• Santé - Extraction, Précipitation, ARN

[Biologie Moléculaire] protocole extraction ARN (pas de kit, ni trizol)

Essaye un protocole d'extraction d'ADN classique, lyse avec un détergeant, puis précipitation a l'alcool. Si tu manipules proprement alors tu auras de l'ADN et de l'ARN.  [...] Dans le molecular cloning, il y a un protocole pour des extractions d'ARN a base de thiocyanate de guanidine et phénol. Un genre de trizol maison quoi.  [...]

[Biochimie] Améliorer la quantité, qualité et pureté d'une extraction d'ARN

J'ai effectué une extraction d'ARN à partir des cellules THP-1 humaines par deux techniques différentes. la technique d'extraction par précipitation en utilisant le trizol et la technique par extraction par colonne utilisant le kit direct-zol ARN miniprep et des colonnes appel zymo-Spin IIC.  [...] J'ai obtenue une concentration pour la méthode de précipitation de 1240 ng/µL avec les ratios de 260/280 est de 1,66 et 260/230 la valeur est de 1,59 permettant de dire qu'il y a une très grande contamination en matière organique. Pour l'échantillon de colonne est de 440 ng/µL Pour l'échantillon de colonne, la valeur du ratio 260/280 est de 2,08 permettant de conclure qu'il n'y a pas de contamination protéique.  [...]

[Biologie Moléculaire] biologie moléculaire

On prélève l'ARN puis une précipitation à l'isopropanol, puis centrifugation. On a l'ARN qui précipite, on lave le culot et on solubilise l'ARN dans du formamide désionisé.  [...] Les deux techniques les plus employées en laboratoire pour extraire de l'ADN plasmidique (je ne sais pas s'il y en a d'autres) sont. l'extraction au phénol-chloroforme et l'extraction à l'aide de kits industriels, type OMEGA, Sigma-Aldrich...etc. La première permet de récupérer une plus grosse quantité d'ADN plasmidique que la seconde, mais est plus délicate à réaliser.  [...]

[Biologie Moléculaire] Extraction ARN ethanol 70%

Ensuite, il s'agit de précipiter les ARN, on incube avec de l'isopropanol, à quoi sert t'il dans la précipitation Après centrifugation on enlève le surnageant, et on ajoute de l'ethanol a 70%. On me pose la question pourquoi 70% et non ethanol pur J'imagine que la différence se fait au niveau de la fraction d'eau de l'ethanol 70% mais je ne sais pas quoi répondre.  [...] De façon un peu plus moléculaire, l'ADN précipite car il n'est pas soluble dans l'alcool car celui-ci le déshydrate, tandis que les sels que l'on ajoute pendant l'extraction neutralisent les charges négatives de l'ADN (l'apport de charges positives permet la création de solides).  [...]

[Biologie Moléculaire] Amplification infructueuse

Idée un peu simple pour tester l'extraction. hydrolyse complète, puis voir au chlorure d'argent si on aurait une précipitation Ag 3 PO 4.  [...] Les petits polyphénols peuvent peut-être dénaturer les enzymes (). Mais en principe ils devraient rester dans la phase organique de l'extraction... Pour les polysaccharides, certains peuvent peut-être agir comme inhibiteurs compétifis (). Cependant en concentrant l'ADN par précipitation, j'imagine qu'on élimine pas mal de ces polymères osidiques avec l'éluant.  [...]

[Biologie Moléculaire] Rôle du PEG dans l'extraction

Je fais des co-extractions ADN/ARN et la dernière étape de mon protocole est une précipitation au PEG 6000 (Polyéthylène glycol) pendant 2h à température ambiente.  [...] Ce qui m'intéresserait aussi, c'est de pouvoir baisser la température lors de la précipitation. C'est à dire au lieu de laisser les échantillons à T°C amb pendant 2h, de les laisser plutôt à 4°C même si le temps s'allonge. Pensez-vous que l'effet sera le même.  [...]

extraction phénol chloroforme

L'extraction phenol/chloroforme (ou old school ) ne permet pas à elle seule de faire une extraction d'ADN. Il faut faire une lyse des cellules (lyse alcaline ou pk ou...) et d'autres étapes d'extraction/purification/précipitation/lavages peuvent être ajoutées.  [...] L'extraction phénol ne permet que de laver ton ADN préparé en le débarassant des protéines (jusqu'à un certain point)... reste plus qu'a faire une extraction chloroforme pour enlever le phenol qui est dissout dans la phase acqueuse.  [...]

[Biochimie] TPE sur l'ADN

- le deuxième type d'extraction est l'extraction différentielle. il s'agit ici de séparer de l'ADN provenant de deux fractions différentes. Exemple le plus courant. mélange de cellules épithéliales (fraction féminine) et de spermatozoïdes (fraction masculine) que l'on peut retrouver sur des prélèvements de type préservatifs, écouvillons vaginaux.  [...] Je rajoute une petite précision sur ces extractions. elles sont souvent réalisées à partir de traces et ont donc un plus faible rendement. En cause. la faible quantité d'ADN et une plus ou moins bonne qualité (dégradation, mélanges, inhibiteurs de PCR, etc).  [...]

[Biologie Moléculaire] Extraction ARN

Je suis entrain d'optimiser une extraction d'ARN chez le chêne Liège. J'ai essayé un kit commercialisé mais la pureté et le rendement en ARN est très faible. J'ai trouvé ds un article un kit maison, il utilise du glycogene pour précipiter l'ARN. Est ce que qlq'1 connaît un autre produit pour substituer le glycogene.  [...] protocole Trizol marche bien en veg, sinon CTAB pour les récalcitrantes (genre riches en phenols) et si malgré ca tes ratios sont toujours mauvais, après l'extraction passe par une purification phenol-chloroforme et précipitation a l'ethanol.  [...]

[Biologie Moléculaire] le gel idéal??

j'avais précisé dans un post précédent que j'avais effectué une extraction d'ADN qui n'avais rien donné à la 1ère révélation. aujourd'hui je voulais m'en assurer en préparant un autre gel, le problème c'est qu'hier je n'ai obtenue aucune fluorescence contrairement à aujourd'hui.  [...] Je ne sais pas ce que tu veux faire avec ton ADN, mais si tu le quantifies A 260 il faut d'abord que tu degrades l'ARN et que tu repurifies l'ADN, sinon ta concentration va etre plus que fausse. Generalement dans les extractions old school il y a une etape de traitement a la RNase avant la precipitation.  [...]