• Santé - Conditions, Différences, Migration, Protéine

[Biochimie] Electrophorése

je dirais qu'en conditions dénaturante les protéines ont en gros toutes la même forme et sont différenciés que sur la masse.  [...] Alors qu'en conditions non dénaturantes ils y a des différences de migration entre une protéine fibrillaire et une globulaire de même masse (la forme et la structure de la protéine joue aussi un rôle).  [...]

[Biochimie] Electrophorèse en condition dénaturante et native

Je comprends pas concrètement ce que ces deux analyses apporte concrètement, c'est à dire pourquoi faire les deux, à quoi ça sert, et pourquoi les observations vont se faire selon des conditions différentes selon l'énoncé.  [...] Alors on réalise une électrophorèse sur la Bêta-Lactoglobuline (une protéine du lactosérum) dans les conditions natives, cette dernière donne une migration en deux bandes A et B d'égales intensités mais ayant des niveaux de migrations différents. Par contre, son électrophorèse en présence de Dodécyl sulfate de sodium (SDS), donne une migration en une bande unique dont le PM est évalué à 18300 Daltons.  [...]

[Biochimie] Empreinte à la DNase+ TAMOXIFENE

Tout d'abord je ne suis pas totalement sure d'avoir compri comment on detecte une sequence ENHANCER ou SILENCER par la DNASE footing prints. Dapres mes notes les regions ENhancers ont beaucoup de Proteines regulatrices donc sont peu accessible a la DNASE, qui donc ne coupe pas cette sequence.  [...] Sans tamoxifène, la protéine de fusion cre-dllER est séquestrée dans le cytoplasme par des chaperonnes (HSP70). Lorsque l'on ajoute le tamoxifène, le DLL change de conformation, libère les chaperonnes et la protéine de fusion peut entrer dans le noyau et exciser la portion d'ADN comprise entre les séquences LoxP.  [...]

[Biochimie] technique PAGE non dénaturante

PAGE en conditions non dénaturantes. dans cette technique, on réalise un gel à mailles plus ou moins grandes, permettant de séparer les molécules selon leur taille. L'avantage c'est que les molécules sont séparées dans leur état le plus proche possible de l'état natif.  [...] PAGE en conditions dénaturantes. les protéines sont traitées de façon à les délier et à séparer d'éventuelles sous-unités. On détruit donc leur structure tridimensionnelle. La forme de la protéine n'intervenant plus dans la migration, celle-ci se fait uniquement sur la base de la masse de la molécule. L'interprétation est généralement plus simple.  [...]

Electrophorèse native

Perso j'ai jamais reussi a faire une migration correcte en conditions natives. Les proteines migrent tres lentement, c'est tout a fait normal, elles ne sont pas chargees par le SDS. Il faut que tu laisses migrer tres longtemps, beaucoup plus qu'en conditions denaturantes.  [...] Tu peux aussi refroidir le systeme, et augmenter la vitesse de migration. Si tu regardes sur ton generateur, l'amperage en conditions natives et totalement different de l'amperage en conditions denaturantes (avec SDS).  [...]

pH d'une solution protéique et Western-blot

Si je fais migrer cette solution acide dans mon gel de Western-blot, est ce que cela aura un impact sur la migration Le pH change la conformation des protéines mais est ce que cette dénaturation () aura un impact sur la migration/transfert et/ou révélation.  [...] Pas étonnant, si c'est un Laemmli (conditions dénaturantes) c'est le SDS qui forme des patchs sur la protéine et la fait migrer. Et si le pH est trop acide, la charge peut ne pas être suffisamment négative pour obtenir une bonne migration.  [...]

[Biochimie] Modifications post traductionnelles et électrophorèse !

Oui mais ça reste toujours une question de taille et non de masse, la masse découlant de la taille de la protéine. Le critère permettant la séparation des protéines est la taille, plus exactement comme disent les biophysiciens le volume hydrodynamique de la protéine qui va déterminer sa vitesse de migration au travers des mailles du gel.  [...] J'ai un peu de mal moi aussi avec l'idée que les phosphates dépassent suffisamment des chaines latérales des acides aminés pour avoir plus d'influence sur la migration de la protéine que les chaines latérales elles-même. Mais bon, je ne vois pas d'autres explications non plus.  [...]

[Biochimie] DTT et WesternBlot

WesternBlot on ne peut pas plus classique. dénaturation des protéines 10min à 95°C dans du tampon de Laemli (contenant donc du SDS...). Bien sûr SDS-PAGE pour la migration... Donc en conditions dénaturantes.  [...] Alors je me demande vraiment si les étapes de préincubation au DTT étaient nécessaires, pour des protéines de rats je sous-entends (Pour des protéines d'organismes thermophiles par exemple ou autre organisme extrème on aurait pu se poser la QS de savoir si le bleu de Laemmli utilisé couramment induit des conditions de dénaturation suffisantes...).  [...]

[Biologie Moléculaire] kinase

Quelqu'un a t'il une idee de la difference de migration electrophoretique provoquee par l'ajout d'un seul phosphate sur une proteine.  [...] Un test que tu peux tenter juste pour savoir si ta proteine est phosphorylee et dans le cas ou tu peux immunoprecipiter ta proteine est de faire une immunoprecipitation dans differente condition de stringence et incuber ton immunoprecipitation dans un tampon de reaction adequate pour les kinases avec de l'ATP32.  [...]

Protéine avec bcp de résidus acides migre de façon aberrante en western blot

J'ai vraiment l'impression, via les différents papiers sur Nrf2 ou sur d'autres protéines, que la raison de cette migration aberrante est la forte proportion d'acides aminés acides dans la séquence. Mais je ne comprends pas pourquoi ces aa acides engendreraient une migration plus lente.  [...] Il ne devrait pas y avoir de renaturation de la protéine durant la migration puisque normalement noirdez a coulé des gels contenant du SDS pour migrer en condition dénaturante, et le tampon de migration contient une quantité élevée de SDS. La seule renaturation qui peut avoir lieu est, a priori, durant le transfert car on dissocie le SDS de la protéine.  [...]