• Santé - Expression, ARN, Niveau

Calcul de ratios en real time RTqPCR: Combinaison de gènes de référence.

J'étudie le niveau d'expression d'un gène A, j'ai à ma disposition 40 échantillons (d'ARN total issu d'extraction). Je ne peux passer que 10 échantillons par série sur les machines de RT qPCR. Je dois donc les passer en 4 fois. Pour homogénéiser les differentes séries, je dispose d'un échantillon calibrateur que j'utilise à chaque série de RTqPCR.  [...] Je me suis rendu compte que le niveau d'expression en ARN de GAPDH n'est pas stable d'un échantillon à l'autre, j'ai ajouté deux autres gènes de référence (ESD et PLOR2A).  [...]

Définition | RT-PCR | Futura Santé

Dans la recherche scientifique, la technique de qRT-PCR, pour RT-PCR quantitative, est fréquemment utilisée. Celle-ci permet de quantifier un type d'ARN initialement présent dans un échantillon. Elle est par exemple utilisée pour connaître le niveau d'expression d'un gène dans une condition donnée.  [...] Plus un gène est exprimé, plus le nombre de molécules d'ARN synthétisées sera grand. Grâce à la qRT-PCR, les chercheurs peuvent donc comparer le niveau d'expression d'un gène donné dans deux conditions différentes.  [...]

[Biologie Moléculaire] Q-CPCR encore !

Si avec la meme quantité d'ARN pour la RT, je trouve un gène 2 X plus exprimé dans un tissu que dans l'autre, il faut ensuite que je ramène à la quantité d'ARN initial dans le tissu pour avoir une idée réel du niveau d'expression et de la quantité non.  [...] Je comprends ton problème, mais le truc, c'est que tu as moins d'ARN car tu as moins de cellules dans ton tissu, donc moins d'ARN. Or toi ce qui t'intéresse, c'est que savoir à quel niveau d'expression se trouve ton ARN dans une cellule donnée. Donc comparer ce niveau avec le niveau d'un gène stable, ou par défaut à une quantité X d'ARN (par ex la quantité d'ARN utilisé pour faire la RT), te permet de tenir compte de cette dilution des cellules.  [...]

[Génétique] promoteur de la transcription

Les promoteurs sont des régions dont le but est de recruter des ARN pol. La capacité d'un promoteur à fixer des ARN pol est un facteur clé pour le niveau d'expression du gène qui suit.  [...] Effectivement, le promoteur est la région nécessaire à l'initiation de la transcription. elle est située en amont du 1er nucléotide copié sur l'ARN (numéroté +1 ). Les nucléotides en amont sont numérotés négativement quand l'on se réfère au gène en question.  [...]

[Biologie Cellulaire] Extraction des plaquettes sanguines

Pour donner un exemple, lors de la mesure de l'activation plaquetaire par mesure de flux de calcium, je me contente d'un PrP, évitant ainsi d'activer les plaquettes avec les étapes de centri successives. Cette méthode est plus que satisfesante car mes activateurs sont spécifiques des plaquettes, la contamination par des leukocytes n'est donc pas importante.   [...] En revanche, pour la qPCR, la contamination par les blancs et très très génante vu la quantité d'ARN exprimé par une plaquette. D'où le besoin de purifier encore et encore... En revanche l'activation n'a pas d'impact sur le niveau d'expression des ARN messagers.  [...]

[Biologie Moléculaire] Extraction ARN plaquettaire

Je travaille actuellement sur les plaquettes et aimerais réaliser une RT-PCR pour étudier un niveau d'expression. Je me heurte cependant à un problème de taille à savoir la quantité d'ARN présent dans ces dernières. Il s'agit en effet d'un ARN vestigial dont la quantité est estimée d'après les publi à environ 12000 fois moins que chez un leucocyte.  [...] J'ai essayé d'extraire de l'ARN des plaquettes issues de 70 ml de sang par le kit Qiagen RNeasy mais n'atteint que difficilement les 3ng/µL ce qui me semble bien peu pour la rétrotranscription ultérieure... Quelqu'un aurait-il une expérience dans ce domaine pouvant m'aider.  [...]

Cancer de la glande surrénale : la génomique apporte des précisions

Le cancer de la corticosurrénale, ou corticosurrénalome, est une tumeur d'évolution globalement agressive. la survie moyenne des patients affectés est inférieure à cinq ans. Outre la dissémination métastatique, elle expose le patient à différentes pathologies telles que l' hypertension artérielle et le diabète.   [...] Pour ce travail, les chercheurs ont récolté 130 échantillons de corticosurrénalomes. Les génomes de ces tumeurs ont été analysés en détail grâce à la combinaison de plusieurs techniques de génomique à haut débit. séquençage, analyse du niveau d' expression des gènes et des micro-ARN, étude des variants génétiques et examen du niveau de méthylation des gènes.  [...]

les Virus?

Comme les viroïdes ne fabriquent aucune protéine, il est difficile de voir comment ils affectent la cellule-hôte. L'hypothèse la plus probable est qu'ils perturbent l'expression normale des gènes au niveau des ARN messagers, ce qui affecterait tout le métabolisme cellulaire.  [...] Les viroïdes n'affectent que les végétaux aux niveaux d'organisation complexes. Si certains ne causent pas ou peu de dommages apparents chez la plante, d'autres sont responsables du développement de maladies graves.  [...]

[Biologie Moléculaire] Regulation des gènes chez les eucaryotes

C'es facteurs de transcription sont des protéines capables de s'accrocher au génome au niveau de zones promotrices, situées juste avant le gène. Ils sont spécifiques seulement de certains promoteurs, d'ou spécificité au niveau des gènes exprimés. Ainsi, une fois les facteurs de transcription liés aux promoteurs, ils permettent a la machinerie de transcription de se mettre en route et de produire les arn messagers voulus.  [...] Rien n'est gravé dans le marbre. L'important quand on choisi ses mots et de bien le faire et de pouvoir le justifier. Si vous le pouvez alors il n'y a pas le moindre souci. A un certain niveau, il faut se sentir libre avec les notions et les concepts. Vous auriez pu appeler cela une tarte au fraise, si vous aviez réussi à me convaincre que le terme était approprié alors je n'aurais rien redit non plus.  [...]

[Génétique] Etudes d'associations génétiques.

- Quelle est la différence entre une étude d'association conditionnelle et une étude d'association réciproque Dans le papier ils expliquent qu'ils ont conditionnés le SNP leader pour voir si le signal de ce SNP n'était pas influencé par les signaux d'autres variants.   [...] - Ils ont étudié l'expression de l'ARN messager au niveau de ce polymorphisme. Néanmoins, le SNP étant dans un intron, ils ont fait l'analyse sur un SNP homologue exonique. Je me demande comment on peut choisir ainsi un SNP homologue, via quel principe.  [...]