• Santé - Digestion, Extraction, Fragments

[Biologie Moléculaire] détection méthylation histone

je cherche une technique qui me permettrai de savoir, de manière globale, quel est l'état de méthylation des lysines des histones. Il existe des Ac spécifiques de chaque lysines, mais c'est trop couteux, si j'achète chaque type d'Ac, alors, comment faire.   [...] si les quantités sont suffisantes j'opterai pour une simplification au maximum de tes échantillons (séparation des protéines nucléaires des cytoplasmiques) puis je ferai un gel d'électrophorèse 2D (la méthylation des lysines doit modifier le pi de la protéine et donc conduire à plusieurs spots), et si donc les quantités sont suffisantes une caractérisation par spectrométrie de masse ms-ms (après découpe du gel, digestion puis extraction des fragments peptidiques du gel, attention à la capacité de la trypsine de réussir à couper ou pas après une lysine méthylée..).  [...]

[Biologie Moléculaire] Enzymes de restriction sur plasmides- Digestion complète et incomplète

Par exemple, pour un plasmide ayant 3 sites de coupures, le nombre de fragments attendu (théorique) est de 6 si l'on considère tout les fragments possible et imaginable. Mais dans le cas d'une digestion incomplète, comment savoir s'il y aura 1 seul site ou 2 site qui seront impliqué dans la digestion du plasmide.  [...] dites moi svp comment peut on trouver le nombre de fragments d'ADN produits lors d'une double digestion du plasmide pCR-gai par les enzymes de restriction HindIII et EcoRI et leurs tailles respectives.  [...]

[Biologie Moléculaire] Carte de restriction électrophorèse

.. Dans la double digestion si mon hypothèse (les 2 enzymes bamHI et ecoRI coupent au même endroit), j'aurais 2 fragments identiques dans mon plasmide ce qui ne coincide pas avec la digestion de EcoRI. Et pourquoi mes 2 enzymes auraient-elles coupées au même endroit.  [...] Sinon cela peut-être du à l'activité star de bamHI qui est capable de reconnaitre les sites de EcoRI mais dans ce cas là, on en revient toujours au même, pour la double digestion, j'aurais dut obtenir les mêmes fragments que pour ceux de ecoRI.  [...]

Plasmide

Pour vérifier que l'insert est bien présent, on peut faire une digestion pour savoir si les fragments migrent a la bonne taille, on peut faire une pcr pour savoir si on amplifie bien l'insert et on peut aussi séquencer ce qui permet en plus de vérifier qu'il n'y a pas de mutations dans l'insert.  [...] L'intérêt de la digestion enzymatique est de vérifier si l'insert est bien présent, donc on digère puis on fait migrer sur gel d'agarose pour vérifier que les fragments de digestion (insert + backbone) migrent bien a la taille attendue.  [...]

[Génétique] site de restriction HinfI

Dans le but de faire une digestion avec HinfI, je trouve toujours des fragments de tailles différentes de celles trouvées dans la littérature.  [...] D'apres mes recherches( Le résultat trouvé selon le site de restriction mapping. http.//www.restrictionmapper.org/cgi-bin/sitefind3.pl ), la digestion donne 2 fragments de 176 et 22, par contre dans tous les articles ils trouvent deux fragments de 175 et 23, soit un décalage d'une base.  [...]

microbiologie - CARTE DE RESTRICTION

Comme ils ne sont pas recoupés dans la 2e digestion, c'est qu'ils font partie d'un fragment plus grand et qu'ils sont au milieu. sinon, ils auraient une extrémité X et une extrémité S.  [...] Une carte de restriction c'est une séquence où tu peux visualiser tout les sites de coupures des enzymes de restriction. Ça peut être une carte d'un plasmide où d'un génome. C'est utile pour savoir la taille de tes fragments obtenue après digestion avec une enzyme de restriction spécifique.  [...]

[L1 BIO] TP Biologie moléculaire

La digestion te donne des fragments d'ADN. L'electrophorèse les classe selon leur taille. Le résultat du gel d'electrophorèse te donne donc seulement des bandes, chaque bande correspond à des fragments de plasmides d'une taille donnée.  [...] Tu en déduis qu'il y a eu 5 fragments issus de ta digestion donc 5 sites sur ton plasmides, séparés par 100, 600, 700, 800pb et encore 800pb... Mais ça ne te donne pas l'ordre selon lequel ils sont placés les uns par rapport aux autres... Tu n'as donc toujours pas la carte de ton plasmide avec cette simple information.  [...]

[biologie moleculaire] Cartographie du genome

dans la catographie physique du genome humain je ne comprend pas comment les clones s ordonnent le long du chromosome et comment peut on grace a cela connaitre la sequence exacte est ce qu on doit faire un sequencage avant c pas clair dutout merci pour votre aide.   [...] Pour realiser une cartographie physique on sequence les différents clones, ces clones possèdent des fragments du chromosome a cartographier et ses fragments sont chevauchant (car digestion partielle par des enzymes de restrictions) donc les sequences des différents fragment sont ensuite alignées par ordinateur grace aux sequences chevauchante.  [...]

[Biologie Moléculaire] clonage petit fragment d'ADN

Sinon une purification sur gel après la digestion peut permettre de savoir si la digestion a bien eu lieue (mettre le produit non digéré et digéré sur un grand gel d'agarose 2% que tu fait migrer sur la nuit a ~ 60 V ça permet d'avoir une assez bonne résolution pour les fragments de cette taille).  [...] Le produit PCR est effectué à l'aide d'amorces dont le site de restriction a été rajouté avec 3 nucléotides en amont. Celui-ci a été purifié à l'aide d'un kit de purification de produit PCR sans passer par une extraction sur gel car j'ai un produit bien spécifique.  [...]

[Biochimie] Fonction de la protéine A-Sepharose ?

De l'ADN extrait de cellules humaines en culture ( cellules Hela ) a été purifié puis digéré par une enzyme de restriction (digestion totale),. aprés la digestion, les fragments sont marqués en 5'. une partie de la préparation est conservée à 4°C, l'autre partie est incubée successivement en présence de protéine p53, d'anticorps anti-p53, puis de protéine A-Sepharose.  [...] aprés toutes ces incubations, centrifugation, puis extraction de l'adn du culot, les deux essai (partie 1 et 2 ) sont analysés par électrophorése et autoradio.  [...]