• Santé - ARN, Sonde, Sens

[Biologie Moléculaire] ARN antisens à partir d'un fragment de gène

1) on fait une sonde ARN sens via une transcription localisée sur le fragment, à partir du brin matriciel non codant mais transcrit (pour peu qu'on arrive à limiter la transcription au fragment et pas au delà en aval).  [...] Dans un exon du gène. l'ADN complémentaire provient d'une rétrotranscription d'un ARNm, donc épissé, donc si on veut faire une sonde dans le gène, il faut que celle-ci soit au niveau d'un exon, si elle tombe dans un intron elle pourrait ne pas se retrouver dans l'ARNm et donc dans l'ADNc.  [...]

[Biologie Moléculaire] Calcul d'efficacité nécessaire en TaqMan ?

Si la comparaison porte sur +/- traitement pour le meme amplicon, c'est deja moins necessaire, meme si c'est mieux de savoir pour ne pas comparer des PCR a 50% a des PCR a 100% d'efficacité.   [...] En fait, je vais utiliser un kit commercial (amorce de RT, amorce sens et anti-sens, sonde) désigné entièrement par le fabricant. Du coup, la représentante commerciale m'ont assuré que le calcul d'eff. n'était pas nécessaire, tant que je restais dans les fourchettes de sample indiquées (en l'occurence, 1 à 10 ng d'ARN total par réaction de RT).  [...]

[Biologie Moléculaire] Hybridation in situ et génération des sondes

- Si je choisis la sonde RNA (qq centaines de bases), je peux m'appuyer sur la biblio qui m'offre un papier splendide avec les séquences utilisées. Par contre je vais devoir me lancer dans la synthèse moi-même.  [...] Le deuxième ISH T3-T7, c'est parce qu'on risque de me demander un contrôle avec une sonde sens, pour vérifier qu'il n'y a pas de signal en ISH. Du coup je pensait faire la PCR avec une primer couplé à T3 et l'autre à T7. Par contre je devrai me retrouver avec la séquence complémentaire du promoter T3 (si je transcrit avec T7) en 3' de ma sonde ARN (voir le schéma).  [...]

[Génétique] Hybridation ADN-ARN !

C'est quoi une hybridation ADN-ARNje sais ce que c'est qu'une hybridation mais comment peut-elle se faire entre l'ADN et l'ARN Serait ce par des simple liaisons hudrogéne ou autre Et c'est quoi le but de tout ça...Merci.  [...] Ensuite, on révèle la sonde (détection de sa radioactivité, activation de sa fluorescence) et l'on peut savoir quelles cellules ont synthétisé l'ARN, donc quelles cellules expriment ce gène.  [...]

hybridation in situ : préparation de sonde ARN

Mais comme un seul des deux brins est transcrit lorsqu'on va vouloir faire la sonde ARN complémentaire on ne pourra que transcrire toujours le même brin, celui qui donne l'ARN de départ, donc on ne pourra jamais transcrire depuis l'autre brin pour avoir un ARN complémentaire.  [...] Imaginons que la sonde ne s'apparie pas (car absence de l'ARNm cible), on va quand même voir de la fluorescence au microscope vu qu'on a marqué la sonde, comment alors savoir si on voit la sonde libre ou appariée à son ARNm complémentaire À moins que ça soit fluorescent que si c'est double brin.  [...]

Hybridation in situ

Tu précipites le reste 2x dans 2.5 microL LiCl 4M + 75 microL EtOH 100% froid. (la seconde fois tu ajoute 22 microL H2O) et tu mets ca à chaque fois 1/2h à -80 sans oublier de centrifuger au moment des rincages.   [...] Ben parce que le principe c'est d'hybrider des ARNs... la sonde est une sonde ARN antisens à l'ARN natif présent sur les coupes et que tu cherches à réveler.  [...]

problèmes de Northern

On a utilisé une sonde actine, purification sur colonne sephadex, et on se retrouve après révélation avec un profil uniquement ARN, pas d'ADN.  [...] Le forum Pr ésentez-vous, comme son nom l'indique, sert uniquement aux messages de pr ésentation des nouveaux membres. Seules les modérateurs peuvent répondre aux fils qui y sont ouverts.   [...]

[Biologie Moléculaire] amorce PCR

Dans ce cas c'est encore plus simple. Une fois que tu as trouvé ta sonde sens dans la séquence, tu sais que ta sonde antisens se trouve 70bp plus loin. Tu compte, et tu trouve la séquence correspondante.  [...] Ton amorce sens est ATTGC, et pour trouver l'amorce antisens, tu compte que le fragment total fasse 70bp, tu te retrouve avec la séquence CGATA, et donc la sonde antisens correspondante est TATCG.  [...]

[Biologie Moléculaire] Hybridation in situ

Les amorces c'est pour designer la sonde que l'on va insérer dans un vecteur qu'il faudra ensuite linéariser par restriction selon l'orientation et transcrire (souvent avec la T3,la T7 ou la SP6 polymérase) pour obtenir de l'ARN.  [...] As-tu un schéma de ta construction car je dois savoir comment tu as orienté ton ADNc et ou se trouve tes promoteurs pour les ARN polymérase. Car ta sonde doit être antisens, pour pouvoir par la suite s'hybrider de façon complémentaire avec l'ARNm du gène que tu recherche.  [...]

[Biologie Moléculaire] Détection adn proviral par southern blot

a partir de ca, le prof nous demande d'expliquer comment on peut savoir le nombre de copies de génome proviral qui ont été intégrées et dans quel sens elles ont été orientée.  [...] L'énoncé de ton exercice implique-t'-il que les réponses à tes questions soient forcément liées à la technique de Southern.   [...]