• Santé - Bactéries, échantillon, Sol

[Identification] Comment isoler des bactéries non cultivables ?

Je souhaiterais savoir comment isoler et étudier des bactéries non cultivables d'un échantillon de sol. J'ai entendu parler de l'hybridation in situ en fluorescence mais cela nécessite une connaissance préalable de la bactérie recherchée. Ce que je voudrais c'est obtenir une bonne méthodologie pour étudier l'ensemble des bactéries non cultivable d'un échantillon de sol. Merci.  [...] désolé mais tu ne pourras jamais isoler des bactéries non cultivables. Je dirais presque par definition. La seule chose estefectivement des approches de métagénomique et encore ca ne te donnera qu'un petit appercu de ce qu'il y a dans ton sol.  [...]

[Microbiologie] les caractéristiques des virus et bactérie entomopathogènes

je voulais connaitre les caractéristiques des virus et bactéries entomopathogènes, ce que je sais c'est que le genre Bacillus est susceptible à être entomopathogène vu que l'une de ces espèces bacillus thuringiensis est utilisée en lutte biologique.  [...] mon professeur m'a dit que la meilleure façon d'isoler des bactéries entomopathogènes n'est pas la prise d'échantillon sur le sol et le tri de toutes les bactéries qui s'y trouvent et le test sur des insectes de chaque bactérie. ça prendrait énormément de temps et de moyens et les résultats serait insignifiant, la meilleure solution est de trouver dans la nature des insectes malades et de faire l'identification des causes de leur maladies, si ils sont malades à cause d'un agent bactérien il pourrait potentiellement être utilisé en lutte biologique.  [...]

métagénomique, bio informatique et electrophorese DGGE

Je m'explique.. Nous avons réalisé une PCR sur nos échantillons de terre avec des amorces trouvé dans une revu scientifique correspondant en tout point à notre sujet, le problème étant qu'en attendant de pouvoir faire la DGGE ma maitre de stage m'a demandé de vérifier grace au site du NCBI et en faisant un blast que les séquences d'amorce matchaient bien avec les séquence ARNr 16s de bactérie présente généralement dans le sable et suceptible de sortir lors de la DGGE et d'en déduire leur taille. Cependant aucune ne matche correctement.  [...] ces amorces sont censé se positionner sur l'adn extrait du sol que l'on étudie lors de la pcr afin d'amplifier une partie du gène, cette partie amplifier va alors subir une dgge qui va nous permettre de séparer les differentes bactéries pésente dans chaque échantillon de sol.  [...]

identification bactérienne des bactéries du sol

dans le cadre de ma thèse de doctorat, sur l'entomo-pathogénie de certaines souches bactériennes de la flore du sol, je souhaite connaitre quel équipement devrais je acheter pour l'identification des bactéries de mon échantillon de sol prélevés ici et là dans la région où j'habite.  [...] j'aimerais aussi m'initier à la bioinformatique, avoir un logiciel qui génère des clé pour les souches trouvées qui adopte la même clé pour une bactérie connue de la science que la clé qui la concerne dans une grande base de donnée comme EMBL...qui peut me donner le pourcentage de bactérie connues de la science ainsi que leur nom d'espèce dans mon échantillon, en ce basant sur des données moléculaire sur chaque souche (combien d'argent devrais je payer par bactérie ou par groupe de bactérie, à l'étranger parce que mes échantillons je devrais les envoyer à l'étranger pour une identification complète des souches, et avoir en retour les données moléculaires sur mes bactéries.  [...]

16 nouveaux virus géants découverts dans le sol d'une forêt

Mais voici que des chercheurs américains ont découvert par hasard 16 nouveaux virus géants dans un échantillon de sol prélevé en mai 2017. dans le cadre d'une étude sur le climat, les scientifiques cherchaient, en fait, des bactéries pour savoir comment elles s'adaptaient à l'élévation de température.  [...] Si 16 nouveaux virus géants ont pu être identifiés dans un seul échantillon de sol, on peut imaginer que ces micro-organismes sont bien plus nombreux et répandus sur Terre... Les écosystèmes microbiens du sol ont encore beaucoup de choses à nous apprendre.  [...]

Autoroutes souterraines pour les bactéries

Dans le laboratoire du Dr. Lukas Wick, des scientifiques ont réussi à prouver que des bactéries pouvaient se déplacer dans le sol le long de ces réseaux fongiques. Ils ont reconstitué un sol artificiel composé, de haut en bas, du polluant, d'une couche de séparation avec des billes de verre, de terre non contaminée et de bactéries Pseudomonas putida.  [...] ). Le fait d'obliger Pseudomonas putida à lutter contre la gravité pour atteindre le polluant permet d'éliminer l'hypothèse selon laquelle ces microorganismes pourraient être transportés par l'eau présente dans les sol. Lors de cette expérience, les bactéries ont atteint l'hydrocarbure seulement dans les zones où un réseau de champignons était présent.  [...]

[Microbiologie] etude bacteriologique : sol

Bien, j'ai quelques échantillons de sol dont j'envisage d'étudier les aspects bactériologiques dans l'espérance par la suite de trouver une resistance a un insecticide.  [...] Pour résumer mon travail consiste a trouver s'il existe des bactéries résistantes au pcp a partir d'échantillons de sol, qui au préalable ont subit une analyse hplc pour voir s'il y a ou non présence de pcp.  [...]

Microbiologie

On souhaite mettre au point un test d'activité de dégradation d'une classe majeure de polluants par des bactéries du sol. les PCB.. je dois imaginer un protocol expérimental permettant cet isolement.  [...] mon ami sache que les protocoles expérimentaux différent selon le type de bactéries et leurs mode de vie ainssi le milieu qu'ils parasitent s'il s'agit de parasite, bon je connais une expérience qui s'appelle IMVIC, cette expérience est caractéristique des clostridum, coliféres, les germes totaux,si ça ce que vous chercher je peux vous donner plusieurs informations sur la manipulation.  [...]

Des bactéries respirent depuis un demi million d'années !

En revanche, l'ADN des échantillons vieux de 400.000 à 600.000 ans était en bien meilleur état. Or, la population dominante de ces échantillons était constituée des bactéries connues pour ne pas savoir se mettre en état de dormance. Dans les sols plus anciens encore (plus de 740.  [...] Les bactéries de moins de 600.000 ans semblent donc capables de réparer leur ADN. Pour confirmer ce soupçon, les scientifiques ont vérifié si des traces de respiration existaient encore dans le sol gelé. Réponse. oui. Net dans les échantillons de moins de 30.  [...]

Différence RT_PCR semi-quantitative et Q-PCR

On étudiait l'expression de recA chez les bactéries du sol. En théorie il aurait fallu utiliser l'ARN de recA dont on connaîtrait la concentration, mais comme on n'avait pas les bactéries en culture, nous avons utilisé le 16S des bactéries en question.  [...] 2 eme probleme avec 16S, si tu etudies l'expression de ton gene en differente condition de croissance, il y a fort a parier que la vitesse de croissance soit differente, ce qui fais que ton niveau de reponse style ppGpp dans la cellule est different, et donc [l'ARNr 16S] est differente entre tes echantillons.  [...]