• Santé - Demande, Amorces, Bactéries

[Biotechnologie] Bioinformatique : Mothur

LE but du cours était de trouver la diversité bactérienne d'un échantillon à partir du sequencage illumina en amplifiant l'ARNr 16S des bactéries.  [...] En fait on amplifie un morceau du 16S très variable, de façon à discriminer les différentes espèces de bactéries, mais qui est bordé par des séquences au contraire très conservées, sur lesquelles s'accrochent les primers, lesquels sont quand-même dégénérés, mais pas tant que ça.  [...]

[Biologie Moléculaire] séquençage ADN

Pour nous aussi le service de séquencage demande des amorces à 2µM. Le problème vient peut être d'une erreur dans les dilutions.  [...] Un autre collégues à eu le même problème avec ces mêmes amorces, ma bosse m'a demandé de dessiner d'autres amorces, trés bien je vais le faire. mais j'aimerais tout de même comprendre pourquoi certaines amorces marche bien pour la PCR mais pas pour le séquençage.  [...]

métagénomique, bio informatique et electrophorese DGGE

Je m'explique.. Nous avons réalisé une PCR sur nos échantillons de terre avec des amorces trouvé dans une revu scientifique correspondant en tout point à notre sujet, le problème étant qu'en attendant de pouvoir faire la DGGE ma maitre de stage m'a demandé de vérifier grace au site du NCBI et en faisant un blast que les séquences d'amorce matchaient bien avec les séquence ARNr 16s de bactérie présente généralement dans le sable et suceptible de sortir lors de la DGGE et d'en déduire leur taille. Cependant aucune ne matche correctement.  [...] ces amorces sont censé se positionner sur l'adn extrait du sol que l'on étudie lors de la pcr afin d'amplifier une partie du gène, cette partie amplifier va alors subir une dgge qui va nous permettre de séparer les differentes bactéries pésente dans chaque échantillon de sol.  [...]

[Génétique] amorce et amplifiat

Bonsoir à tous svp svp je me demande s il y a quelqu'un pour me répondre à cette question. j'ai désigné une paire d'amorces mais ce dernier m'a donné un amplifiât qui, après clonage et séquençage a donné des extrémités qui ne correspondent ni aux séquences des amorces ni au début de la séquence attendue bien que le reste de la séquence soit intact.  [...] Comment peut-on expliquer ça c très urgennnnnnt.merciiiiiiiiiiiiiiiii d'avance.   [...]

rDNA ou rRNA?

je souhaite etudier la flore bacterienne presente dans un ver parasite, pour cela j'ai donc des amorces universelles pour les 16S des bacteries qui me permettront d'arriver a mes fins.  [...] Sinon pour l'extraction, par exemple pour un profiling de bacteries, lorsque tu veux determiner quelles especes sont presentes a tel endroit, en fait tu extrais l'ADN total de tes bacteries, et apres tu fais une PCR (amplification de l'ADN) avec des amorces universelles des 16S des bacteries.  [...]

[Biochimie] Clonage après purification sur gel

As-tu déjà essayé de purifier ton ADN avec un kit de purification de produits de PCR J'avais commencé mes clonages avec un kit de purification sur gel. Le problème est que le rendement de ce genre de kit est souvent faible. Cela occasionne une grosse perte de matériel, surtout au bout de 3 ou 4 purif.   [...] J'ai une petite idée qui vaudra ce qu'elle vaudra. Pour enlever ta cassette de résistance, as-tu pensé à amplifier ton vecteur par PCR en prenant des amorces qui excluent la cassette de résistance (et qui incluent en 5' de tes amorces les sites de restriction plus quelques bases en 5' de chaque site de restriction pour pouvoir les cliver par la suite) Si ton vecteur provient de bactéries, il sera méthylé.  [...]

[Biologie Moléculaire] Design de sonde Taqman à partir d'une sonde FISH

Je voudrais savoir s'il est possible d'utiliser une sonde FISH (ciblant le 16S de bacteroides) comme sonde Taqman pour la quantification de la bactérie, si oui, comment on fait s'il vous plait Mon superviseur me demande d'utiliser la même séquence de la FISH (déjà publiée) pour la RT-PCR, mais aussi de designer des amorces de part et d'autre de cette séquence pour 1 PCR classique.  [...] Ma suggestion était de prendre la séquence de la sonde FISH, faire des blast et ressortir les séquences des régions 16S des bacteroides ssp., faire des alignements de séquences et ressortir une séquence consensus. A partir de cette séquence consensus, je pourrai designer la sonde Taqman et les amorces, mais il ne veut pas cette suggestion.  [...]

les problèmes du séquençage

s'il vous plait, je me demande si quelqu'un pourrait m'aider.j'ai fait le séquençage d'un clone contenant de l'ADN ayant la taille de 1100pb avec les amorces T7 et SP6 mais le résultat a montré une région de très bonne qualité sur les 250 premiers nucléotides alors que le reste est contaminé et on observe un bourrage de pics.  [...] Si la séquence est bonne au début puis que subitement en l'espace de quelques bases tout devient mauvais, il faut que tu sois sur que ton ADN à séquencer est homogène et que tu n'as pas un mélange de populations.   [...]

[Biologie Moléculaire] Problème d'amplification lors d'une PCR

Ma chargée de TP me demande d'expliquer les résultats obtenus autrement que par des erreurs de pipetage ou des amorces/échantillons erronées.  [...] Ce que je ne parvient pas à expliquer c'est la détection de deux bandes d'intérêt au 25ème cycle suivie de leur disparition.   [...]

Logiciel bioinformatique

SVP je cherche un logiciel à utiliser pour définir les primers (amorces) à utiliser pour faire une identification moléculaire par PCR de l'espèce bactérienne Streptococcus thermophilus.  [...] On me demande de définir des primers spécifiques (3 amorces au max) mais avec primer-blast de NCBI je trouve 10 lesquelles dois-je utiliser.  [...]