• Santé - Comparaison, Séquence, Protéines

[Biochimie] Valeur absolue d'identité entre protéines

J'ai une questions au sujet de la comparaison de séquence entre deux protéines.  [...] Existe-t-il une valeur absolue minimale d'identité à partir de laquelle on peut se dire si deux protéines partagent une homologie J'ai blasté deux protéines. Sur la région concernée elles possèdent 40% d'identité mais, sur la région complète des deux séquences, seulement 15%...Mes protéines sont-elles homologues.  [...]

Question sur le génome

Les % donnes l'ont ete a partir d'une comparaison d'un petit nombre de sequence, maintenant le chromosome de singe 22 a ete entierement sequence ce qui a permis de reavaluer cette estimation qui tombe a 1,44% de difference, MAIS ces 1.4% de difference permette aux 231 genes de ces chromosomes de produire des proteines qui sotn differentes dans 83% des cas.  [...] The researchers report in Nature1 that many of the differences were within genes, the regions of DNA that code for proteins. 83% of the 231 genes compared had differences that affected the amino acid sequence of the protein they encoded. And 20% showed significant structural changes.  [...]

[Biochimie] Protéine hydrophile ou hydrophobe ?

pour moi le seul moyen sans expérimentation c'est la comparaison de séquence, prédiction de domaine protéique et séquence II pour avoir des info valables.  [...] Par comparaison, la gp160 du HIV (la protéine d'enveloppe du HIV) a un index de -0,24 alors que c'est une protéine membranaire, ce qui la classerait comme moins hydrophobe que ta protéine. Pourtant, la solubilité de ta protéine dans l'eau est probablement tout à fait correcte alors que gp160 est insoluble dans l'eau du fait de son domaine transmembranaire.  [...]

techniques de genetique

Ensuite tu utilises les banques de données comme par exemple celle du NCBI et tu fais du BLAST pour obtenir les séquences les plus proches chez d'autres organismes.  [...] comparaison de séquences un BLAST contre nr (toutes les banques de données) mais il te faut la séquence protéique de ce que tu veux comparer... enfin tout ça si je ne me trompe pas.  [...]

Pourquoi pas de matrice de substitution pour l’alignement (BLAST) des séquences nucléotidiques

La comparaison de séquences de protéines ou de nucléotides permet d'évaluer le degré de parenté entre ces séquences. C'est essentiellement ce que font les outils BLAST.  [...] Lorsqu'on réalise un BLAST de séquence protéique, ON dispose de différentes options de matrices de substitution (PAM, BLOSSUM …) pour calculer le score des alignements. Dans le cas des BLASTs de séquences nucléotidiques, ces matrices de substitution n'existent pas, On ne peut que donner des valeurs numériques aux matches, mismatches et gaps observés à la suite de l'alignement.  [...]

[Biotechnologie] spectrometrie de masse

je voudrais savoir aussi si le logiciel de comparaison avec une base de donnée utilisait la sequence en acides aminés ou le spectre de masse pour identifier le peptide ou la proteine en question.  [...] Ce qu'il faut avoir a l'esprit, c'est que la masse d'un peptide est statistiquement unique au dela de 6 ou 7 acides amines (je ne sais plus exactement). En comparant les masses des peptides obtenus aux masses theoriques que l'on peut obtenir a partir d'une base de donnees de proteine, on peut identifier ainsi la sequence a partir de la masse (algorithme Mascot).  [...]

Organites cellulaires

Elle jouerait un rôle lors de la transcription des gènes codant pour les ARNr et l'empaquetage de ces ARNr lors de l'assemblage des ribosomes. Cette protéine a été identifiée dans de nombreuses espèces et la comparaison des séquences montre qu'il existe une grande conservation de séquence au cours de l'évolution.  [...] C'est sur les génes de c 10 chromosomes que se trouve la zone qui sert à fabriquer l'ARN ribosomial.Il est transcrit et s'associe à des protéines pour former le ribosome.  [...]

[Biotechnologie] Il-2

je cherche la séquence en acides aminés de la Proleukin* afin de faire une comparaison avec celle de l'IL-2 sauvage.  [...] Donc là, vous devriez avoir la séquence protéique du précurseur (donc de 153 aa).  [...]

[Biologie Moléculaire] Recherche de gènes orthologues

En pratique, tu copies-colles la séquence de ton gène dans la case prévue à cet effet puis tu choisis la base de données de séquences (tout, seulement l'homme, seulement les plantes, etc...) avec laquelle tu veux comparer ta séquence et tu valides.  [...] On obtient une liste d'identifiant de séquence classés par degré de proximité avec la séquence initiale. Quand tu cliques dessus, tu as accès à l'alignement des 2 séquences ce qui de te permet de valider ou non s'il s'agit de gènes orthologues ou pas.  [...]

[Biologie Cellulaire] question sur les séquences consensus

Une séquence consensus est une séquence moyenne qui résulte de la comparaison d'un grand nombre de séquence dont la fonction est identique.  [...] Xylem, la séquence dite Shine-Dalgarno est un motif ARN reconnu par l'ARN16s du ribosome chez les procaryotes. Elle participe donc à l'initiation de la TRADUCTION pour de nombreux gènes bactériens.  [...]