• Santé - Extraction, ARN, Bactéries

[Biologie Moléculaire] Extraction ARN Lignée cellulaire et Bactérie

J'aimerai profiter de votre savoir vis à vis de l'extraction d'ARNm dans le cas suivant. Je vais mettre en culture des bactéries (lactique) sur des cellules (HT-29) pendant quelque. En fin de cinétique j'aimerai pouvoir isoler l'ARN Bactérien ainsi que l'ARN eucaryotes.  [...] même si je ne vois pas bien l'intérêt de mettre des bactéries en culture sur des cellules si tu veux séparer les ARNm distinctement pourquoi ne pas essayer une centrifugation. Ensuite tu extraits une des deux ou les deux phases et tu fais ton extraction.  [...]

[Biochimie] lecture d'un dendrogramme obtenu par ce-sscp

après avoir vu que la température et l'ajout d'un fertilisant joue sur la croissance des bactéries de la microflore en accélérant la processus de biodégradation on essaye de mettre en évidence le fait que le fertilisant permet de favoriser voir d'accélérer la différenciation des bactéries à la base non consommatrices d'hydrocarbures en bactéries consommatrices de ces hydrocarbures.  [...] je précise que dans cette expérience il utilise pour suivre l'évolution de cette communauté une extraction de l'adn et de l'arn 16s pour mettre plus suivre aussi spécifiquement les bactéries actives.  [...]

[Biotechnologie] Tampon de lyse

Ce tampon intervient directement après le lavage des cellules (bactéries ou cellules humaines), et à pour rôle de les détruire. Suivant ce que l'on veut faire ensuite (extraction protéines, ADN et/ou ARN), la composition du tampon varie, mais il contiendra généralement un détergeant afin de briser la membrane cellulaire et d'autre composants, également variables, mais aussi des sels et un pouvoir tampon au pH désirée.  [...] Bref, la composition du tampon de lyse est (très) variable suivant la manip' que l'on réalise, mais son rôle est généralement d'extraire notre produit en détruisant la cellule.   [...]

[Biologie Moléculaire] Extraction de l'ARN+ RT-PCR

Je suis nouvelle dans le domaine de la biologie moléculaire. Je vais faire l'extraction de l'ARN à partir des biopsies et des cellules pour faire par la suite une RT-PCR. Je n'arrive pas a choisir le Kit d'extraction d'ARN et de la RT-PCR. En se basant sur votre expérience pouvez vous me recommender les kit qui me permettent d'extraire mon ARN (en bonne qualité) et pour faire ensuite RT-PCR.  [...] Les rendements sont tres bons et la purete parfaite (pour de l'extraction de l'ARN bacterien).  [...]

[Biologie Moléculaire] extraction ARN

Le problème c'est que ma proteine d'interet est produite uniquement lorsque ma bactérie pousse sur gélose. Je suppose donc avoir des transcrit uniquement dans cette situation. Je me suis penché un peu sur la question et je me demandais si c'est pas trop casse-gueule de récupérer mes cellules sur la gélose.  [...] Toi, tu dois travailler sur les actinomycètes ou des bactéries pires encore. tu peux essayer de resuspendre tesz colonies/tapis dans de l'eau ou du Tris-EDTA (pour l'eau, absolument traitée au DEPC) et précipiter tout de suite les acides nucléiques.  [...]

[Biologie Moléculaire] extraction d'ARN

J'ai juste remarqué qu'en travaillant sur des échantillons congelés dans le TRIzol, j'avais un meilleur rendement que si je les traitais de suite après le prélèvement. Le fait de chauffer les échantillons pour favoriser la dissolution des sels avant extraction augmenterai mon extraction d'ARN.  [...] Juste pour vous dire que j'ai retenté une extraction d'ARN en faisant un lavage supplémentaire au chloroforme et mon rapport DO 260/230 est passé de 0,4 à 1 donc nette amélioration. J'ai dû cependant compenser la perte de rendement d'ARN en partant d'une quantité d'échantillon de 30% supérieure.  [...]

[Biologie Moléculaire] Extraction des ARN par la méthode phénol/chloroforme

j'aurais une petite question au sujet de l'extraction des ARN totaux par la méthode au phénol chloroforme.  [...] J'ai fait pas mal d'extraction d'ARN par cette méthode et je n'utilisais pas ces sels.  [...]

[Biologie Moléculaire] Difficultés pour solubiliser de l'arn

Suite à une extraction d'ARN totaux à partir de larves de Trichinella (nématode) j'ai des difficultés pour ressolubiliser mon ARN. Mon protocole est basé sur une extraction classique au phénol-chloroforme et à la fin un lavage à l'éthanol 75% et séchage. Le séchage de mon culot s'est fait en étuve à +37°C puis resupension dans de l'eau Rnases free.  [...] En fait j'ai réussi à ressolubiliser une partie de mon culot en refaisant une extraction phénol-chlo. Néanmoins, il me reste une partie insoluble. Pensez-vous que pour faire ma banque d'ADNc je devrais refaire une extraction où je peux travailler avec mon culot dissout En gros, j'ai peur que ne se sont dissoutes que certaines catégories d'ARN, lesquelles je ne sais pas mais c'est possible.  [...]

[Biochimie] Problème Extraction ARN totaux méthode Trizol-Chloroforme

Je viens de terminer pour la 6ème fois mon extraction d'ARN totaux à partir de cerveaux de souris par la méthode du Trizol puis Chloroforme et j'ai toujours le même problème. Au final, j'ai une très faible concentration d'ARN (de l'ordre de 200ng/µL).  [...] Ensuite le kit fonctionne par liaison des ARN sur une colonne, au final la pureté convient à tout type d'application (donc pas besoin de purif supplémentaire).  [...]

[Biochimie] L'acétone à froid dans l'extraction de l'ARN

après avoir cherché à plusieurs reprises sur internet, je n'ai pas réussi à trouver le rôle de l'acétone à froid dans l'extraction de l'ARN.  [...] Si mes souvenirs sont bons, une fois qu'on a une interface claire après les lavages au phénol, on met de l'acétone avec notre solution d'ARN, on la laisse au froid toute la nuit puis on centrifuge longtemps à forte vitesse pour précipiter l'ARN. On obtient alors un culot qui ne contient que l'ARN q'on sèche alors par 1 ou 2 lavages à l'éthanol.  [...]