• Santé - Consensus, Promoteurs, Génome

Recherche du consensus dans le génome complet d'A. thaliana | Dossier

Connaissant maintenant la séquence consensus probable des promoteurs des gènes de la RSA, DNA-pattern search peut faire la démarche inverse qui consiste à rechercher les promoteurs qui ont plus d'une occurrence de cette boîte et qui sont présents dans le génome complet d'A. thaliana.  [...] Les gènes de facteurs de transcriptions représentent une part non négligeable dans la répartition du consensus tgcagc dans l'ensemble des promoteurs du génome (tableau 6).  [...]

[Génétique] Comment identifier les promoteurs contenant une sequence consensus d'intéret

[Génétique] Comment identifier les promoteurs contenant une sequence consensus d'intéret.  [...] Je connais la séquence consensus d'un facteur de transcription. J'aimerai identifier dans le génome humain l'ensemble des promoteurs qui possédent cette séquence.  [...]

Recherche et analyse des promoteurs des gènes de la Réponse Systémique Acquise | Dossier

La connaissance du génome complet d'Ara-bidopsis thaliana permet de connaître les séquences promotrices exactes des gènes RSA connus dans la littérature scientifique. Les programmes RSA-tools et Motif Sampler ont déterminé par ana-lyses informatiques depuis ces séquences un consensus d'activation.  [...] Le consensus déterminé, il fut possible de rechercher cette séquence précise dans l'ensemble des promoteurs du génome d'A. thaliana et ainsi d'obtenir la liste des gènes pouvant potentiellement appartenir à la RSA notamment ceux dont la fonction est inconnue.  [...]

[Génétique] Programme génétique et cellules

Il faut savoir que si l'ADN est effectivement découpé en plusieurs gènes, de nombreuses séquences permettent la régulation de l'expression génétique, et ne sont pas forcément considérées comme des gènes. ces séquences peuvent constituer des points d'ancrage de certaines protéines régulatrices par exemple.   [...] Il y a plusieurs manières de déterminer le poucentage de codant, essentiellement par des outils bio-informatiques appelés outils d'annotation de génomes. Les séquences codantes contiennent des choses particulières que le non codant ne contient pas. des codons Il y a aussi divers signaux tels des séquences consensus de promoteurs (c'est chez les Procaryotes, ça), des sites d'épissage d'introns, îlots CpG, etc.  [...]

[Biochimie] thérapie génique

Sauf que les rétrovirus modifiés ne pratique pas l'insertion site-specifique et ont tendance a s'insérer au niveau des promoteurs de gènes pouvant entrainer ainsi des cancers. L'utilisation de la recombinaison homologue pourrait être une solution mais je pense que l'efficacité est extrêmement faible vu la taille du génome humain et reste donc minoritaire face a l'insertion au niveau des promoteurs.  [...] Non, l'insertion des rétrovirus au niveau des promoteurs est un biais naturel et est donc indépendent du fait qu'il y a moins de 5% du génome qui code pour des gènes. Je ne connais pas les proportions mais ca ne m'étonnerais guère que plus de 50% des insertions se fassent au niveau des régions promotrices.  [...]

Analyse chez Arabidopsis thaliana | Dossier

La suite de programme RSA tools aboutit à la définition d'une séquence consensus sur l'ensemble des promoteurs considérés. Classé par ordre d'occurrences significatives pour Oligo-analysis, la plus élevée, 4,1, se retrouve dans toutes les séquences et correspond à TGCAGC GCAGC TTGAC TGACG.  [...] Parmi cette famille deux protéines du système de résistance acquise forment le dimère NPR1/NIM1. Ce dernier a la propriété d' activer la transcription du gène PR1 via la séquence TGCAG (Després et al., 2000). Par conséquent le consensus déterminé pour ces promoteurs d' Arabidopsis thaliana pourrait correspondre à celui reconnu par le facteur de transcription NPR1/NIM1.  [...]

[Biologie Moléculaire] Regulation des gènes chez les eucaryotes

C'es facteurs de transcription sont des protéines capables de s'accrocher au génome au niveau de zones promotrices, situées juste avant le gène. Ils sont spécifiques seulement de certains promoteurs, d'ou spécificité au niveau des gènes exprimés. Ainsi, une fois les facteurs de transcription liés aux promoteurs, ils permettent a la machinerie de transcription de se mettre en route et de produire les arn messagers voulus.  [...] Certaines protéines dites epigénétiques sont capable de compacter ou décompacter certaines parties du génome, et en particulier les promoteurs. Ainsi, si un promoteur est compacté, il n'est plus accessible aux facteurs de transcription qui ne peuvent plus guider la machinerie transcriptionnelle.  [...]

[Génétique] La transcription

Elle permet l'obtention d'ARNm, qui, dans le cytoplasme sera traduit en protéines, et d'ARNt et ARNr, qui ne codent pas pour la synthèse protéique mais qui participent à sa synthèse.   [...] - L'initiation. L'ARN polymérase reconnait, parmi les 25000 gênes qui compose le génome humain, des séquences spécifiques dans une région appelé promoteurs.  [...]

[Génétique] promoteur de la transcription

Les promoteurs sont des régions dont le but est de recruter des ARN pol. La capacité d'un promoteur à fixer des ARN pol est un facteur clé pour le niveau d'expression du gène qui suit.  [...] Attention, la séquence TATA est une séquence de promoteur comme déjà dit, dite consensus, cela veut dire que tous les promoteurs n'ont pas cette séquence exactement.  [...]

[Biologie Moléculaire] Transcriptome

Mon prof a dit que qu'on connait le gène qu'on a mis dans chaque puits et après comme on connait la séquence du génome de l'organisme qu'on utilise, on peut identifier les promoteurs... mais si un gène est la séquence non transcrite (promoteur) + séquence transcrite.  [...] En fait les ADNc s'hybrident aux gènes mais comme ils correspondent aux transcrits... La séquence du promoteur ne s'hybride pas. Du coup on utilise les transcrits s'ayant hybridé et comme on a les séquences entières du génome... on peut identifier les promoteurs.  [...]