• Santé - Données, Séquences, Espèces

[Microbiologie] Identification des bactéries

Par contre, nous ne savons pas quelle espèce de Chromohalobacter nous avons entre C. israelensis, C.salexigen ou C.marismortui.  [...] Je commencerais par regarder la littérature, et d'abord les publis où ces espèces ont été décrites. S'il n'y est pas question de génétique (si c'est des publis anciennes), je chercherais sur les bases de données des séquences de ces espèces et essaierais de les blaster pour voir un peu qui s'aligne avec quoi.  [...]

[Génétique] complexe d'espèce

En biologie, un complexe d'espèces cryptiques est un groupe d'espèces qui satisfait certaines définitions de l'espèce telles que la définition biologique (elles sont isolées reproductivement l'une de l'autre) ou la définition phylogénétique de l'espèce (leurs lignées génétiques ont une importante différenciation génétique), indiquant une divergence ancienne, mais qui ne sont pas distinguables d'un point de vue morphologique.  [...] Au sein d'un complexe, il est fréquent que les espèces individuelles ne puissent être séparées qu'en utilisant des données non morphologiques, telles les séquences génétiques, la bioacoustique ou par l'étude des traits d'histoire de vie. Elles peuvent  mais ce n'est pas une obligation  être parapatriques, mais elles sont souvent sympatriques et parfois allopatriques.  [...]

[Biologie végétale] Phylogénie des transporteurs CAT. (recherche de relations)

J'ai du déterminer les relations phylogénétiques entre les séquences protéiques d'un transporteur CAT ( AAT1, alias AAP1 chez arabidopsis thaliana) et les bases de données protéiques des 6 espèces (riz, peuplier, vigne, arabidopsis, maïs et ricinus).  [...] C'est un dendrogramme avec longueur des branches, basé sur le nombre de différences entre la séquence pfam de mon CAT et les séquences pfam des différentes espèces.  [...]

Genes dans l'ADN

Quand on cherche un gène sans presque rien connaître de lui c'est très long et très aléatoire. En revanche pour un gène qui est connu au moins chez des organismes proches, une rapide recherche dans les bases de données publiques permet de déterminer des morceaux de séquences conservés entre les différentes espèces.  [...] Ces séquences peuvent servir à retrouver le gène dans le génome. Le plus rapide c'est d'utiliser une RT-PCR à partir d'un homogénat de tissu qui l'exprime en protéine. On obtient alors un fragment de gène qui peut s'exprimer même chez une bactérie.  [...]

[Divers] [bibliographie] Bibliothèque de biologie/santé

Enfin, pour les difficiles qui ne seraient pas satisfait par les cours répertoriés, j'ai une importante collection de cours de biologie cellulaire et de cancérologie, que je ne peux pas mettre en ligne car ce sont des PDF privés, mais je peux éventuellement en envoyer quelques uns aux personnes intéressées.   [...] Site regroupant le génome de plusieurs organismes modèles. Il permet de trouver des séquences (ADN, ARN, proteines), les homologues dans les autres espèces, de faire des blasts, de trouver les séquences en amont ou en aval, et donne également des indications sur la structure des gènes, les epissages, ect.  [...]

[Divers] Demande de précision sur le concept de pool génétique

Supposons que tu définisses un membre de l'espèce humaine (un humain) comme un organisme porteur de gènes appartenant à un certain pool de gènes, lui-même décrit par une banque de données de séquences de référence, et en autorisant un petit pourcentage de différences entre séquences pour tenir compte des mutations nouvelles n'appartenant pas à ladite banque de données.  [...] Considère maintenant un humain infecté par un rétrovirus. Comme tu le sais sans-doute le génome du rétrovirus est intégré au génome nucléaire des cellules qu'il infecte. Du coup l'humain est porteur de séquences non-humaines, au moins dans certaines de ses cellules et qui sortent donc du pool de séquences de référence. Cet humain cesse-t-il d'être humain.  [...]

[Divers] Bioinformatique: Banques/Bases/Centre de resssource

Selon ta définition de centre de ressources. ensemble de banques de données. Donc, si je n'ai pas de banques de données, je n'ai pas de centre de ressources... C'est un peu logique.  [...] Une banque de données peut être séquences protéiques, peut être séquences nucléotidiques, peut être Eucaryotes, peut être uniquement Drosphile,... autant de banques de données que de données.  [...]

Une extraordinaire diversité | Dossier

Il a fallu attendre les progrès conjoints de la biologie moléculaire (amplification en chaîne d' ADN, séquençage à haut-débit) et de la bioinformatique pour que se développe la phylogénie moléculaire. Il est alors devenu possible d'établir des arbres généalogiques à partir des séquences d'un même gène comparées entre toutes les espèces.  [...] Ainsi, pour positionner dans un groupe phylogénétique une nouvelle espèce, on procède à l'amplification et au séquençage de ce gène puis à sa comparaison avec les séquences déjà connues disponibles dans les banques de données.  [...]

[Biologie Moléculaire] Rechercher des séquences nucléiques parmi plusieurs espèces

Je dois faire un screening et récupérer les séquences nucléotidiques de trois sous-unités d'une enzyme, chez différentes espèces. Je ne me lance pas dans l'océan, je dois compléter une liste qui a déjà été réalisé lors d'un publication vielle de 10 ans donc surement plus à jour.  [...] Je dois faire un screening et récupérer les séquences nucléotidiques de trois sous-unités d'une enzyme, chez différentes espèces.  [...]

[Biologie Moléculaire] [biologie moléculaire] Swissprot

SwissProt est une banque de données généralistes de protéines, très fiable si l'on croit ce qu'y disent les mecs Càd que les séquences publiées dans SwissProt sont contrôlées et passent par une annotation manuelle (regarde dans une fiche, tu verras les champs commençant par CC.  [...] BLAST (Basic Local Alignement Sequence Tool, si je ne m'abuse) est un outil d'alignement local de séquences. Càd qu'il te servira si tu souhaites par exemple rechercher une similarité entre ta séquence d'intérêt et toutes les séquences contenues dans une banque de données.  [...]