• Santé - Concentration, ADN, échantillons

[Biologie Moléculaire] Interprétation PCRq en temps réel (SYBER Green)

J'ai obtenu les Ct (cycle où le seuil est franchi), j'ai fait la régression linéaire (log Concentration ADN par rapport aux Ct) -. J'ai donc la concentration en ADN de champignon des échantillons.  [...] Le problème c'est pour la suite, on doit rendre un résultat scientifique (j'ai déjà calculé le % de contamination et je suppose que je doit utiliser les données fournies mais à part la concentration en ADN total, je ne vois pas ce que je dois faire des autres ) et un autre que même l'agriculteur producteur des échantillons est capable de comprendre (importance des dégâts, traitement possible si oui lequel...).  [...]

[Biochimie] spectre d'absorption et ADN

En fait comme tu as la même concentration dans les 2 échantillons, il y a autant de molécules. Cependant l'ARN comporte deux fois moins de paires de bases que l'ADN.  [...] une électrophorèse en gel d'agarose permet la séparation des acides nucléiques chargés négativement suivant un champs électrique.   [...]

[Biologie Moléculaire] Informations gènes menagers HPRT pour QPCR

cytoplasmique intervenant dans la synthèse des purines (Gènes moyennement exprimés dans le modèle murin. estimés entre100- 1000 molécules par cellule ). Ma question est-ce normal que mon gène de réf (HPRT) sort en Ct à 28. Après j'ai voulu tester une HPRT venant d'une autre équipe de recherche est là elle sort entre 25 et 26.   [...] Alors mon rendement en adn était en moyenne entre 3000 et 5000 ng/ul (25 échantillons). j'ai réalisé plusieurs dilution. une pour arriver à 1000 ng/ul de concentration et ensuite une pour arriver à 100 ng/ul et la derniere avec le mix 8 ul de mix et 2 ul dadn) pour arriver à 20 ng/puits.  [...]

[Microbiologie] Purification des produits PCR -Dosage-denaturation----->Hybridation

Pour le dosage, a partir du moment ou tu as la DO à 260nm tu peux calculer ta concentration d'ADN en sachant que 1 unité de DO260 = 50ug/ml d'ADN double brin.  [...] bah si la mesure de DO de mes échantillons a été faite a 600 nm de lambda,ensuite j'ai réalisé la technique PFGE et Southern blot.Mai j'arrive pas à comprendre comment calculer le volume nécessaire de la sonde.il m'ont dit qu'il faut marquer 300 microgramme de sonde avec l'appareil Eppendorf,faire le blanc et passer l'échantillon,ensuite il m'ont écrit q'il faut déterminer le volume à marquer et ne pas dépasser 40 microlitre.  [...]

[Biologie Moléculaire] Comment analyser les résultats de PCR quantitative???

Tu compares juste tes échantillons entre eux avec pour conclusion quelque chose du genre la concentration en ADN de tel échantillon est 10 fois plus élevée que dans celui-ci.  [...] En quantité constante dans tous les échantillons, il normalisera les biais d'extraction ou de contamination et les variations d'efficacité éventuelles de la transcription inverse. Il donnera ainsi en quelque sorte une image de la quantité de matrice apporté (ADNc).  [...]

problème PCR nichée

avant de tester mes échantillons j'ai voulu vérifier la PCR et sa sensibilité j'ai donc testé un malade dont la concentration plasmatique d'ADN est connue (10 5 ) avec des dilutions successives jusqu'à 10 2. j'ai obtenu une très belle bande pour le tube 10 2 et une très faible pour le 10 4 et rien pour les 10 5 et 10 3.  [...] 2/ j'ai testé comme meme quelques échantillons une fois avec comme témoin positif ce témoin à 10 2 et la PCR avait très bien marchée. j'ai restesté une 2ème fois avec d'autre échantillons et la j'ai aucune bande dans le témoin positif alors que j'ai rien changé.  [...]

Qu'est-ce que le postulat de Koch?

la PCR permet l'amplification d'une partie de l'ADN de maniere extremement importante et rapide (une sorte de photocpieuse), cela offre le gros avantage d'obtenir des quantités d'ADN travaillable a partir d'echantillons tres peu concentres.  [...] Comme l'a très bien expliqué Yoyo, cette technique permet une réplication de l'ADN et éventuellement une utilisation des échantillons ainsi obtenus.  [...]

[Biologie Moléculaire] mélange équimolaire des ADNs

J'ai 10 échantillons que je dois mélanger pour obtenir un mélange équimolaire de 2µg total, ça veut dire que je dois prendre 200 ng d'ADN de chaque échantillon. Ça veut dire que si par exemple mon échantillon d'ADN est concentré à 40ng/µl, je dois prendre 5µl pour un mélange.  [...] Le volume des échantillons à mélanger est donc différent pour chaque échantillon (à cause de différentes concentrations des ADN).  [...]

Conservation d'échantillons biologiques à t° ambiante

Merci pour toutes ces petites idées, mais je veux juste savoir si mes échantillons peuvent être décongelés pendant 72h sans trop d'altération de l'ADN.  [...] L'ADN étant très résistant, je (et d'autres personnes de mon labo) suppose que oui mais je préférerais avoir confirmation pour ne pas perdre mes échantillons (et donc du temps).  [...]

[Biologie Moléculaire] qRT-PCR, quel programme d'analyse?

Perso je bosse avec une gamme de dilution de mes ADNc (1/10 à 1/640). Ca me permet d'avoir la concentration (relative) de mes échantillons (en tripliqués c'est mieux). Ensuite je normalise tout ça par rapport à un (ou +) gène de ménage.  [...] Pour les concentrations relatives, le logiciel de ton cycler (light cycler, realplex...) doit faire l'affaire. J'utilise de préférence une méthode de calcul automatique pour déterminer le seuil (Ct). Pour la normalisation, un simple ratio des concentrations relatives (gène d'intérêt)/(gène de ménage) sur excel suffit. Reste à faire les tests statistiques.  [...]