• Santé - Fichier, Structure, Logiciel

[Biochimie] logiciel de modelisation gratuit

je suis a la recherche de logiciel me permettant d'observer la structure 3D d'une proteine connue, mais aussi me permettant de recuperer cette struture afin de la mettre dans un fichier word ou excel, ramol ne passe pas sur mon windows vista et Cn3D me permet pas de recuperer ma structure proteique.  [...] J'utilisais STRAP. C'est une suite de logiciel qui permet de faire pas mal de chose, dont des alignements de structure, recuperation des pdb et enregistrement aux formats tiff/jpeg.  [...]

[Génétique] Programme Structure, fichier input

J'ai un problème pour faire mon fichier de donnée sur Structure. J'ai un jeu d'allèle pour 5 marqueurs (des microsat), bi-allélique. Des individus, une seul population, pas de différence de sexe(enfin si mais pas important la).  [...] Je pars d'un fichier excel, comment creer un fichier Structure qui tourne J'ai le logiciel Create. J'arrive à plusieurs fichier mais aucun ne tourne.  [...]

[Divers] Albumine dénaturée

C'est un fichier.pdb à ouvrir avec ton logiciel de visualisation de structures favori. rastop, raswin, swisspdbviewer, yasara ou d'autres.  [...] De ces fichiers (j'en ai trouvé d'autres sur un autre site), j'ai déduit qu'une des trois principales était constituée de 3 chaînes d'aa, et que les deux autres n'en possédaient qu'une. J'ai aussi utilisé le log MESURIM pour analyser le résultat d'une électrophorèse, j'en ai tiré les proportions que chaque protéines (3) ont dans l'oeuf.  [...]

[Biologie Moléculaire] Analyse de TLDA

je suis à la recherche d'un logiciel permettant d'analyser un grand nombre de fichiers issu d'une analyse par screening de TLDA. Nous avons un Workflow sous R permettant l'analyse des fichiers exporté (.txt) mais nous n'avons aucun logiciel nous permettant d'analyser l'ensemble des plaques d'un coup de façon à analyser les courbes d'amplifications.  [...] Il existe un logiciel permettant d'analyser des fichiers.sds (appareil de qPCR applied Biosystem), mais pas des fichiers.eds (nouveau format de fichier exporté par le Viia7).  [...]

[Génétique] allele in space

J'utilise le logiciel 'allele in space' (logiciel de génétique des populations) et je rencontre un problème. En fait ce logiciel prend en compte 2 fichiers d'entrée. un avec le génotype de mes individus et l'autre avec les coordonnées de tous les individus.  [...] Or sur l'interface du logiciel on peut cocher ou pas une case pour indiquer au logiciel si les coordonnées rentrées dans le fichier 'coordonnées' correspondent aux longitudes et aux latitudes de chaque individu. Le problème c'est que le logiciel lance très bien l'analyse lorsque je ne coche pas la case, or mes coordonnées étant des longitudes et latitudes j'aimerai cocher la case mais là le logiciel ne veut rien savoir et m'affiche un message d'erreur.  [...]

[Biologie Moléculaire] Construction Arbre phylogénétique

En fait j'ai réalisé un aligement de Séquence via le logiciel BioEdit jusque là tout va bien, puis je crée mon arbre via Clustal W. le logiciel me le crée en fichier.ph mais alors là impossible de l'ouvrir ou du moins je ne sais pas quel logiciel utilisé.  [...] Ce type de fichier ca s'ouvre avec un logiciel genre Treeview (faire google pour aller le télécharger.) Il va falloir peut etre légérement éditer le.ph pour que celà soit au bon format (le faire avec Wordpad par exemple).  [...]

besoin d'aide : TP svt avec anagene

Voilà, je passe l'épreuve expérimentale de svt demain et je me suis procuré les sujets sélectionnés... seulement il y en a un qui me pose problème, si vous pourriez m'aider ça serait sympa merci.   [...] C'est avec le logiciel ANAGENE, on doit ouvrir un fichier avec les séquences suivantes.  [...]

[Biochimie] Représentation des données sur Sigma Plot

[Biochimie] Représentation des données sur Sigma Plot.   [...] comment faire pour tracer les résultats obtenus sur des expériences de dichroïsme circulaire après les avoir sauvegardé sous forme ASCII (fichier texte) sur le logiciel Sigma Plot (en gros quel type de graphe choisir pour obtenir la même image fournie par le logiciel du CD).  [...]

[Divers] Bioinformatique: Banques/Bases/Centre de resssource

Alors en fait, vu que les centres de ressources ont déjà un système permettant d'effectuer une recherche, j'imagine que l'avantage des systèmes d'interrogation c'est de pouvoir comprendre d'autre centre de ressources dans la recherche.   [...] - Collection de données (séquence, format, structure) en fichier texte.  [...]

[Biochimie] Création de .prépin avec XLEaP (AMBER)

Dans le cadre d'une modélisation d'un décamère d'ADN complexé avec du platine je dois créer un.prépin pour construire mes liaisons (avec le logiciel XLEaP de la suite AMBER) mais, je rencontre un problème avec une guanine terminale 5' (DG5).  [...] C'est à dire que je suis assez nouveau dans le domaine et, je me suis laissé supposé que la suite AMBER était assez classique. Je n'ai pas demandé au fournisseur du logiciel parce que le problème n'est pas très important en soi, je peux faire moi même le fichier si la version créée par XLEaP ne me convient pas.  [...]