• Santé - Concentration, Bande, Protéine

[Biochimie] fonctionnement d'un stacking gel

Une fois les composés ioniques rangés selon leur ordre de mobilité (on parle alors de pile ou d'empilement) la concentration molaire des protéines devient du même ordre de grandeur que celle établie pour les tampons pilotes et d'arrière garde. Ce qui correspond à une concentration massique de protéines de l'ordre de 10 à 100 mg/ml.  [...] On ne peut pas parler de séparation des différentes espèces chimiques. Elles ont juste le temps de s'organiser en trois bandes très proches, sous la forme d'un empilement. C'est pour cette raison que ce phénomène physico-chimique participe à la concentration de la bande protéine-SDS.  [...]

western

je souhaite savoir quel controle est habituellement utilisé lorsque l on souhaite effectuer un western sur des proteines nucleaires.  [...] J'ai pour cela augmenté la concentration de mon gel de separation (jusque 15% ce qui correspond à une protéine de 28Kd). Cependant certaines bandes non spécifiques restent trop larges (en hauteur) et empechent une bonne visualisation de ma bande d'interet.  [...]

[Biologie Moléculaire] Méthodes d'étude de l'ADN

On voit sur le contrôle (des cellules Hela du laboratoire) une bande majoritaire détectée, qui a une taille d'environ 35kDa (le marqueur de taille n'est pas dans l'image ici), et qui correspond vraisemblablement à notre protéine. Mais on observe également une petite bande au dessous, et plusieurs bande au dessus (60-70kDa).  [...] Finalement, ces cellules doivent exprimé la protéine SC35 et la protéine SC35GFP (fluorescente, au cas où ). La GFP faisant 27kDa, la protéine SC35GFP doit donc faire environ 27+35=62kDa. Et l'on observe réellement une bande supplémentaire forte (car expression intense) et du même niveau environ que la protéine native, que l'on observe également à 35kDa.  [...]

[Biologie Cellulaire] Contrôler la pureté des protéines

C'est très pratique pour isoler spécifiquement une protéine car sur une électrophorèse SDS PAGE classique, seule la masse moléculaire est discriminante donc lorsque tu fais une coloration de ta membrane en rouge ponceau, tu observes une multitude de bandes et chaque bande correspond à de nombreuses protéines différentes.  [...] Je viens de revoir que ce sont des protéines qui permettent la polymérisation des microtubules. En théorie il suffirait de mettre des tubulines alpha et beta et de jouer avec les concentration de tout ce beau monde pour voir si on arrive à les faire polymériser ou dépolymériser.  [...]

[Biologie Moléculaire] Comment savoir qu'un ARNm est entier ?

Si ce sont des extraits que tu as déposé, les autres bandes sont soit du non spé, soit des formes modifiées de la protéine comme des phosphorylations qui peuvent provoquer d'importants shifts de migration, soit des isoformes mais pour moi ce n'est pas la première piste à explorer.  [...] Tu me dis que des modifications de la protéine peuvent entrainer de gros shift lors de la migration. Est-ce que ça peut expliquer mes résultats. une bande attendue à 100 kDa, plus 2 autres à 60 kDa (doublet) et une dernière à 30 kDa.  [...]

[Biochimie] Question Western Blot et Coomassie

Jusque là pas de souci, en revanche, après transfert et révélation (Ac primaire et secondaire contre ma protéine). La bande s'observe cette fois aux environ de 10-11 kDa.  [...] En tout cas, la coloration au bleu de Coomassie ne peut pas être utilisée pour préjuger de la présence ou non d'une protéine d'intérêt endogène.  [...]

[Biochimie] Etude de la phosphorylation d'une protéine

Heureusement cette protéine est couplée à l'EGFP, j'ai donc pu mettre au point une immunoprécipitation pour la séparer des autres protéines cellulaire sur SDS-PAGE. En parallèle je réalise un blot avec l'anticorps dirigé contre la protéine virale. Ensuite je découpe sur mon gel coloré au nitrate d'argent la bande immunoprécipitée correspondant à ma protéine.  [...] J'avais tellement peu de protéine que je ne voyait pas la bande colorée, j'ai donc découpée à l'aide du blot et des marqueurs. Puis j'ai envoyé cette bande découpée à analyser par spectrométrie de masse, peut-être disposes-tu d'une plateforme qui pourrait réaliser ça pour toi.  [...]

[Biologie Moléculaire] Cross-reactive protein ?

C'est une proteine qui n'est pas cense reagir avec l'Ac mais qui reagit quand meme. Il y a donc une bande supplementaire en WB.  [...] Vu la figure, c'est une protéine reconnue par l'anticorps mais qui n'est pas la protéine normalement ciblée par l'anticorps (ici PML). Elle pr ésente un épitope proche de l'épitope reconnu par l'anticorps, elle est donc reconnue par celui-ci. Mais PML sort à quelle taille Car habituellement ce genre de pr écision n'est marqué que dans le cas où la bande non spécifique peut être confondu avec la bande correspondante à la protéine d'intérêt.  [...]

[Biochimie] proteines

Sans traitement au B-mercaptoéthanol on obtien une seule bande de 120 kDa et après traitement par le B-merpcaptoéthanol on obtien une seule bande de 60 kDa. Sachant que la protéine native a une maisse moleculaire totale de 240 kDa,  [...] voilà, c'est la réponse c qui est juste, le B mercaptoethanol (ou dithiotrétol ou iodoacétamide) sont des agent réducteurs, empêchent l'oxydation des cystéines dans les protéines, donc rompent les ponts disulfures, avant d'utilisé cet agent, on a eu une bande de 120kda (deux bandes superposé de 120kda) parce que le PM de notre protéine est le double (240), puis juste après l'utilisation de notre agent réducteur, on a eu une bande de 60 Kda(donc 4 bande superposé de 60 kda) donc les 4 sous-unités sont liées par des ponts disulfure.  [...]

[Biochimie] Quantite de proteine dans les membranes.

Oui la membrane des hématies est riche en protéines parce qu'elles sont porteuse des groupes sanguins AB (glycolipide), MN (glycophorine), Rh, Kell, etc. Les aquaporine, Glut 1, glycoprotéine, Na+/K+ ATPase et protéine bande 3 (transférant HCO3- contre Cl-) sont également présents sur cette membrane.  [...] Et il y a également de nombreuse protéines au niveau de sont cytosquelette comme la spectrine (dimère), protéine bande 4.1 (fixant l'actine), ankyrine, glycophorine (dimère), protéine bande 3, et des microfilaments intermédiaires à l'intérieur, leur permettant de conserver leur forme caractéristique, tout en leur conférant une très grande souplesse, indispensable pour passer dans les capillaires sanguins les plus fins.  [...]