• Santé - Données, Séquence, ARN

Est-ce que tous les gènes codent des protéines

C'est faux. Plusieurs définitions ont été données à terme gène au cours de l'histoire. On peut dire que c'est une unité de transmission héréditaire, mais la définition la plus largement utilisée est qu'un gène est une séquence nucléotidique (et plus spécifiquement, d'ADN) qui sert de matrice pour la transcription d'un ARN.  [...] Depuis une quinzaine d'années, en complément de l'étude toujours plus poussée du génome humain, on est passé au recensement et à l'étude du transcriptome humain, c'est-à-dire la part des séquences d'ADN qui est effectivement transcrite en brins d'ARN. Pour donner un ordre de grandeur, On a recensé environ 207.  [...]

ADN traduit

C'est un peu faux je trouve de dire le brin codant, étant donné que le brin d'ADN qui est transcrit est la séquence complémentaire de celle qui sera traduite une fois sous forme d'ARN. C'est déjà plus exact de parler de brin sens ou anti-sens je trouve. A ce moment là, si on te demande de transcrire les 2 brins que tu nous a montré, ce sont des brins d'ADN anti-sens puisque ce sont des brins matrices.  [...] Pour ta question, les 2 séquences doivent être les brins sens, c'est à dire même séquence que l'ARN, ce sont donc des brins codants. C'est leur brin complémentaire qu'il faut transcrire, donc pour transcrire, tu reprends les séquences données et tu ne fais que changer les T par U. De cette façon, tu as bien des ATG.  [...]

Insuffisance de lait maternel : une résistance à l'insuline en cause ?

Laurie Nommsen-Rivers et ses collègues de l' hôpital pour enfants de Cincinnati (États-Unis) viennent en réalité d'établir la banque de données la plus complète de l'activité des gènes au cours des différentes phases de la production de lait. Ils ont pour cela séquencé l' ARN messager retrouvé dans les glandes mammaires à partir d'échantillons de lait maternel, ce qui leur permet de voir quels gènes sont exprimés et à quel taux, depuis la production du colostrum dans les premiers jours suivant l' accouchement jusqu'à celle du lait en masse.  [...] RNA Sequencing of the Human Milk Fat Layer Transcriptome Reveals Distinct Gene Expression Profiles at Three Stages of Lactation.  [...]

[Immunologie] Normalisation de données issues d'un séquençage NGS (ARN)

Je suis étudiant et je fais un projet sur le séquençage NGS des ARN. Je dispose du nombre de reads avec la liste d'ARN en lignes et le nom de cellules en colonnes. Je veux normaliser mes données. Notre prof nous demande une normalisation avec GeNorm et NormFinder sous R et je ne sais pas comment m'y prendre.  [...] Le principe de la normalisation des données, c'est qu'au cours du processus d'extraction, purification, RT, etc, tu peux perdre une fraction significative de tes ARNs. Du coup, d'un échantillon à l'autre, les quantités d'ARNs varient totalement. Mais les rapports de concentrations entre gènes (au sein d'un réplicat), ou de gènes de ménages au sein de ton expérience, ne changent pas.  [...]

[Biologie Moléculaire] Utilisation base de données Genbank

Bonjour, je dois extraire de Genbank toutes les séquences 16S qui ont été publié ces 10 dernières années. Mais je ne voudrais sélectionner que les séquences qui font plus de 1100 nucléotides. Y a t'il un moyen simple pour y arriver.  [...] Dans BLAST du NCBI, n'y a -t-il pas moyen de sélectionner une banque de données comme Genbank Tu peux essayer de coller une séquence de l'ARN 16S, la blaster contre le GenBank (si c'est possible), il te sera alors plus facile de visualiser les séquences de plus de 1100 nucléotides.  [...]

Le génome humain, clé de la médecine du futur, est intégralement séquencé

Les chercheurs du consortium, travaillant dans 20 centres de séquençage répartis dans les 6 pays, se sont alors attelés durant trois ans à un difficile travail de finition de la séquence des 24 types de chromosomes humains. Les blocs de séquence de l'ébauche ont été ordonnés et orientés, la plupart des trous comblés et le taux d'erreur a été divisé par 10 pour passer à une erreur toutes les 10 000 bases (les bases sont les lettres de l' ADN, la molécule qui constitue notre génome).  [...] Il s'agit du quatrième chromosome humain dont la séquence a donné lieu à une publication, et du premier publié sans trous résiduels. D'autres devraient bientôt suivre, mais les données de séquence pour l'ensemble du génome sont d'ores et déjà accessibles dans les bases de données publiques, à la disposition des chercheurs du monde entier.  [...]

BLAST x

Comme premier exercice, j'ai copié une séquence d'ADN de 601 nucléotides dans BLASTx en utilisant la base de données nr. Il me trouve une similarité avec une e-value de 9e-105 pour une protéine de l'enveloppe glycoprotéique du HIV.  [...] De BLAST x, je sais qu'il traduit notre séquence requête dans les 6 cadres de lecture avant de les comparer à la base de données.  [...]

[Biologie Moléculaire] enzyme de restriction

La première, la séquence que vous attendez n'est pas la vraie séquence génétique. Les banques de données ne sont pas exempts d'erreurs.  [...] Effectivement, j'ai regardé un possible site cryptique, mais la séquence concernée est l'exon 20 du gène CFTR, et qui est très étudiée, et je n'ai rien trouvé dans la littérature à ce sujet.  [...]

[Biologie Moléculaire] Voir la structure (exons/intron) d'un gene sur la séquence

Attentiion de bien discerner les données théoriques obtenues in silico par analyse de séquence et de sites consensus etc. avec les données réelles issues de l'étude de l'épissage des pré messagers.  [...] Ben ils correspondent pas du tout avec les infos que j'ai moi. D'ailleurs, ça correspond pas à ce que me donne genescan (qui donne les 11exon corrects mais pas les séquences).  [...]

[Génétique] Fiabilité d'un test ADN pour trouver ses origines ?

1) le devenir des données. On n'en sait rien. Note que le laboratoire peut détruire le matériel biologique que tu leur as confié, une fois qu'ils l'ont séquencé il ne sert plus à rien. Mais détruisent-ils les données.  [...] Merci pour le lien. Petite précision. Gedmatch ne séquence pas le génome, c'est une base de donnée qui n'appartient et n'est affilié à aucune des sociétés de génotypage. Libre à chacun d'y upload son génotype dessus et d'y adjoindre d'autres informations personnelles avec les risques que cela peut comporter.  [...]