• Santé - Expression, Quantité, ARN

[Biologie Moléculaire] Q-CPCR encore !

Je me pose la question, je souhaite comparer l'expression du gène A dans deux tissus (tissu 1 et tissu 2). Il se trouve qu'après extraction je me retrouve après plusieurs manips et une moyenne, une quantité d'ARN totaux dans le tissu 1 10 fois plus importante que dans l'autre.  [...] Si avec la meme quantité d'ARN pour la RT, je trouve un gène 2 X plus exprimé dans un tissu que dans l'autre, il faut ensuite que je ramène à la quantité d'ARN initial dans le tissu pour avoir une idée réel du niveau d'expression et de la quantité non.  [...]

[Biologie Moléculaire] Extraction ARN plaquettaire

Je travaille actuellement sur les plaquettes et aimerais réaliser une RT-PCR pour étudier un niveau d'expression. Je me heurte cependant à un problème de taille à savoir la quantité d'ARN présent dans ces dernières. Il s'agit en effet d'un ARN vestigial dont la quantité est estimée d'après les publi à environ 12000 fois moins que chez un leucocyte.  [...] L'extraction phénol chlo repose sur des séparations de phase entre phénol et eau. Dans ce cas les déperditions se font surtout à cause du pipetage. Le but du jeu est de récupérer la phase supérieure au maximum sans prendre l'interface. Donc on en laisse toujours un peu et plus le milieu est complexe, plus il faudra de lavage, mais la quantité récupérée reste quand même largement supérieure.  [...]

Cancer du sein : un grand progrès en chirurgie

Une autre technique est également employée dans le traitement du cancer du sein, celle du ganglion sentinelle dont l'analyse permet de savoir si des métastases se sont répandues et, partant, si l'ablation de toute la chaîne ganglionnaire est nécessaire. Mais cette analyse demande actuellement une quinzaine de jours.   [...] Un nouveau test de biologie moléculaire permet d'obtenir ce résultat en... 30 minutes. Baptisé OSNA ( One step Nucleic Acid Amplification ), il mesure la quantité d'un ARN messager signalant l'expression du gène CK19 (cytokératine). Cette quantité indique la taille de la métastase ganglionnaire éventuelle.  [...]

[Biologie Cellulaire] Extraction des plaquettes sanguines

Pour donner un exemple, lors de la mesure de l'activation plaquetaire par mesure de flux de calcium, je me contente d'un PrP, évitant ainsi d'activer les plaquettes avec les étapes de centri successives. Cette méthode est plus que satisfesante car mes activateurs sont spécifiques des plaquettes, la contamination par des leukocytes n'est donc pas importante.   [...] En revanche, pour la qPCR, la contamination par les blancs et très très génante vu la quantité d'ARN exprimé par une plaquette. D'où le besoin de purifier encore et encore... En revanche l'activation n'a pas d'impact sur le niveau d'expression des ARN messagers.  [...]

développement de l'ovocyte

Je ne comprends pas ce qui se passe lors de la phase d'accroissement d'un ovocyte. Chez le Xenope, juste après le début de la Méiose I, l'ovocyte reste bloqué 3ans en Prophase I. A ce stade le cytoplasme augmente et il y a synthèse des ARN, protéines et vitellus nécessaire au développement.  [...] Mais ce cours explicite bien que le noyau produit de grande quantité d'ARN et le cytoplasme est le siège d'une intense production protéique. J'aimerai donc qu'on m'explique comment un noyau bloqué au stade diplotène de la prophase I permet l'expression de son génome.  [...]

Différents types de RT PCR

Avec la RTqPCR, tu vas détecter la pr ésence d'ARNm cibles dans une population d'ARN et tu vas déterminer ce qu'on apelle le cycle seuil (Ct). le Ct t'indique à quel moment tu obtient une quantité non négligeable (qui est en fait la projection sur l'axe du temps, du point au milieu de ta courbe d'apparition de ton ARN).  [...] ...donc tu en déduit que l'ARN1 était initialement pr ésent en plus grande quantité, par rapport à l'ARN2. on peut donc connaitre l'expression de ces gènes (correspondant aux ARN 1 et 2) et savoir lequel est le plus exprimé dans la cellule, pour une condition donnée.  [...]

Normalisation RT-PCR quantitative

Personnellement, je n'aime pas trop la méthode du delta delta de Ct, car je trouve que ça induit un biais supplémentaire. En effet, rien ne te dit que l'expression de ton fameux gène de contrôle n'est pas un peu modifiée quand même par le traitement. Je préfère doser soigneusement mes ARN au spectro et faire toujours ma RT avec la même quantité d'ARN (5µg) et rapporter l'expression du gène à la quantité d'équivalent ARN totaux.  [...] En gros la quantification absolue n'est pas vraiment nécessaire. Ce que je veux, c'est plus une cinétique, ou une comparaison entre deux conditions environnementales... Style lumière entraine augmentation de l'expression, obscurité entraine diminution de l'expression.  [...]

etablissement des axes chez l'embryon

Il serait judicieux de lire le MP que vous avez recu lors de votre inscription et de respecter un minimum de savoir vivre. Merci. Yoyo.   [...] les gradients d'expression de ces gènes selon la position dans le corps de l'embryon et la quantité d'ARNm correspondante ont une importance capitale.  [...]

[Biologie Moléculaire] RT-PCR quantitative (cDNA)

Une question toute bete... Si l'on souhaite realiser une PCR quantitative en temps reel apres avoir obtenu des ADNc a partir d'ARN... (par exemple pour faire de l'etude d'expression).  [...] Selon moi il n'est pas necessaire de passer par la synthese du brin complementaire des ADNc pour avoir un ADNc double brin...puisque la PCR quantitative va s'en charger (cela est different dans le cas d'un clonage ou l'on devra passer par une synthese d'ADNc double brin prealable).  [...]

[Biochimie] Dot Blot et Northern Blot

Le dot blot sur les acides nucleiques ca sert pour l'ARN. quantification de l'expression (quantifier sur des dot est beaucoup plus simple et juste que sur une bande d'electrophorese).  [...] Pour l'ADN ca peut etre utiliser pour mettre en evidence une insertion, ou pour quantifier le nombre de copie d'un gene par genome, voire par cellule (pour les bacteries eb tout cas dans la mesure ou en pleine division il peut y avoir jusqu'a 16 origines de replications).  [...]