• Santé - Banque, Séquence, Intérêt

[Biochimie] Question sur la biotechnologie

Le criblage te permet de retrouver ta séquence d'intérêt dans une banque. En effet une banque est très vaste (environ 3000 clones pour couvrir le génome de E. coli et presque 100 000 pour couvrir le génome de D. melanogaster ) donc on a besoin d'une méthode qui identifie en une seule fois le ou les clones qui portent la séquence d'intérêt.  [...] Une méthode simple de criblage est l'hybridation sur membrane avec une sonde radioactive. Par exemple, si tu as réalisé ta banque par clonage avec des plasmides chez E. coli, tu fais une réplique des boîtes de Petri contenant la banque sur une membrane de nitrocellulose, tu soumets la membrane à l'action de la soude (qui lyse les bactéries et dénature l'ADN), ensuite tu incube la membrane avec une sonde radioactive complémentaire de ta séquence d'intérêt, puis tu révèles par autoradiographie.  [...]

[Biologie Moléculaire] Librairie de génes !!

Bonjour tout le monde, c'est quoi une librairie de génes elles peut être façonnées par des souches d' E.coli...merci bien.   [...] Pour moi c'est comme une banque de gènes. C'est à dire qu'on a trouvé à quoi le gène correspond et on le conserve dans une banque. Pour cela on introduit la séquence à l'aide d'un plasmide dans une bactérie souvent E.coli (parce qu'on l'aime bien.). Et puis quand on en a besoin, on décongèle et la bactérie se multiplie et amplifie la séquence d'intérêt que l'on récupère et voilà.  [...]

[Biologie Moléculaire] Besoin d'un protocole pour étudier l'implication des miRNA dans une pathologie

Une fois ceci fait, j'envisageais de retenir quelques gènes d'intérêts et puis de consulter dans les banque de miRNA pour voir si, sur base de la séquence 3'UTR disponible du gène d'intérêt, il n'y aurait pas d'éventuels miRNA candidats sur base de leur complémentarité.  [...] Commence déjà par vérifier si tu as des données type deep sequencing sur les bestioles en questions. Tu peux aussi regarder sur le site web mirbase.  [...]

[Biologie Moléculaire] [biologie moléculaire] Swissprot

Ici c'est son numero d'accesion dans les bases de donnees. Lors de la soumission de la sequence la banque donne un numero automatique a la sequence. ce numero est unique et permet de retrouver ta sequence. Si plusieurs morceaux de proteines ont ete sequencees independament tu peux avoir plusieurs numeros (a toi de trouver celui qui correspond a la proteine entiere).  [...] BLAST (Basic Local Alignement Sequence Tool, si je ne m'abuse) est un outil d'alignement local de séquences. Càd qu'il te servira si tu souhaites par exemple rechercher une similarité entre ta séquence d'intérêt et toutes les séquences contenues dans une banque de données.  [...]

[Biochimie] Identifier un gène à partir d'une protéine pure

Je pense que si tu séquences ta protéine, tu dois pouvoir à partir de site internet et de banque de données trouver la séquence nucléotidique.  [...] Grace aux différentes séquences peptidiques séquencées, tu pourra dessiner des oligonucléotides dégénérés et amplifier par PCR des portions de ton gène d'interet. Le reste de la séquence sera complétée par PCR inverse.  [...]

Banque d'ADN

Mais alors, comment extraire un gène d'intérêt de cette banque, sachant que ce gène a sans doute été découpé en morceaux par l'enzyme de restriction et cloné dans différents plasmides Et lorsque nous l'avons extrait, comment l'assembler de nouveau de manière à obtenir la séquence initiale.  [...] Et n'oublions pas qu'une bonne banque se doit d'être un minimum redondante, et que la taille des fragments n'est pas choisie au hasard en fonction de ce qu'on veut en faire.  [...]

Comment reconnaître une boucle de terminaison de transcription ?

J'ai chercher sur internet mais je ne trouve pas comment reconnaître une boucle de terminaison de la transcription dans une séquence d'une banque génomique, comment la différencier de tout les autres codons.  [...] C'est bien la bonne séquence que tu as entouré, reconnaissable à sa séquence répétée-inversée suivi d'une série de T. c'est parce que la séquence est répétée-inversée qu'elle permet la formation d'une boucle, et la série de T déstabilise les interactions DNA.RNA à la suite de la pause de la polymérase.  [...]

[Biologie Moléculaire] séquences régulatrices

Je pensais à isoler la séquence en utilisant une banque d'ADN génomique et vérifier que la séquence isolée est la bonne en fusionnant un gène rapporteur (qui coderait pour la protéine GFP, par exemple) et d'en vérifier l'expression dans le tissu en question.  [...] Il y a de l'idée. En premier lieu, je suppose que tu compte isoler ta séquence depuis une banque d'ADN génomique par PCR...Dans ce cas, une fois ta séquence amplifiée, un séquençage est la première chose à faire. En effet, dans le cas où tu n'isole pas la bonne séquence, la fusion avec un gène rapporteur peut te donner un résultat faux-positif (ou faux-négatif si un problème survient pendant la réalisation de la construction).  [...]

[Biologie Moléculaire] ARN antisens à partir d'un fragment de gène

NB. le séquençage de Sanger peut-il être pratiqué sur de l'ARN J'aurai tendance à dire oui, pour peu qu'on utilise du dUTP/ddUTP au lieu de dTTP/ddTTP. Auquel cas on peut appliquer la deuxième solution sur base de la séquence de l'ARN sens.  [...] Par recherche dans les banques de données sur internet vous avez trouvé la séquence du gène de l'hormone de croissance humaine. A quel endroit du gène choisiriez-vous la séquence de votre sonde d'ADN pour cribler la banque que vous venez de construire et trouver l'ADN complémentaire codant pour l'hormone de croissance.  [...]

[Biologie Moléculaire] Construction d'une banque d'ADNc

Une banque d'ADNc correspond aux clonages de tous les ADNc obtenus dans un vecteur. Cette banque est alors utilisée dans un crible afin d'identifier le clone possédant le(s) gene(s) recherché(s). Une fois les clones identifiés, il s'agit de preparer les plasmides et de les sequencer afin de caracteriser le fragment cloné.  [...] On entamera une polymérisation d'environ 200 nucléotides. Étant donné le sens de polymérisation choisi, ces 200 nucléotides seront complémentaires de la séquence en 5' de l'insert. Ainsi la séquence polymérisée sera spécifique pour chaque espèce d'ADNc de la banque.  [...]