• Santé - Extraction, ARN, échantillons

Calcul de ratios en real time RTqPCR: Combinaison de gènes de référence.

J'étudie le niveau d'expression d'un gène A, j'ai à ma disposition 40 échantillons (d'ARN total issu d'extraction). Je ne peux passer que 10 échantillons par série sur les machines de RT qPCR. Je dois donc les passer en 4 fois. Pour homogénéiser les differentes séries, je dispose d'un échantillon calibrateur que j'utilise à chaque série de RTqPCR.  [...] Je me suis rendu compte que le niveau d'expression en ARN de GAPDH n'est pas stable d'un échantillon à l'autre, j'ai ajouté deux autres gènes de référence (ESD et PLOR2A).  [...]

[Biologie Moléculaire] Rt-pcr

D'accord, je suis en train d'en relancer une d'autre échantillons, pour voir si ce problème ne vient pas de mon extraction, la RT est en train de tourner, je vais faire plusieurs contrôle négatif sur la PCR. pour verifier la qualité de mes ARN je fais simplement un gel d'agarose pour voir l'état des ARN ribosomaux.  [...] Bon, même en présence d'RNAse out, toujours le même profil... je n'ai plus d'idées quant à l'origine de ce problème. quand je test sur des échantillons déjà extrait et purifié, je n'est pas d'amplification du 28S, mais j'ai plus c'est patates.. quelqu'un a une autre idée... svp je suis à bout de nerf.  [...]

[Biochimie] Extraction ARN

Je suis actuellement en train d'extraire des ARN viraux par méthode double extraction trizol-trizol LS et lorsque j'ai effectué la migration sur gel, je n'observe que très rarement les deux bandes caractéristiques à 18s et 28s. Normalement, je devrais observer deux belles bandes pour chaque échantillons puisqu'après quantification, j'ai pu voir que mes ARN étaient en concentration satisfaisante ( entre 0.5 et 1.8 µg/µL).  [...] Hier j'ai essayé de refaire migrer des échantillons en faisant resolubiliser un peu les culots ( 10min à 65°C). Le profil que j'obtient est différent de celui que j'obtenais au départ. je vois pratiquement que des doubles bandes après une resolubilisation ce qui est positif puisqu'au départ je ne voyais presque pas de doubles blandes.  [...]

[Biologie Moléculaire] Nettoyage d'ARNs & Transfert de protéines

Pour l'extraction d'ARN, la contamination vient bien du fait que j'ai utilisé du tissu congelé (jeté dans le tampon RLT à 20°C). Le commercial m'a conseillé de chauffer les échantillons juste 5 min à 30°C après broyage puis de bien vortexer pour dissoudre les sels.  [...] Tous mes échantillons (en même temps il n'y en a que 4) ont une DO280 équivalente, mais ce n'est peut-être pas qu'un coup de bol. J'ai mis au point un protocole de prélèvement hyper standardisé, et l'extraction se fait sur colonnes RNeasy (à priori pas trop de variabilité possible là non plus).  [...]

[Biologie Moléculaire] Extraction ARN AGPC et phénol/Chloroforme

J'ai toujours eu le sentiment que l'extraction au phenol/chloro, le port des gants, l'autoclave, etc. était une procédure courant pour l'extraction d'ARN. Si la GT possède de tels avantages, pourquoi ne pas l'utiliser systématiquement Ou peut-être est-ce le cas et je ne m'en suis pas rendu compte Je ne suis vraiment pas une experte dans le domaine.  [...] dans de nombreux kit d'extraction d'ARN sur colonne (je ne citerai pas de marque ), le thiocyanate de guanidium est ce qui est le plus utilisé. Notamment pour la grande pureté des échantillons qu'il permet d'obtenir.  [...]

[Biologie Moléculaire] Extraction d'ARN

j'essaye de mettre au point une extraction d'ARN sur des échantillons d'urine. Mon seul soucis, c'est que la quantité récupérée avoisine les 3ng/µl... Travaillant d'habitude sur des cellules, je n'ai pas l'habitude de travailler avec des prélèvements tels que l'urine.  [...] Ca coute un peu cher mais les kits d'extraction spécialement concus pour petite quantité d'arn sont la meilleure solution dans ton cas à mon avis.  [...]

[Biologie Moléculaire] Quel Kit d'Extraction des RNA Totaux ?

Ben moi je travaille pas du tout sur ce genre de matériel, mais j'utilise les kits d'extraction d'ARN de chez Qiagen surtout le micro car j'ai des petits échantillons, et le mini aussi et j'ai de très bon rendements.  [...] Ce sont des extractions sur colonne qui sortent effectivement de bons rendements et des échantillons relativement peu contaminés.  [...]

Extraction ARN/lipides à partir d'un même échantillon

Extraction ARN/lipides à partir d'un même échantillon.  [...] Bonjour, je souhaiterai savoir si quelqu'un connait un protocole permettant d'extraire à partir d'un unique échantillon ARN et lipides en même temps, l'échantillon étant de très faible quantité.  [...]

pb dépots echantillons d'ARN

Après avoir réaliser une extraction d'ARN de bacteries issue de l'eau avec un kit QIAGEN, je dépose mes échantillons avec du bleu de dépot pour ARN et là se produit une chose pas courante. Au lieu de que mon échantillon se retrouve au fond de mon puit (gel 2,5% agarose et tampon TE 1X tout a fait normal), celui ci se voit revenir à la surface et se dissipe dd'un coup dans mon gel.  [...] Savez vous pourquoi et ssurtout comment faire pour que ceux la reste au fond (dilution au demi avec le bleu de mes echantillons).  [...]

[Biologie Moléculaire] extraction faible qté ARN

Salut. j'utilise habituelement l'extraction phenol/chlorophorme et glycogene pour extraire les arn des mes cultures cellulaires.. et le rendement est amliore, pas de facon faramiseuse, mais il y a une difference qui justifie l'achat.  [...] Je n'ai jamais eu de problèmes de contamination de phénol donc je ne peux malheureusement t'aider sur ce point. Peut-être le mieux serait d'utiliser les colonnes conçues pour les extractions d'ARN Dispendieuses, mais propres.  [...]