• Santé - Couple, Amorces, Séquences

biochimie

A- Classer les molécules de DNA bicaténaire a, b et c par ordre croissant en fonction de leur température de fusion. Il s'agit de molécules constituées de la répétition des séquences suivantes.  [...] (Précision. une endonucléase de restriction est un enzyme qui opère une coupure spécifique sur le DNA double brin au niveau d'une séquence bien déterminée).  [...]

[Biologie Moléculaire] Méthode de diagnostic MLPA

Après hybridation parfaite du couple de sondes à la cible et ligature par l'ADN ligase, on réalise une PCR pour quantifier le nb de cibles présentes initialement en utilisant un seul couple d' amorces complémentaires aux séquences universelles notées X et Y.  [...] Ce que je ne comprends pas c'est comment on va pouvoir amplifier une séquence = la sonde, avec 2 amorces qui vont se lier aux 2 extrémités de cette même séquence Il ne faut pas respecter le sens 5'-3' (et donc, une amorce doit être complémentaire à X par exemple, et l'autre doit avoir la même séquence que Y).  [...]

qPCR résultats hors gamme standard!!!

Si les 2 séquences sont identiques, fait une PCRq avec un couple d'amorces placé dans un intron pour contrôler le niveau de contamination par de l'ADN génomique.  [...] Je fais automatiquement une électrophorèse sur gel agarose 1.8% à tous nouveaux couples d'amorces utilisés. Je vérifie donc la taille de mes amplicons (qui sont bons). Je travaille sur le sang humain et de souris et sur des macrophages péritonéaux de souris.  [...]

[Biologie Moléculaire] Parenthèses dans un couple d'amorces

Bonjour, je recherche dans la bibliographie des amorces pour réaliser des PCR (jusqu'ici tout va bien) et un couple d'intérêts que j'ai trouvés a des parenthèses à l'intérieur de sa séquence.  [...] Mais en fait en relisant complètement l'article, je crois avoir compris que ma première impression est la bonne. Il donne la séquence du gène où ces amorces vont s'hybrider et on retrouve la séquence des amorces mais à chaque parenthèse, il faut choisir une des deux lettres.  [...]

[Biologie Moléculaire] RT PCR plusieurs transcrits, un seul couple d'amorces?

Je te suggère de travailler avec la séquence du gène codant pour la protéine, tu prends la séquence nucléotidique alors, c'est mieux que de travailler avec une séquence protéique. si tu as plusieurs plusieurs séquences nucléotidiques du gène codant pour ta protéine, l'idéal est de faire un alignement multiple de ces séquences, et ressortir une séquence consensus (la région 100% identique), à partir de cette nouvelle séquence, tu pourra faire ton design d'amorces.  [...] Du coup il faut que tu aligne tous les transcrits et que tu design tes amorces et ta sonde (si c'est en Taqman) à partir de la séquence consensus.  [...]

[Biologie Moléculaire] Amplification PCR

J'ai un problème avec un couple d'amorces que j'ai moi même dessiner. Il s'agit de primer dégénérer d'aux maximum de 3 bases sur 20, jusque la tout est normale. Ces primers sont issue d'une séquence consensus de 4 gènes présent chez dans 4 génomes bactérien.  [...] Au contraire, le séquençage te donne une information précise sur ce qui s'est déroulé pendant ta PCR. Tu pourras connaitre le pourcentage d'homologie entre l'amplicon du témoin négatif et ton gène d'intérêt ou du moins savoir à quelles séquences s'hybrident tes amorces, facilitant ainsi le design d'amorces plus spécifiques.  [...]

expression, répression d'un gène

est ce que ces allèles ont le même enchaînement de bases d'adn a une différence d'une seule base (ou bien de ils sont différent de plusieurs bases) ou carrément différent (ici c'est l'exemple des yeux mais je parle de façon générale).   [...] J'avoue que je suis pas sûre de comprendre ta question. Pour déterminer le nombre de répétition d'un microsatellite on utilise la PCR. Il faut utiliser un couple d'amorces complémentaire de la séquence flanquant le microsatellite. Celui-ci va être amplifié.  [...]

[Biologie Moléculaire] PCR niché

Le premier amplifiant une séquence A pendant les premiers cycles. Les amorces utilisées sont généralement peu spécifiques et vont amplifier quelques fragments. Le second couple, ajouté ensuite au milieu réactionnel pour les cycles restants, est spécifique d'une séquence B portée par un des fragments pré-amplifiés.  [...] Ça permet essentiellement d'avoir une spécificité améliorée (la séquence amplifiée après action des deux couples de primers doit comporter la séquence des deux couples).  [...]

qPCR

Déjà, premier truc, on utilise pas 2 dans la methode du, tu dois utiliser 1+ l'efficacité de tes amorces (et déjà etre sur que tes amorces on une bonne efficacité qui est bien proche de 1 ), ducoup 1+ efficacité te donne quelque chose proche de 2, c'est pourquoi on parle de la methode des, mais il faut utiliser dans chaque calcul, l'efficacité que tu as calculé pour ton couple d'amorce,, si tu n'as pas calculé celles ci, il faut le faire car si l'efficacité est eloignée de 1 ce n'est pas bon et il te faut choisir d'autres amorces.  [...] 8 a 2.1 quelque chose comme ca approximativement, ce qui entraine une graaande difference lorsque tu fais du quantitatif, bien que en PCR classique tu t'en fiches un peu du moment que tu amplifie, donc que tes amorces soient spécifiques, c'est bien, mais ce n'est pas assez, il te faut vraiment l'efficacité, comme je te disais plus haut avec des amorces (spécifiques, bien bonnes et tout et tout) si l'une a une efficacité de 1.9 et l'autre de 2.1.  [...]

[Biologie Moléculaire] Contamination amorce en AFLP

je fais actuellement beaucoup d'AFLP avec différents couples d'amorces Eco/Mse mais j'ai un soucis avec un couple d'amorce avec lequel mon témoin négatif ressort contaminé (bandes lors du génotypage) j'ai tout essayé. recommander des amorces, décontamination complète paillasse, pipettes, machine à PCR, travail sous hôte, changement de salle PCR etc.  [...] tout sauf mon ADN. j'ai mis de l'eau ultra pure et le reste de mon mix... pour toutes mes autres manip je fais la même chose mais c'est seulement avec ce couple d'amorces que j'ai un problème.  [...]