• Santé - Arbre, Séquences, ADN, Bactéries

[Microbiologie] présentation orale : arbre phylogénétique

Tu ne peux pas aller tellement plus loin, c'est un arbre non enraciné donc on ne peut pas ordonner les événements de divergence dans le temps (tu ne peux pas dire que Plesiomonas a divergé de tel groupe avant ou après tel autre groupe par exemple).  [...] Vous voulez dire quoi par une arbre non enracinné cette arbre est une Arbre phylogénétique issu d'une analyse comparative entre les séquences d'ADN de déférentes bactéries de la famille Enterobacteriaceae.  [...]

[Génétique] Arbre phylogénétique avec hétérozygotes

Je vous expose ici mon problème. Je souhaite réaliser un arbre phylogenetique de mes sequences d'ADN de poulpe. Je travail avec le chromosome 17, des séquences ont montres que j'avais des individus hétérozygotes qui possedaient une insertion de 7 nucléotides de plus sur un des chromosomes.  [...] Quand je fait l'arbre (avec ClustalW, Genious, Paup*, Bioedit, MrBaye liste non exhaustive) les séquences qui représentent les hétérozygotes se trouvent une en C et l'autre en L. Comment je fais pour que le programme me couple ces séquences et que cela représentent un seul individu et non deux comme ce que les programmes me font.  [...]

[Evolution] Phylogénie et méthodes probabilistes

En gros, si quelqu'un pouvait m'expliquer ce qui se passe entre le moment où on a nos séquences d'ADN et celui où on arrive à la conception de notre arbre phylogénétique, ce serait parfait.  [...] Si mes souvenirs de terminale sont bons, c'est en comparant la séquence de nucléotides de gènes homologues chez différentes espèces, que l'on établit des liens de parenté (ou de phylogénie) entre ces espèces-là.  [...]

[Evolution] en évolution a t on déjà fait ça?

J'avais assisté à une conférence de Manolo Gouy intitulée les thermomètres moléculaires. grâce à la bio-informatique et les données de séquençage des organismes actuels (bactéries, archéobactéries), les taux de mutations le long de l'arbre du vivant, etc.  [...] Mais de là à connaitre son génome...Je ne suis pas spécialiste mais ça me parait impossible, d'autant plus qu'il existe du transfert horizontal de matériels génétique alors...Il me semble que la notion même de génome propre à une espèce de bactérie est assez floue, à cause de ces transferts.  [...]

Notion d'évolution...

Donc il faut procéder par déduction. Pour détecter les convergences évolutives entres plusieurs séquences il faut avoir un arbre phylogénétique solide et en fonction des séquences de tes différents taxons reconstruire la séquence protéïque de chaque ancêtre pas a pas.  [...] Ensuite tu peux identifier les convergences en comparant chaque séquences avec la séquences hypothétiques de l'ancêtre. Evidemment si il y a trop de convergence, la phylogénie ne reflete plus l'évolution... C'est toute la puissance et la limitation de la phylogénie moderne cladistique.  [...]

[Evolution] Que veut dire "plus évolué" ?

ce n'est pas exactement la conclusion de l'article il me semble, mais en général on le fait en incorporant à l'étude un groupe externe c'est-à-dire une ou des séquences appartenant à un animal qui n'est pas dans l'arbre homme/chimpanzé. Ici ils ont pris des séquences de macaque.  [...] Si la séquence humaine est significativement plus proche de la séquence macaque que la séquence chimpanzé, on peut dire que l'évolution a été plus rapide chez le chimpanzé. Mais il faut regarder gène par gène. Je ne sais pas si on peut tirer ce genre de conclusion à l'échelle du génome entier.  [...]

[Evolution] Arbre phylogenétique

Un arbre phylogénique consiste à comparer différentes séquences soient géniques soient peptidiques. Le logiciel va tenter d'aligner les séquences de manière à obtenir le maximum d'homologie possible. En fonction du % de la séquence qui est homologue à une autre (suite à cet alignement optimal), la branche d'arbre sera plus ou moins éloignée.  [...] Sur les arbres (les plus clairs à mon sens sont les circulaires) tu peux ainsi voir qu'elles sont les séquences les plus proches des autres en structure et donc probablement les plus proches en terme de différenciation phylogénique au cours du temps.  [...]

[Génétique] Bioinformatique: biais/variance

Je dois étudier une séquence ADN (faire de la classification) et en particulier calculer le biaise/variance de chaque classifieur. Je ne comprends pas comment faire cela. En effet, je classifie mes données dans la classe 0 ou 1 mais qu'est que c'est que le biais ou la variance il faut supposer une distribution de probabilité derrière comment calculer cela sous matlab Par exemple j'ai construit avec Matlab un arbre de classification qui me donne (avec quelques erreurs bien sûr) la classe de mon groupe de test.  [...] Comment calculer la variance et le biais sur cet exemple merci beaucoup à la personne qui me répondra.   [...]

Transcription chez les eucaryotes et procaryotes

J'aimerais donc savoir si j'ai juste concernant l'épissage et avoir plus d'infos sur cette fameuse structure en sapin de Noël car j'ai pu lire que les branches représentaient des ARNm (donc la rien à voir avec les ARNr) donc est elle propre aux procaryotes ou aux eucaryotes Concerne t elle uniquement les ARNr Ou bien tout les ARN etc.   [...] Pour ce qui est de la structure en.. arbre de Noël.., elle se retrouve chez les procaryotes (ADN + ARNm + ribosomes) ET les eucaryotes (ADN + ARNr).  [...]

Extraction d'ADN

En parcourant des matériels et méthodes (de l'équipe de Pierre Taberlet à Grenoble par exemple), ils utilisent le kit Tissue and Blood kit de Qiagen et une PCR pour les ADN mitochondriaux (à partir de biopsie de chèvre).  [...] iL n'y a d'adn que dans la racine du poil, c'est à dire dans les cellules du bulbe foliaire. Le poil n'est qu'une sécrétion protéique de ces cellules.  [...]