• Santé - Bactéries, Génome, Séquence

génome non entièrement séquencé

Je souhaiterai savoir si des fichiers au format GenBank (.gbk) sont disponibles sur le Net pour les bactéries dont le génome n'est pas totalement séquencé (ex Vibrio Mimicus).  [...] oui mais cela ne me donne pas ce que je veux a priori.   [...]

[Evolution] Variations sur un thème de synthétase...

1) Dans le but d'étudier la répartition de ces 2 mécanismes, une étude est menée par a) analyse de séquence pour les bactéries dont le génome a été séquencé, et b) par PCR dans les autres cas.  [...] Je pense que l'analyse des séquences de chaque gène au sein de l'ensemble des bactéries au génome séquencée permet de repérer les régions les plus conservées, ce qui permet de dessiner les oligos sur ces régions. Ainsi, il est possible de rechercher tel ou tel gène par PCR dans les organismes étudiés en étant relativement confiant lorsque l'on a un résultat positif en PCR (une bande à la bonne taille).  [...]

mode action enzymes de restriction dans une cellule

Bonjour à tous, mon prof a dit en cours que certains polymorphisme se situaient dans des endroits où les enzymes de restriction coupaient. mais dans une cellule, quel est l'intêret du mode d'action d'une enzyme de restriction.   [...] c'est un moyen de défense pour les bactéries. les enzymes de restriction permettent de dégrader de l'ADN étranger. par exemple, on peut supposer qu'E.coli n'a pas de séquence cible à EcoRI dans son génome (EcoRI est une enzyme provenant d'E coli).  [...]

Cartographie génétique

La cartographie physique permet de déterminer la séquence complète du chromosome et la distance entre le gène et les marqueurs en Pb, et c'est là que je ne comprends pas grand chose, on m'explique dans mon cours que pour réaliser cette technique, on utilise un génôme que l'on fragmente en fragments de grande taille, on les insère dans des vecteurs (chr artificile de bactérie par exemple), on insère ces vecteurs dans les bactéries, puis on compare les séquences des clones en repérant les points communs entre ces séquences et par recoupement on trouve la séquence.  [...] .. bref vous avez surement compris en me lisant que la méthode pour faire une cartographie physique est vraiment très floue, je ne comprends pas pourquoi on doit mettre des séquences dans des bactéries pour les comparer, ni même ce qu'ils appellent un clone (grands/petits clones).  [...]

[Microbiologie] Lecture du résultat d'une culture en boîte de Pétri

- l'approche génétique (soit en obtenant la séquence d'au moins un gène et en la comparant aux données existantes sur le génome des bactéries/champignons, soit par PCR avec des amorces qui seraient spécifique de tel organisme, mais ca sous entend ici d'avoir déjà une idée) mais ducoup irréalisable en dehors d'analyses de labo (labo de recherche ou labo medicale).  [...] -l'approche phénotypique, mais impossible a faire chez soi non plus, basée sur des tests par exemple tu applique tel composé spécifique, si ca penetre la bactérie, tu sauras que c'est une Gram+ (ou Gram-) ensuite tu met sur un autre lot du meme organisme un autre composé qui par exemple va réagir avec la catalase, si il y a une réponse tu va éliminer certaines souches car chez les bactéries Gram+ (ou Gram-) certaines possèdent la catalase et d'autres ne la possèdent pas, donc tu réduit les candidats potentiels.  [...]

Tardigrade

D autant plus qu un tardigrade est un metazoaire et donc un organisme sense avoir un degre de complexification eleve et donc d autant plus de systemes biologiques et fonction vitales a protegees.Plus ont est simple et moin on en a,plus c est facil de develloper des resistances extremes efficasses car assez simple( je penses ici aux archeobacteries...).  [...] ...c est pour ca que ces bacteries ont plus facil a resister aux UV elles ont peu de genes et bcp de copies de ces genes...mais un metazoaire a deja a la base bcp plus de genes (dans ce cas le tardigrade devrait avoir un genome monstrueux... mais pour le voir il faudrai que l on sequence son ADN..).  [...]

Une bactérie résistante à tous les antibiotiques découverte à Marseille

Comme la majorité des infections nosocomiales, la souche en question n'est pas dangereuse pour les personnes en bonne santé, car comme l'explique Didier Raoult, les bactéries Acinetobacter baumannii résistantes sont des bactéries opportunistes et ne menacent donc que les personnes immunodéprimées.  [...] Dénaturés, les antibiotiques perdent leur action néfaste pour la bactérie, qui peut continuer à se développer. Mais ce n'est pas tout. On a séquencé son génome il y a maintenant dix ans. Cette bactérie a une capacité à acquérir des gènes de résistance extrêmement facilement et donc il y a une plasticité très importante, et ce n'est pas étonnant qu'elle fasse partie des bactéries susceptibles de devenir résistantes à tout, explique Didier Raoult.  [...]

Passage de la vie à la mort

C'est bien ce que je pensais. les virus et les nano-bactéries ne sont pas considérés comme des êtres vivants. Et ainsi mon intervention sur le topic La théorie de l'évolution de l'homme était vraiment pertinente.  [...] Je ne suis pas daccord. Une équipe française (Marseille) vient de publier la séquence du mimivirus dans Science, ce qui amène à penser que les virus sont bel et bien vivant...car ce mimivirus possède un nombre de gènes très élevé (environ 1000) et aussi parce que son génome possède des gènes qui sont également présent chez les organismes vivant classiques (eucaryotes, archéobactéries et bactéries).  [...]

L'amibe : un lieu de rencontre pour les bactéries intracellulaires

Avec l'aide du Génoscope, les équipes de Didier Raoult et de Jean-Michel Claverie ont déterminé et analysé la séquence complète du génome de la bactérie intracellulaire Rickettsia bellii. Ils y ont découvert de nombreux indices de transfert de gène entre cette bactérie et d'autres bactéries intracellulaires, Legionella pneumophila (l'agent de la dangereuse pneumonie des légionnaires) et Protochlamydia amoebophila (proche de Chlamydia trachomatis ).  [...] Genome sequence of Rickettsia bellii Illuminates the Role of Amoeba in Gene Exchanges Between Intracellular Pathogens. Hiroyuki Ogata, Bernard La Scola, Stéphane Audic, Patricia Renesto, Guillaume Blanc, Catherine Robert, Pierre-Edouard Fournier, Jean-Michel Claverie, Didier Raoult. (2006). PLoS Genet.  [...]

Acné : un virus pour s'en débarrasser ?

Les futurs traitements contre l'acné feront peut-être appel à des virus. Le génome de onze bactériophages (des tueurs de bactéries) vient d'être isolé et séquencé, il révèle leur pouvoir d'action contre Propionibacterium acnes, un micro-organisme responsable des boutons rouges de l'adolescence.  [...] Les choses pourraient changer à l'avenir, après la découverte conjointe de scientifiques de l' University of Pittsburg et de l' Ucla. Ils ont isolé et analysé le génome de onze virus bactériophages détruisant spécifiquement P. acnes. Leur expérience est décrite dans la revue mBio.  [...]