• Santé - CDs, Séquence, Introns

[Génétique] comment savoir le mutations d'un gène que l'on a trouvé jusqu'à maintenant?

Tu te places sur la rubrique gene ou nucleotide (je te conseille nucleotide si ta recherche concerne les exons). Tu tapes ensuite le nom de ton gene et d'autres renseignements si besoin (espèces, chromosome, etc). Une fois que tu auras ton résultat, tu te retrouveras avec des séquences qui paraissent compliquées d'une point de vue informatique mais ne t'inquiète pas ^^ c'est assez simple.  [...] Pour ce qui te concerne, descend assez bas dans ta sequence jusqu'à arrivé à feature et la tu auras tes exons, CDS, introns etc tu n'auras qu'à lire ce qui est écrit =) si tu souhaites plus de détails (ATCG par ex), il y a normalement toute la séquence au complet plus bas dans la page =) voilà j'espère que cela t'aidera.  [...]

[Biologie Moléculaire] pubmed

connais-tu un moyen plus pratique d'avoir une numérotation des exons directe sur la séquence parceque j'ai 50 exons et cela est trés long lorsque il faut se reporter 50 fois sur la séquence pour choisir des primers par exemple.  [...] Tu peux aussi essayer de voir sur ensembl. Il ya l'organisation genomique sous forme de graphique et les sequences introns exons. Ce n'est pas toujours tres intuitif, mais en cherchant un peu ce sera peut-etre plus rapide que Pubmed.  [...]

[Biologie Moléculaire] qu'est ce qu'une ORF?

MaliciaR. pour en examiner pas mal, les séquences de NCBI sont annotées en placant des CDS (hyper-lien en bleu) mais les gens y mettent souvent orf putative. Le terme CDS permet de distinguer la séquence traduite de ce qui ne l'est pas.  [...] En fin de compte ce n'est pas compliqué, une ORF = séquence d'une taille entre deux codons stops. une CDS = séquence comprise entre un codon initiateur et un codon stop.  [...]

Bases de données 3'UTR

Je suis interessé par la création d'une base de de données ne contenant que les régions 3'UTR des ARNms, j'avais pensé récuperer sur ncbi les séquences d'ARNm au format genbank puis faire un parser récupérant au niveau des features les valeurs de 3'UTR.  [...] J'avais pensé récuperer le dernier résidu du CDS et faire une sous-chaine de cette position à la fin de la séquence, mais le souci est que souvent les CDS sont partiels.  [...]

[Génétique] les genes humains

Si je comprends bien, quand une séquence est analysée, un gène est ce qui est susceptible d'être transcrit en un pre-mRNA, et cela se détecte par un ensemble promoteur.  [...] Non les promoteurs sont généralement trop compliqués a identifier bio informatiquement. En premiere approche on estime qu'un gene= une phase ouverte de lecture (CDS). Ca pose pas mal de probleme dans les organismes ou il y a beaucoup d'introns et d'épissage alternatif, car les CDS sont difficiles à identifier.  [...]

[Biologie Moléculaire] Problème de compréhension avec genemark

Ce sont les cas possible si je prends n'importe quel bout d'une séquence. Soit elle sera codante et il y aura une CDS dans au moins une des phases (1,2,...), soit elle ne sera pas codante.  [...] Justement, le modèle supporté par un logiciel tel GeneMark va établir une matrice de probas pour chaque base de ta séquence, selon un set d'apprentissage (séquence issue d'un organisme modèle bien annoté). On aura donc une prédiction selon ce set dont le comportement a été appris par GeneMark.  [...]

[Biologie Moléculaire] qu'est ce qu'une ORF? - Page 2

ORF= A sequence of successive nucleotide triplets that are read as CODONS specifying AMINO ACIDS and begin with an INITIATOR CODON and end with a stop codon (CODON, TERMINATOR).  [...] Une ORF, c'est une séquence entre 2 codons STOP, soit l'intégralité des possibilités de codage d'une séquence sur les 2 brins. Je parlerai presque d'un outil qui permet de repérer des CDS (une séquence qui a un codon STOP en phase avec un codon START).  [...]

[Biologie Moléculaire] Gène Chevauchant ça veux dire quoi ?

Si les gènes ne sont pas collé et qu'ils font partie du même opérons sachant que le génome procaryote est un génome non morcelé c'est à dire qu'on a que des séquences codantes (exons) et pas de séquence non codante (intron) qu'est ce qu'il y aurait entre les 2 gènes De plus je t'avoue que je suis un peu perdu il me semblait qu'on avait un promoteur pour un groupe de gène jouant un rôle assez proche les uns des autres comme les gènes LAC chez E.  [...] Pour récapituler. dans le génome procaryote, on n'a pas encore trouvé de cas où la séquence codante était interrompue par une séquence non-codante (les introns). Mais à l'intérieur d'ARN polycistroniques, il y a des séquences qui ne codent rien entre les séquences codantes.  [...]

clonage overlap... problème

Je dois réaliser un clonage overlap et je suis complètement perdu... En gros, je dois insérer le tag mcitrine entre le peptide signal et le reste de la séquence de ma protéine.  [...] Tout d'abord est-ce que je dois designer mes primers en utilisant la séquence d'ADNg du gène codant pour ma protéine ou bien est-ce que je dois utiliser la cds ou la séquence d'ADNc.  [...]

mon grand-père est trop fort pour moi

faux car on determine aussi les sequences non codantes qui influent l expression de la sequence codante et qui peuvent etre loin de cette derniere comme les enhancer.  [...] Ta réponse n'est pas bête, je dirai qu'en fait on séquence les gènes entiers (cela implique les promoteurs) et non pas les ORF(=CDS=séquences codantes).  [...]