• Santé - Atomes, Fichier, Résidus, Identiques

[Biochimie] Création de .prépin avec XLEaP (AMBER)

D'après vous, l'ordre des atomes dans un fichier PDB doit-il être le même pour tous les résidus identiques (toutes les guanines par exemples) pour faciliter les interprétations.  [...] Finalement, après minimisation de l'énergie, j'observe des angles bizarres sur le résidu qui possède les atomes inversés. Donc, je me demande si ces angles étonnants sont dûs au platine ou à la singularité de mon résidu. Alors que si l'ordre des atomes avaient été identiques aux autres, je me serais posé une question de moins.  [...]

[Biochimie] calcul des angles phi et spi

J'aurais une question sur le calcul des angles phi et psi d'une protéine... Est ce que quelqu'un sait comment on calcule des angles phi et psi à partir un fichier où j'ai juste les coordonnées x, y et z des résidus de la protéine.  [...]

[Biochimie] conversion fasta/PDB

juste pour preciser. Vous ne pouvez pas convertir un fichier fasta en fichier pdb. Les informations ne sont pas du tout les mêmes. Le fichier fasta vous donne pour chaque identifiant une séquence linéaire de nucléotides ou d'AA. Les fichiers pdb renseignent essentiellement, pour une protéine donnée, sur la position de chaque atome dans la structure de cette protéine.  [...] Si vous avez juste la séquence et pas l'identifiant du gène/de la protéine en question, vous pouvez faire une recherche avancée sur le site de la PDB ( http.//www.rcsb.org/pdb/search/advSearch.do ) en copiant la séquence dans le champ adéquat. Un blast ira chercher les fichiers PDB qui correspondent à votre séquence.  [...]

fichiers PDB

je commence tout juste mes etudes en biologie et j'aimerai savoir si vous connaissez un site qui explique bien comment lire un fichier PDB d'une molécule par soi-meme. ^_^.  [...] Une fois rasmol installé. télécharge un fichier pdb, et ouvre-le avec rasmol. Tu verras la molécule, et tu pourras choisir d'afficher les atomes, les représentations de structures secondaires des protéines, etc.  [...]

question sur les programmes de phylogénie

tout d abord par rapport a l histoire du text only format, je parle effectivement du fichier d entree. je ne sais pas creer un fichier de ce type sans passer par le site japonnais http.//align.genome.jp/ dont je parlais plus haut. Dans la faq de phylip, il est ecrit.  [...] C'est pas les séquences le pb. Normalement seqboot te sort un fichier de sortie avec le resampling, tu retraites ce fichier avec ton programme de phylogénie et là tu sors 2 fichier. outfile et outtree. Copie/colle un bout de ces 2 fichiers ici même qu'on voit leur tete stp.  [...]

[Biochimie] urgent

Salut, j'ai 2 codes (api 20E) que je veux identifier mais je n'ai pas su comment faire. Est-ce que quelqu'un peut me donner un site ou une adresse pour accéder au fichier d'identification.  [...] Merci de respecter vos lecteurs éventuels. Vous n'avez pas pris le soin de mettre un titre décent à votre discussion et vous l'avez marqué d'une balise ne correspondant pas à votre demande.   [...]

help swissmodel

J'ai fait quelques recherches. Le site de SwissModel te permet, à partir d'une séquence de retrouver une structure 3D probable (attention, c'est une heuristique et le résultat n'est pas toujours bon). Tu obtiendras un fichier.pdb qui te sera envoyé par mail.  [...] je n'arrive pas à faire la conversion FASTA PDB sur le site de swissmodel. A vrai dire je ne sais même pas à quoi ressemble un fichier pdb.  [...]

Les empreintes digitales : prélèvement, comparaison | Dossier

Selon la loi française, il faut au minimum 12 points de convergence pour déterminer que deux empreintes sont identiques. Ces points (appelés aussi minuties) sont des points d'irrégularité se trouvant sur les lignes capillaires (terminaisons, bifurcations.  [...] .). Des programmes spécifiques les comparent, identifient les similitudes et les différences en un temps très court et les fichiers d'empreintes restent donc un outil d'investigation criminelle important. Au 31 janvier 2010, le FAED (Fichier automatisé des empreintes digitales) comptait 3.  [...]

[Génétique] mutation

Je dois faire une liste plutot exhaustive de toutes les mutations (SNP compris) que l'on peut trouver dans différents gènes impliqués dans des cancers neuro-endocrinniens comme SdhB, SDHD, RET, MEN1, VHL, AIP et d'autres.   [...] Vous uploadez (désolé pour l'anglicisme) la liste d'identifiants Ensembl de vos gènes ( pas trop dure à trouver normalement) et, après avoir sélectionné les features (encore désolé) qui vous intéresse, vous récupérerez un joli fichier avec vos données, dans le format de votre choix.  [...]

[Génétique] Fougere et chromosomes ...

Mais cette mesure n'est pas satisfaisante. Si un livre fait 1000 pages, mais que tous les chapitres sont répétés dix fois, à l'identique, il ne sera guère plus complexe qu'un livre de 100 pages sans répétition. Faudrait plutôt une mesure de l'information contenue dans le génome (disons la taille du plus petit fichier compressé permettant de décrire la séquence de base).  [...] 2) un article récent (à retrouver) argumente l'hypothèse que les vertébrés (il me semble) étaient à l'origine quadriploïde. Leurs ancêtres immédiat avait 2x12 chromosomes, un accident a amené une quadriploïdie à 4x12 chromosomes qui a évolué vers 2x24 chromosomes par différentiation des chromosomes homologues.   [...]