• Santé - Bases de données, Séquences, Espèces

[Biologie végétale] Phylogénie des transporteurs CAT. (recherche de relations)

J'ai du déterminer les relations phylogénétiques entre les séquences protéiques d'un transporteur CAT ( AAT1, alias AAP1 chez arabidopsis thaliana) et les bases de données protéiques des 6 espèces (riz, peuplier, vigne, arabidopsis, maïs et ricinus).  [...] C'est un dendrogramme avec longueur des branches, basé sur le nombre de différences entre la séquence pfam de mon CAT et les séquences pfam des différentes espèces.  [...]

Genes dans l'ADN

Quand on cherche un gène sans presque rien connaître de lui c'est très long et très aléatoire. En revanche pour un gène qui est connu au moins chez des organismes proches, une rapide recherche dans les bases de données publiques permet de déterminer des morceaux de séquences conservés entre les différentes espèces.  [...] Ces séquences peuvent servir à retrouver le gène dans le génome. Le plus rapide c'est d'utiliser une RT-PCR à partir d'un homogénat de tissu qui l'exprime en protéine. On obtient alors un fragment de gène qui peut s'exprimer même chez une bactérie.  [...]

[Microbiologie] Identification des bactéries

Par contre, nous ne savons pas quelle espèce de Chromohalobacter nous avons entre C. israelensis, C.salexigen ou C.marismortui.  [...] Je commencerais par regarder la littérature, et d'abord les publis où ces espèces ont été décrites. S'il n'y est pas question de génétique (si c'est des publis anciennes), je chercherais sur les bases de données des séquences de ces espèces et essaierais de les blaster pour voir un peu qui s'aligne avec quoi.  [...]

[Biologie Moléculaire] Séquençage et métabarcoding

L'idée c'est d'identifier des espèces selon leur génome, à partir d'échantillons inconnus. Lorsqu'il y a un seul organisme dans l'échantillon, après séquençage, comme celui de sanger, on obtient une séquence nette. Mais si il y a plusieurs espèces dans l'échantillon, on obtient une superposition des deux séquences, donc c'est illisible.  [...] C'est aussi pour ca que je compare mes séquences avec des bases de données (pour les identifier) et que je souhaite avoir ma propre base de données. Quels logiciels peuvent permettre à la fois le stockage des séquences ADN, la création de bases de données interne, la comparaison des séquences ADN avec des bases de données publiques, les alignements de séquences (à part Geneious).  [...]

Ordonner la chaotique profusion du vivant

Aujourd'hui, l'essentiel des données est disponible sous forme électronique et certains musées ont déjà numérisé un grand nombre de photos de leurs pièces de collection. Un grand pas en avant a donc été réalisé - même si l'information électronique est encore loin d'être généralisée -, mais les nouvelles technologies ont également permis une profusion de bases de données, fondées sur des critères différents (espèces locales, groupes d'espèces, etc.  [...] Les scientifiques ont fêté, en mars 2005, l'arrivée de la cinq cent millième espèce dans le Catalogue of Life. Ils espèrent arriver à 800 000 dans le courant de l'année 2006, c'est-à-dire à la mi-chemin du recensement de toutes les espèces connues. La tâche deviendra ensuite plus difficile car il faudra de plus en plus faire appel à des bases de données régionales, ce qui compliquera les problèmes de synonymie et d'hétérogénéité des données.  [...]

Que reste t-il encore à découvrir en biologie? - Page 2

Il me semble que quand la question est que reste-t-il à découvrir en biologie il faut comprendre que reste-t-il d'important à découvrir... parce que sinon, il y a une multitude de choses qui sont inconnues. Rien qu'en zoologie, on ignore presque tout du comportement de la plupart des espèces.  [...] Il n'y a pas que les disciplines résentes où il y a du boulot. Il suffit de regarder en biochimie la pléthore de recherche. embryo-dev, génie génétique (fermentaire, OGM variés, séquençage des espèces modèles et d'autres...), les bases de données genre génomes protéomes et les autres bases en train de se constituer, et j'en passe.  [...]

[Biologie Moléculaire] Analyse d'une séquence protéique

Effectues une analyse de BlastP sur le site du NCBI, rubrique outil BLAST.   [...] Celà va comparer ta séquence protéique a une multitude d'autres séquences contenues dans des bases de données, et donc te sortir les résultats les plus proches de ta séquence. Cet outil permet également d'annoter des séquences en déterminant des séquences d'intérêt (dont les domaines protéiques).  [...]

[Biologie Moléculaire] Logiciel pour pcr multiplexe

Blast est un programme qui te permet de comparer des séquences à celles présentes dans les bases de données. Il en existe plusieurs types selon ce que tu souhaites faire. blastN, blastP, blastX etc... Les options te permettent de spécifier le type de séquence que tu soumets au logiciel et à quelles données tu souhaites que ce soit comparé (séquences protéiques, nucléotidique.  [...] Le choix de la matrice se fait en fonction de ce que tu veux faire. Je ne saurais pas t'expliquer leur fonctionnement exact, mais apparemment Blossum conviendrait mieux pour la recherche de similarités locales et PAM serait plus adapté pour les séquences avec un ancêtre commun.  [...]

ATPsynthétase source d'energie et de surchauffe cerébrale =)

J'aimerais bien trouver la séquence en acides aminées (ou en nucléotides) de la sous unité C de la partie F0 de l'ATPsynthétase (d'E.coli par exemple), mais je ne sais pas comment m'y prendre.  [...] Je me suis dejà dirigé vers la base de données PBD mais je ne connais pas encore tout ses travers, penser vous que si je trouve la séquence nucléotidique ou en acides aminés de la sous unité C, je pourrais la comparer à la base de données afin de trouver des homologies avec d'autres molécule susceptibles de pouvoir protoniser elles-aussi.  [...]

sequence de géne

Il existe des bases de données de séquences ADN qui sont en ligne et libre d'accès. Elles collaborent de sorte que toutes les séquences peuvent se retrouver, notamment au lien suivant http.//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ puis faire la requête dans le champ nucleotide du menu déroulant.  [...] il a l'avantage de pouvoir rechercher à partir d'une référence (type NM_000000) sans qu'on n'ai besoin de manipuler des séquences entières.  [...]