• Santé - Designer, Amorces, Réaction

[Biologie Moléculaire] Amorces dégénérées ???

après un gros travail de blastX et P sur plusieurs banques, j'ai pu obtenir des alignements inter espèces qui mettent en lumière des zones relativement conservées.. A partir de ses alignements je dois designer des amorces dégénérées afin d'amplifier des séquences de mon espèces endémique pour les séquencer et faire de la semi qPCR.  [...] Ma question est la suivante. Y-a-t-il des conditions particulières pour désigner les amorces et la réaction PCR (tailles, %GC et AT DMSO ou non Nested PCR ou touch downPCR.  [...]

[Génétique] désignaion d'amorces pour une qpcr

SVP j'aurais besoin de désigner des amorces pour réaliser une PCR quantitative dans le but de quantifier le nombre de copies d'une famille d'élements transposables.  [...] D'arès mes connaissances les amorces doivent etre spécifiques pour quelles ne s'hybrident pas à des régions autres que mes cibles.Mais est ce que je peux désigner des amorces dégénérées etant donnée que les séquences présentent des variations meme dans les régions conservées.  [...]

Amplifier séquence cible cDNA

Je dois donc designer mes amorces du gène X. Le problème c'est de chercher ma séquence cible. Si j'utilise NCBI et fasta je me retrouve avec les sequences entières (intron + exon) de plusieurs milliers de nucléotides et j'avoue que je suis un peu perdu.  [...] mRNA est en fait la séquence du cDNA, mais en utilisant la référence au lieu de la séquence brute, primer-blast connait l'emplacement des jonctions exon/exon (petite astuce du jour).   [...]

[Biologie Moléculaire] Design de sonde Taqman à partir d'une sonde FISH

Je voudrais savoir s'il est possible d'utiliser une sonde FISH (ciblant le 16S de bacteroides) comme sonde Taqman pour la quantification de la bactérie, si oui, comment on fait s'il vous plait Mon superviseur me demande d'utiliser la même séquence de la FISH (déjà publiée) pour la RT-PCR, mais aussi de designer des amorces de part et d'autre de cette séquence pour 1 PCR classique.  [...] Ma suggestion était de prendre la séquence de la sonde FISH, faire des blast et ressortir les séquences des régions 16S des bacteroides ssp., faire des alignements de séquences et ressortir une séquence consensus. A partir de cette séquence consensus, je pourrai designer la sonde Taqman et les amorces, mais il ne veut pas cette suggestion.  [...]

[Biologie Moléculaire] Comment séquencer un génome inconnu ?

J'ai pensé pour séquencer d'extraire l'ADN de l'organisme puis de digérer celui-ci avec des enzymes de restrictions. J'obtiens ainsi différents fragments dont les quelques nucléotides aux extrémités sont connus grâce aux sites de restrictions. Est-il possible alors d'y hybrider de façon spécifiques des sondes pour permettre un séquençage avec la méthode de Sanger par exemple (car les sondes sont plutôt longue par rapport aux sites de restriction non ).   [...] Bonjour, on pourrait designer des amorces aléatoires et faire des séquences avec. Si par hasard une séquence marche alors on peut faire une marche sur chromosome. designer des amorces à partir de la region séquencée pour lire de plus en plus loin. Ça c'est la méthode à l'ancienne.  [...]

[Biologie Moléculaire] Equivalent de Vector NTI

Je fais surtout du design de vecteur, donc il me faut un logiciel capable d'annoter les séquences facilement, capable de comparer des séquences, de passer de l'ADN à la séquence protéique biensur.  [...] Si vous êtes un expert de ce logiciel et si vous commaissez parfaitement les fonctions.Cloning. Primer Design. Multiple sequence Alignement. Assembling Contigs contactez nous rapidement afin que nous en discutions.  [...]

[Biologie Moléculaire] Comment design des amorces PCR..

Bah oui justement le site de restriction je dois le mettre au début de mes amorces pour pouvoir l'insérer ensuite dans le plasmide de la bactérie digérée par BamH1 et Sma1. Mais je sais pas s'il faut compter les nucléotides (qui font donc partie de l'amorce.  [...] Et en fait ouais je m'étais emmêlé les pinceaux avec les sites de restriction, sur ma fiche ils étaient ecrits à l'envers, donc j'ai fait n'importe quoi en faisant les premières amorces.  [...]

Définition | Abiotique | Futura Santé

Il peut désigner un processus qui n'implique aucune réaction biologique.  [...] Il est également utilisé pour définir un lieu impropre à abriter ou à voir la vie se développer. Au contraire de biotique, synonyme de vivant.   [...]

[Biologie Moléculaire] Pcr

je dois chercher la délétion delta 32 au niveau du CCR5 chez les patients. je voudrais savoir comment réellement (je voudrais dire en pratique) choisir les amorces je sais que dans la littérature, on dit que ca dépend de de la tm, de la température d'anealing et aussi du nombre de pb.  [...] perso je ne l'ai jamais fait mais normalement quand on design ses amorces ca calcule le tm en fonction de la composition en bases, ca indique la taille,  [...]

[Biologie Moléculaire] Problème génotypage souris mutées

Pour les 2 il faut juste incuber les morceaux de queues (env 0.5 cm) dans 200µl de tampon avec 100µg/µl de Protéinase K pendant la nuit à 55°C, centrifuger, incuber le surnageant à 90°C pour inactiver la PK, recentrifuger et récuperer le surnageant pour la PCR, j'en utilise 5 à 10µl pour une réaction dans 50µl.  [...] Après de nombreux essais sans succès j'ai récupéré la 2ème bande avec 4mM de Mg2+ et 0.5µM d'amorces (avant j'étais à 1.5mM Mg2+ et 0.2µM d'amorces) mais elle est très faible et j'ai aussi amplifié des produits non spécifiques. Donc je suis restée dans ces conditions pour analyser d'autres échantillons mais je n'ai encore obtenu qu'une seule bande, donc retour à la case départ.  [...]