• Santé - Fragments, ADN, Clones

Marche sur le chromosome

marche sur le chromosome Stratégie pour la cartographie et le séquençage d'un fragment d'ADN ainsi que pour le clonage positionnel. De grands fragments de restriction (ou clones de BAC) sont générés et, après criblage, un point de départ unique est identifié.  [...] De nouvelles sondes complémentaires à des séquences du même fragment mais adjacentes au point de départ (clone BAC) sont synthétisées et ensuite utilisées pour identifier de nouveaux fragments de restriction chevauchant le point de départ initial. Le procédé est répété, en s'éloignant progressivement du point de départ.  [...]

[Biochimie] Sequençage de l'ADN

Brièvement le pyroséquençage 454 consiste à séquencer des fragments de qqs 100aine de paire de bases... tu branches des adaptateurs et lies un unique fragment sur une micro bille. Tu amplifies le fragment et tu te retrouves avec une bille qui contient plusieurs millions de clones de ton fragment.  [...] Ce sont ces clones (si l'on peut dire) qui permettent de générer un spot de fluorescence qui sera détecté à chaque étape de polymération. Cette stratégie permet de séquencer en parallèle plusieurs régions de l'ADN. Ensuite, une fois tous les fragments séquencés, on reconstitue le brin d'ADN initial par informatique.  [...]

Isoler une région d'un génome à partir d'un BAC

Tu peux utiliser la méthode du finger print. tu fragmentes, tu clones dans les BAC et ensuite tu fais une restriction avec une enzyme et tu compare les profils de restriction de tous tes BAC avec un BAC de référence... Tu peux également utiliser la méthode des STS.  [...] Pour vérifier tu peux également utiliser les hybrides d'irradiation dans les cellules CHO. tu fragment ton ADN avec des doses d'UV variables. Ensuite tu récupères les fragments et tu les mets dans des cellules CHO pour qu'il y ai recombinaison et pour obtenir des clones cellules CHO contenant des fragments venant de ton génome fragmenté.  [...]

[Biologie Cellulaire] enzyme de restriction

si tu coupes ton ADNg de levure par une enzyme de restriction tu vas avoir des milliers (voir des centaines de milliers) de fragments. Tu vas les cloner tous un part un pour trouver le bon...ben non.  [...] Personnellement je n'ai jamais eut de probleme, mais je passe par une etape de purification sur colone ce qui me permet probablement de m'en debarasser (de la meme maniere que les fragments d'ADN clonés apres migration sur un gel d'agarose+BET. Ceci dit, il en faut vraiment pas bcp, car meme a tres faible concentration ca inhibe tres fort la digestion.  [...]

Séquençage

J'ai juste une petite question, dans les projet de séquencage de génome de grande taille l'utilisation de vecteur est nécessaire. Je sais que la séquence d'ADN que l'on veut étudier doit être scindée afin de placer les inserts obtenus dans des vecteurs. Ces vecteurs seront ensuite clonés à l'aide d'organisme hôtes.  [...] Tu coupes avec une enzymes et tu clones tes fragments dans des BAC dont tu connais la séquence. Tu parts d'une grande quantité de génome donc pas besoin de PCR, tu coupes tout et tu insères tout ça dans tes BAC pour créer une banque d'ADNg. Comment veut tu faire une PCR sur un génome dont tu ne connais pas la séquence.  [...]

[Biologie Cellulaire] ADN mitochondrial et clonage

La seul chose qui peut y avoir de différents entre deux clones ne partageant pas le même ADN mitochondriale peut-être une différence dans la capacité métabolique respiratoire (production d'ATP...) bien que cette différence puissent être dramatique il faudrait que l'un des clones ait hérité de mitochondrie ayant un gènes codant une proteines ou un ARNt muté ou un délétion etc.  [...] Deux clones sont génétiquement identique si on occulte l'ADN mito sa c'est claire, c'est la définition de clone par contre il est très probable comme c'est le cas lors de clonages d'animaux que deux clones ne se ressemble pas. Celà est dû à des modifications épigénétique du génome qui dépendent en parti de l'environnement et de divers stimulis.  [...]

insertion dans un phage

En effet le fragment d'ADNpeut se cloner dans les deux sens, et ensuite il peut se trouver dans n'importe laquelle des trois phases de lecture. Donc en effet ca fait 6 possibilites.  [...] Ce qu'il ne faut pas perdre de vue est que tu cherches a faire une protéine de fusion il est donc obligatoire que le fragment d'ADN que tu clones soit dans la bonne pahse de lecture par rapport au gene de la protéin auquel tu le fusionnes.  [...]

Approche métagénomique ?

J'ai cru comprendre que c'était une technique pour faire une culture de bactéries qui sont peu cultivables habituellement. On prend ainsi leur bagage génétique qu'on implante dans une bactérie e-coli et ensuite on étudie la croissance de cette bactérie.   [...] Il n'y a pas de culture stricto-sensus. Tu extrait l'ADN d'une communauté d'organisme totale issue d'un environement donné. Tu clones dans E. coli des morceaux d'ADN aléatoirement dans cette soupe d'ADN. Et tu séquences. Soit aléatoirement, soit tu passes par une étape de criblage des clones (par exemple pour ne séquencer que les clones contenant un inser ADNr).  [...]

problemes de la PCR avec les amorces T7/SP6

s'il vous plait, je rencontre un grand problème avec la PCR d'un fragment d'ADN que j'ai cloné dans un vecteur pGEM-T easy avec les amorces T7/SP6.En effet, la migration sur gel des clones que j'ai amplifié ne donne rien pour la majorité.On DIRAIT QU'IL S'AGIT D'UN témoin négatif.  [...] Même la bande du vecteur seul n'apparait pas donc le problème ne serait pas lié a un faux-positif.Quelqu'un pourrait il m'aider svp.   [...]

[Biologie Moléculaire] PCR de clones

Oui c'est vrai. J'y ai bien pensé mais les ADN des lignées subissent exactement les mêmes traitements que mes clones, autant de cycle de congélation décongélation. De plus j'effectue une dilution de mes clones. Ma solution mère ne subit que de très rare congél décongel.  [...] oui je suis sûr de mes réactifs car durant mes PCR il n'y a que mes clones qui ne s'amplifient pas, les lignées c'est bon. Si mes réactifs étaient défectueux je n'arriverais pas à amplifier l'ADN de mes lignées. Mais avant de poster un mot sur le forum, j'avoue que j'avais quand même pensé à ça.  [...]