qui lie un gène à une protéine, on se rend vite compte qu'il y a un problème. 10 à 30 000 gènes pour 100/150 000 protéines. (chez l'Homme). Avoir une protéine sous forme d'intron et d'exon, permet via des événements d'épissage alternatif, l'obtention de différentes protéines mais à partir d'un même ARNm.  [...] Non pas exactement, lors de la transcription, on obtient un pré-ARNm. Ce pré-ARNm est alors épissé, on a alors des fragments d'ARNm qui sont éliminés, que l'on nomme intron et des fragments qui sont garder, que l'on nomme exon, formant l'ARNm mature. Du point de vue séquence, la zone de bordure exon-intron et intron-exon est formée par des séquences consensus assez conservée et les introns possèdent ce que l'on appelle une boite de branchement.  [...]

Questions de biologie et de génétique moléculaires

Cela viens de la facon de faire les banques d'EST a partir des cDNA. On peu tres bien avoir des tags a differents endroits de l'ARNm. Donc plusieurs EST pour un meme gene.  [...] CAr lefficacité de reverse transcription (passage ARNm -. ADNc) decroit avec la distance. Comme cette reaction est initiée en 3' des ARNm, il est logique d'obtenir plus de sequences situées en 3' qu'en 5'. (en gros la reverse transcriptase se decroche de l'ARNm matrice au cour sde la revers-transcription, se qui cree des fragments abortifs de plus petite taille ne correspondant pas a la taille naturelle de l'ARNm.  [...]

Alignement séquence (Bioinformatique)

J'aimerais savoir s'il y aurait un logiciel capable de relier tous ces fragments afin d'avoir une seule séquence de ma protéine. Présentement je le faismanuellement et c'est très long.  [...] Salut, oui il y a notre protéine que nous avons transfecté dans un plasmide. Nous l'avons verifier par blast avec la sequence de cette protéine de NCBI (reference). Et nous obtenons pleins de petits fragments d'alignement, ce qui est normal puisque lors du séquencage le logiciel fait pleins d'erreurs et donc l'alignement ce fait moins bien, ce qui crée ces fragments.  [...]

[Divers] Epissage

Je suis pas très bien informé dans le domaine mais je pense que à partir du moment où l'on connait la séquence nucléotidique d'un gène et la séquence en acides aminés de sa protéine,ça ne pose pas de problème. En effet à partir du moment où tu connais la séquence d'un gène tu peux en déduire la séquence de l'ARN messager immature correspondant (par complémentarité).  [...] L'hybridation de l'ARNm avec l'ADN génomique correspondant suivi de l'action d'exonucléase permet d'obtenir les fragments d'ADN génomique correspondant aux exons. Si l'ADN génomique reste entier après digestion, c'est que l'ARNm n'est pas épissé.  [...]

[Biologie Moléculaire] Technique SELEX aidez moi!

Ce que l'on élue est donc les fragments d'ADN qui étaient restés fixés sur la protéine. Afin d'éliminer les séquences aspécifique on va procéder par plusieurs réitération du processus. (PCR, fixation, élution). Ceci va avoir pour conséquence que les fragments ayant la plus forte affinité pour la protéine se fixeront les mieux.  [...] A la fin vous allez récupérer des fragments que vous souhaitez identifier. Ce que vous savez à priori c'est qu'ils vont tous être similaires à priori avec de petites variations. Ce que vous souhaitez c'est établir une séquence consensus de fixation de votre protéine.  [...]

[Journal club] Extinction de l'expression de gènes par les siRNA : la découverte

Une piste inattendue va toutefois se dévoiler grâce à des travaux sur la drosophile. En travaillant sur des extraits d'embryons de drosophile, le groupe de Thomas Tuschl a pu constater que les ARN double brin sont clivés en de petits fragments d'ARN double brin de 21 à 23 nucléotides qui conduisent au clivage de l'ARNm cible à des intervalles de 21 à 23 nucléotides (Zamore et al.  [...] , Cell, 2000). Ils ont donc pensé que ces petits fragments d'ARN double brin sont responsables du clivage spécifique de l'ARNm cible. ce sont les petits ARN interférents (siRNA). Leur hypothèse fut confirmée sur des extraits d'embryons de drosophile où l'introduction de siRNA éteint l'expression du gène cible (Elbashir et al.  [...]

Edition de l'ARN - Mécanismes?

Une endonucléase clive l'ARNm au niveau de la première base mal appariée, la queue de l'ARNg permet le maintien via des interactions ARN-ARN du fragment 5' à proximité du fragment 3' et des protéines de l' épitosome (mal identifiées). Le complexe procède alors à l'addition/suppresion d'uridines en 3' du fragment 5', réaction catalysée par la Terminale Uridine Transférase [TUTase] qui agit indépendamment de toute matrice.  [...] Une ARN ligase relie les deux fragments maintenus par les interactions ARNm-ARNg après addition/suppression des uridines.  [...]

dégradation de protéine recombinante

Si tu n'as pas accès à une FPLC ou HPLC, le mieux est de tenter une échangeuse d'ion. Vu la différence de taille entre ta protéine et les deux fragments, il y a de bonnes chances pour que leurs pI soient suffisamment éloignés pour que ça marche. Il existe des colonnes jetables en plastique (biorad), tu achetes de la resine (DEAE pour echangeuse d'anions, phosphocellulose pour echangeuse de cations) et tu peux faire des manipes pour des années.  [...] Si ta protéine est protéolysée, on s'attend à ce que l'extrémité His-tag soit la première à être coupée étant donné qu'elle est flexible. Donc tu ne peux pas savoir par un simple blot anti-His si il s'agit de fragments de ta protéine ou pas.  [...]