• Santé - Extraction, ARN, Amplification

[Biologie Moléculaire] ARN contaminé par de l'ADNgénomique

Je viens de rechercher sur le net des explications sur la contamination ADN que j'obtiens en réalisant mes extractions ARN et je suis tombée sur le forum de futura science où en janvier 2003 yoyo indiquait qu'il y a certaines taq qui peuvent reverse transcrire de l'ARN.  [...] J'ai réalisé un traitement DNase de mes ARN lors de l'extraction ARN mais lorsque j'essaie d'amplifier mes ADNc avec des primers se trouvant dans le promoteur de mon plasmide ou à l'extérieur de mon ORF (après le teminateur et dans le promoteur), je sort toujours quelque chose, or je ne devrait pas puisque je recherche des ARNm (RT avec oligodT) qui, si mes souvenirs sont les bons, correspondent uniquement à l'ORF (ATG au STOP).  [...]

[Biologie Moléculaire] Mise a jour !!!

Avez des sites bien fait, des sites pour remettre a jour les bases et des sites plus approfondies...je vais de l'extraction d'ARN avec amplification par PCR.  [...] Faites aussi des recherches sur le forum. On a déjà bien discuté des ARNs et des RT-PCR. Si vous cherchez bien vous trouverez même sans doute plus d'informations ici que sur wikipedia.   [...]

[Microbiologie] Viabilité d'une bactérie et ARN

La RT-PCR correspond a une PCR qui a été précédée d'une étape de rétro-transcription (ARN -. ADNc). cela permet d'amplifier les ARN.  [...] Ils m'ont dit également que le but premier de son amplification (et de sa quantification) est de calibrer une manip au cours de laquelle on a extrait de l'ARN…..en gros pour voir si la technique d'extraction a bien marché (et pas pour apprécier la capacité réplicative d'une bactérie).  [...]

[Biochimie] bioremédiation M1

la troisième expérience permet de mettre en avant le fait que la dégradation est naturellement plus efficace aux fortes températures mais que l'inipol permet d'améliorer celle-ci à toutes les températures (ils disent que le fertilisant permettrait aux bactéries d'avoir un meilleur accès aux molécules en limitant les émulsions entre huile et eau) mais que cette amélioration de la dégradation est aussi à mettre en corrélation avec l'augmentation de la population bactérienne spécifique de la dégradation des hydrocarbures.   [...] ils effectuent une extraction des adn et arn totaux puis amplifient les régions spécifiques v3 de l'ARNr et de l'ADNr 16s. Après amplification par pcr et rt pcr, ils effectuent un sequençage et on arrive à la figure 4 et 5 de la publication où on observe deux dendrogramme.  [...]

[Biologie Moléculaire] contrôle interne en RTqPCR

Si il y a amplification du témoin interne, on a bien extrait de l'ARN non lysée de notre échantilon et la PCR n'est pas inhibée, donc un résultat négatif indique bien que l'échantillon ne contient pas ton ARN cible (donc qu'il est bien négatif).  [...] Il y a aussi une autre façon de le faire, c'est de rajouter l'ADN de notre contrôle interne dans notre mix PCR (ou l'ARN avant la RT dans ton cas) et de l'amplifier, cela permet d'être sur de son amplification (et de sa RT) mais pas de son extraction.  [...]

[Biologie Moléculaire] Contamination d'ARN par de l'ADN

Les essais ont révélés que la DNase du kit Machery Nagel ne fonctionnait pas assez sur colonne (amplification en PCR du plasmide ajouté pendant l'extraction d'ARN). Dans la notice de cette DNase il est précisé qu'en cas de grosse quantité d'ADN, il faut utiliser la DNase après colonne puis réaliser un clean up.  [...] 1/ Tu es encore contaminé par de l'ADN, ce qui explique l'amplification après un traitement RNAse (mais sans traitement DNAse).  [...]

[Biologie Moléculaire] Tma

svp, je demande si vous pouvez m'aider, j'ai besoin d'une explication de la TMA(transcription mediated amplification), je sais que c'est une sorte de PCR et qu'elle produit plus l'ARN, mais le principe est un peu flou.  [...] TMA est une méthode d'amplification qui s'inspire du process transcriptionnel observé chez les virus. Elle consiste à une sucetion de cycle de transcription inverse et de transcription générant beaucoup d'ARN. 3 enzymes agissent sur un simple brin d'ARN. La RT la RNAse H et la RNApol.  [...]

rDNA ou rRNA?

L'amplification a partir du rDNA me semble avoir plus d'avantage qu'a partir du rRNA. L'ADN est plus stable, moins degradés, ensuite il n'y a pas de RT necessaire, une etape en moins, sans parler de l'extraction d'ADN qui est souvent plus facile a faire.  [...] Sinon pour l'extraction, par exemple pour un profiling de bacteries, lorsque tu veux determiner quelles especes sont presentes a tel endroit, en fait tu extrais l'ADN total de tes bacteries, et apres tu fais une PCR (amplification de l'ADN) avec des amorces universelles des 16S des bacteries.  [...]

[Biotechnologie] temps pour les différentes étapes séquençages

c'est à dire extraction ADN, amplification, construction des banques et le controle qualité.  [...] j'aimerai également savoir le temps générale qu'il faut pour aller de la construction des librairies au traitement des données.   [...]

[Biologie Moléculaire] Amplification d'ARN

La conversion en ADN par transcription inverse, amplification de l'ADN par PCR puis la transcription en ARN est-elle la démarche la plus pratique.  [...] Une autre methode consisterai a faire de la transcription in vitro, mais c'est pas vraiment de l'amplification stricto senso (par contre avec la deuxieme methode tu recuperes des ARN, non pas de ADN).  [...]