• Santé - Bases de données, Outils, Modélisation

[orientation] Avenir de la Bioinformatique

En vrac, on peut désigner les bases de données en génome, transcriptome, protéome, métabolisme, divers (lipides, surces, etc...). les outils de traitement de ces bases de données et de comparaisons (FASTA, BLAST...), la phylogénie, les modélisateurs à partir de données cristallographiques ou RMN (Pymol, Swiss Pdb Viewer), les systèmes de calculs d'énergie en modélisation moléculaire, les pr évisions de structure, de domaines, voire plus.  [...] En vrac, on peut désigner les bases de données en génome, transcriptome, protéome, métabolisme, divers (lipides, surces, etc...). les outils de traitement de ces bases de données et de comparaisons (FASTA, BLAST...), la phylogénie, les modélisateurs à partir de données cristallographiques ou RMN (Pymol, Swiss Pdb Viewer), les systèmes de calculs d'énergie en modélisation moléculaire, les prévisions de structure, de domaines, voire plus.  [...]

[Evolution] en évolution a t on déjà fait ça?

############# l'évolution est une passionnante discipline, et j'aimerais bien être l'un des leaders de son étude à travers la modélisation pour la première fois de l'histoire de l'humanité, de l'histoire complète de l'apparition de mutations qui ont créer la vie pas à partir de LUCA mais à partir des données génétiques référencés, il me faut un travail de terrain de longue haleine, et gigantesque base de données statistique traitable informatiquement et beaucoup de patience, pour apprendre à l'intelligence artificielle le raisonnement biologique, une fois qu'un tel programme aboutit on pourra raconter exactement ou presque l'histoire de l'apparition des êtres vivants sur terre et surtout décrire avec précision la cladogenèse.  [...] Rien ne s'oppose à ce qu'on fasse évoluer un génome complet, en intégrant des phénomènes comme la fusion ou la division de chromosomes. Après il faut des données pour estimer les paramètres de ces modèles.  [...]

Le premier atlas 3D d'un cerveau

La connaissance des composants des circuits et leur organisation est également un point de départ essentiel pour la modélisation du cerveau, de même que les données démographiques sont essentielles pour la modélisation d'un pays, par exemple.  [...] En théorie, il est possible d'atteindre des niveaux de résolution encore inférieurs de l'ordre du micromètre, mais les estimations considèrent qu'il faudrait stocker ces données dans un fichier 21.000 fois plus imposant, ce que ne permettent pas les ordinateurs personnels actuels.  [...]

[Divers] Bioinformatique: Banques/Bases/Centre de resssource

Ensuite, les systèmes d'interrogation de banques auraient quelle utilité C'est bien beau d'avoir un ensemble avec des données. Mais j'ai une recherche précise. je veux que la banque me sorte une séquence d'acides aminés de telle taille et pas d'une autre, d'un organisme qui est celui-là et pas un autre.  [...] Donc, je peux avoir plusieurs bases de données, en fait ce sont des ensembles de données tout court. alors que dans une banque j'aurai des thèmes. Donc, si j'ai plusieurs banques, je peux créer une base. C'est en tout cas que cela m'a été présenté, si je me trompe qu'on me corrige.  [...]

[statistique] Analyse de survie

Le probleme est que le model de Cox semble faire une modelisation de mes donnees car je trouve la courbe tres tres lisse pour mes trois genotypes (pour un marqueur donne). Comme si a chaque incrementation, meme si le nombre de survivants ne change pas, SPSS (pour ne pas le nommer) faisait une estimation de ce que cela donnerait avec plus de donnees.  [...] Oui le modèle de Cox c'est bien de la modélisation. il essaie de calculer la probabilité de mortalité à chaque pas de temps à partir de tes données, selon ton génotype (cf. la barbare formule que tu trouveras dans la documentation).  [...]

[Divers] Master Bioinformatique

Je suis actuellement en 3ème année de licence de Biologie. Je souhaite entrer l'an prochain en Master de Bioinformatique. Je n'ai malheureusement pas de Master à disposition dans ma ville d'étude. J'ai donc pensé postuler dans plusieurs Masters en France.   [...] CLERMONT FERRAND - http.//www.univ-bpclermont.fr/FORMAT...aster/bioinfo/ - Master Analyse et Modélisation des Données pour les Sciences du Vivant.  [...]

La croissance cérébrale tardive de l'homme moderne : un avantage évolutionniste

Presque 70 ans plus tard, une modélisation 3D réalisée par scanner a été confrontée à différentes données statistiques concernant la taille du cerveau adulte des hominidés éteints ainsi que l'accroissement du cerveau chez les primates actuels. du macaque jusqu'à l'homme.  [...] Mais ensuite L'avantage est revenu, dans les nouveaux milieux ouverts parcourus par les hominidés, à ceux qui ont su s'organiser socialement, développer des outils, chasser. Leur cerveau n'a cessé de grossir, une grande taille permettant un câblage complexe des diverses régions cérébrales et une grande plasticité dans le traitement des apprentissages.  [...]

Les dendrites, les mini-ordinateurs du cerveau

Une fois cette prouesse réalisée, les auteurs ont pu enregistrer les signaux électriques provenant de dendrites dans le cerveau de souris endormies ou éveillées. Leurs efforts ont porté leurs fruits. En effet, ils ont réussi à observer la formation d'un courant électrique provenant des dendrites au moment où les rongeurs visionnaient des images sur un écran.   [...] En parallèle, les chercheurs ont réalisé une modélisation mathématique de l' activité des neurones. Le résultat est en accord avec l'idée selon laquelle les dendrites participent au traitement des informations nerveuses. Toutes les données pointent vers la même conclusion, les dendrites ne sont pas passives mais sont en quelque sorte des mini-ordinateurs dans le neurone, indique le chercheur.  [...]

[Divers] Bioinformatique

Si je peux me permettre, la bioinfo ne se résume pas à écrire des softs ou à en utiliser (ce que tu semble sous entendre). En modélisation par exemple, il y a des raisonnements particuliers et, c'est plutot ta vision des choses que je trouve réductrice.  [...] Euh, non. tu fais un amalgame entre la modélisation en tant que domaine général (très lié au maths d'ailleurs) et ses applications en bio. Drug design n'est qu'une thématique parmi d'autres et se servir d'outils bioinformatiques spécialement conçus pour (ie, adéquats) n'en fait pas un domaine scientifique au même titre que la modélisation tout court.  [...]

Le cerveau d'un rat modélisé (partiellement) sur ordinateur

Utilisant cette abondance de données, ces scientifiques ont reproduit une tranche virtuelle du cerveau représentant différents types de neurones dans la région du néocortex ainsi que les mécanismes clés contrôlant leur fonctionnement. en découle notamment une modélisation de leur connectivité, y compris près de 40 millions de synapses et 2.  [...] BigBrain, l'atlas 3D haute résolution du cerveau humain La collaboration entre des scientifiques allemands et canadiens a abouti à une modélisation en 3D du cerveau humain à la résolution record de 0,02 mm, soit 50 fois mieux que ce que l'on faisait auparavant.  [...]