• Santé - Banque, Données, Espèce

Vers un observatoire des changements écologiques ?

La principale explication donnée à cette lacune réside essentiellement dans le manque de données disponibles sur les espèces animales et végétales. Ne pas connaître les capacités d'acclimatations d'une espèce donnée limite grandement la possibilité pour les biologistes de prévoir les conséquences du réchauffement climatique global.  [...] L'idée sous-jacente est de créer une banque de données biologiques -comme l'abondance d'une espèce par exemple- et climatique -températures, épaisseur des calottes glaciaires-, récoltées sur le long terme (plus d'une vingtaine d'années).  [...]

[Biologie Moléculaire] [biologie moléculaire] Swissprot

Ici c'est son numero d'accesion dans les bases de donnees. Lors de la soumission de la sequence la banque donne un numero automatique a la sequence. ce numero est unique et permet de retrouver ta sequence. Si plusieurs morceaux de proteines ont ete sequencees independament tu peux avoir plusieurs numeros (a toi de trouver celui qui correspond a la proteine entiere).  [...] SwissProt est une banque de données généralistes de protéines, très fiable si l'on croit ce qu'y disent les mecs Càd que les séquences publiées dans SwissProt sont contrôlées et passent par une annotation manuelle (regarde dans une fiche, tu verras les champs commençant par CC.  [...]

[Divers] Bioinformatique: Banques/Bases/Centre de resssource

Une banque de données peut être séquences protéiques, peut être séquences nucléotidiques, peut être Eucaryotes, peut être uniquement Drosphile,... autant de banques de données que de données.  [...] Donc, je peux avoir plusieurs bases de données, en fait ce sont des ensembles de données tout court. alors que dans une banque j'aurai des thèmes. Donc, si j'ai plusieurs banques, je peux créer une base. C'est en tout cas que cela m'a été présenté, si je me trompe qu'on me corrige.  [...]

[Biologie Moléculaire] Combien d'enzymes différentes dans le vivant ?

Protein Data Bank (banque de données sur les protéines) qui recense les structures secondaires des protéines et des acides nucléiques avec une résolution inférieure ou égale à 4 angströms.  [...] Pour qu'une enzyme entre dans la banque de données du MACiE, il faut au moins que son activité catalytique soit pleinement connue, avec les quatre niveaux du nombre EC assignés, tels que définis en 1964 par la commission sur les enzymes. Mais ce que je n'ai pas encore compris, c'est la raison pour laquelle on trouve deux nombres EC dans les statistiques à propos de MACiE.  [...]

Evolution des espèces - Page 2

Non ce ne peut être le fruit du hasard dans la mesure où l'évolution des espèces est COHERENTE. J'ajoute par ailleurs qu'il existe dans la cellule, ni mécanisme de tirage au sort de mutations, ni banque de données qui contiendrait toutes les possibilités de mutation(c'est techniquement impossible en raison de l'infinité des mutations possibles...).  [...] Avoir une approche chimique et probabiliste de l'apparition de la vie et de l'évolution des espèces conduit fatalement à une impasse. En concevant le hasard comme explication rationnelle de toute chose, nous avons ouvert la boîte de Pandore... et la logique s'en est échappée.  [...]

Optimiser ses chances de tomber enceinte | Dossier

La durée de vie de l' ovocyte est de l'ordre de 24 h. Aussi, la fécondation ne peut avoir lieu que dans les 24 h suivant l' ovulation. Les spermatozoïdes peuvent survivre un peu plus longtemps dans les voies génitales féminines (environ 48 h). Par conséquent, à chaque cycle, la période de fécondité dure au maximum 3 jours.   [...] au cours de ces 3 jours, un rapport peut conduire à une fécondation. Cependant, toute fécondation ne produit pas nécessairement une grossesse. Chez un couple jeune, on estime que la probabilité de tomber enceinte à chaque cycle est d'environ 20 à 25 %. Par conséquent, il ne faut pas s'inquiéter avant 6 mois d'essais infructueux pour faire un enfant.   [...]

[Biologie Moléculaire] Protéines se liant à l'ADN???

je recherche un site qui offre une banque de données qui permet de rechercher les proteines qui se lient à l'ADN, que ça soient des facteurs de transcription (FT) ou autres... Il y a Consite mais il offre que des FT, je recherche autre chose du meme style.  [...] Les promoteurs étant des régions de l'ADN fortement modulées par des facteurs trans, cette banque de données te fournira déjà pas mal d'informations sur ce que tu recherche. Promoter database. Cette banque de données est vaste. En plus si tu veux fouiller un promoteur, tu peux aller chercher des régions à -10000 ou plus, c'est énorme.  [...]

[Biologie Moléculaire] Bio-info BLAST

* avoir installé la banque de données à indexer et le BLAST sur sa machine OU savoir créer un script qui interrogera la banque de données via l'interface web fournie (celle du NCBI en l'occurrence) et qui téléchargera les résultats pour les traiter ensuite.  [...] Donc, le plus simple que je vois (sans avoir regardé de près le site concernant les EST, désolée, pas trop le temps ces derniers jours) c'est de créer un fichier avec les EST, le donner à BLAST puis récupérer le résultat en fouillant dans les différents paramètres de téléchargement proposés. Si j'ai le temps, j'essaierai des trucs.  [...]

[Biologie Moléculaire] Dégradation de la cycline D1

Une autre approche est d'effectuer une IP anti-cycline D dans des conditions où tu conserve les interactions protéine-protéine. Ensuite tu cribles en spectro de masse les partenaires protéiques de la cycline D1 contre une banque de données à la recherche de séquences correspondant à des ubiquitine ligases.  [...] Pour l'IP anti-cycline D1, il faut prendre un anticorps anti-cycline D qui a déjà été publié dans une manip d'IP. Après avoir effectué l'IP, on dénature les billes pour récupérer les partenaires qui ont co-immunoprécipité avec la cycline D. Ensuite on passe ces protéines en spectro de masse ou l'on obtient des spectres de fragmentation qu'on peut cribler contre une banque de données de spectres de masse de protéines.  [...]

[Génétique] chevauchement séquences

Je suis en plein développement d'un outils informatique qui servira à analyser des données (fichiers format fastq obtenues à partir de la banque de données NCBI).  [...] Mon application doit donc pouvoir charger le fichier, le lire les données (séquence nucléotidiques) et faire des chevauchements puis fusionner pour avoir des contig.  [...]